seq1 = pF1KE3640.tfa, 2466 bp
seq2 = pF1KE3640/gi568815577f_28927914.tfa (gi568815577f:28927914_29154184), 226271 bp

>pF1KE3640 2466
>gi568815577f:28927914_29154184 (Chr21)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-240  (102682-102860)   100% ->
241-344  (106924-107027)   100% ->
345-448  (108358-108461)   99% ->
449-633  (109366-109550)   100% ->
634-729  (110422-110517)   100% ->
730-860  (111113-111243)   100% ->
861-948  (111568-111655)   100% ->
949-1027  (112696-112774)   100% ->
1028-1119  (114100-114191)   100% ->
1120-1176  (114559-114615)   100% ->
1177-1353  (115510-115686)   100% ->
1354-2008  (118754-119408)   99% ->
2009-2103  (120848-120942)   100% ->
2104-2190  (122179-122265)   100% ->
2191-2347  (125889-126045)   100% ->
2348-2466  (126153-126271)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAAGAAACGGACAAAGGGAAAAACTGTTCCAATCGATGATTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAAAGAAACGGACAAAGGGAAAAACTGTTCCAATCGATGATTCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAACTTTAG         AACCTGTGTGCAGACACATTAGAAAAGGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAACTTTAGGTA...TAGAACCTGTGTGCAGACACATTAGAAAAGGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAACAAGGTAATTTGAAAAAGGCTTTAGTGAATGTGGAATGGAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102712 TGGAACAAGGTAATTTGAAAAAGGCTTTAGTGAATGTGGAATGGAATATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCCAAGACTGTAAGACTGACAATAAAGTGAAAGATAAAGCTGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102762 TGCCAAGACTGTAAGACTGACAATAAAGTGAAAGATAAAGCTGAAGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACAGAAGAAAAGCCTTCAGTTTGGCTGTGTCTTAAATGTGGCCATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102812 AACAGAAGAAAAGCCTTCAGTTTGGCTGTGTCTTAAATGTGGCCATCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GGCTGTGGCAGAAATTCTCAGGAGCAGCATGCCTTGAAGCAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102862 TA...TAGGGCTGTGGCAGAAATTCTCAGGAGCAGCATGCCTTGAAGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATCTGACGCCAAGATCTGAACCTCACTGTCTGGTTCTTAGTTTGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106966 TATCTGACGCCAAGATCTGAACCTCACTGTCTGGTTCTTAGTTTGGACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGGAGTGTATG         GTGTTACGTATGTGATAATGAGGTCCAGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107016 CTGGAGTGTATGGTG...CAGGTGTTACGTATGTGATAATGAGGTCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTGTAGTTCAAACCAGTTGGGTCAAGTGGTTGATTATGTCAGAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 108387 ATTGTAGTTCAAACCAGTTGGGTCAAGTGGTTGATTATGTCAGAAAACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCAGCATTACAACTCCAAAGCCAG         AGAAAGATAATGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108437 GCCAGCATTACAACTCCAAAGCCAGGTA...CAGAGAAAGATAATGGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TATTGAACTTGAAAATAAAAAATTAGAAAAAGAGAGTAAGAATGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109382 TATTGAACTTGAAAATAAAAAATTAGAAAAAGAGAGTAAGAATGAACAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAGAGAAAAGAAGGAAAACATGGCTAAAGAGAATCCTCCCATGAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109432 AGAGAGAAAAGAAGGAAAACATGGCTAAAGAGAATCCTCCCATGAATTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTTGCCAAATAACCGTGAAAGGACTCAGTAATTTGGGAAACACATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109482 CCTTGCCAAATAACCGTGAAAGGACTCAGTAATTTGGGAAACACATGTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTCAATGCAGTTATGCAG         AACTTGTCACAAACACCAGTGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109532 CTTCAATGCAGTTATGCAGGTA...TAGAACTTGTCACAAACACCAGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTAGAGAACTACTAAAAGAAGTGAAAATGTCTGGAACAATTGTAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110444 TTAGAGAACTACTAAAAGAAGTGAAAATGTCTGGAACAATTGTAAAAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAACCACCTGATTTGGCATTAACA         GAACCATTAGAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110494 GAACCACCTGATTTGGCATTAACAGTA...CAGGAACCATTAGAAATAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTTGAGCCTCCAGGCCCTCTTACTTTAGCCATGAGCCAGTTTCTTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111130 CCTTGAGCCTCCAGGCCCTCTTACTTTAGCCATGAGCCAGTTTCTTAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGATGCAAGAGACCAAAAAGGGGGTTGTGACACCGAAAGAACTCTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111180 AGATGCAAGAGACCAAAAAGGGGGTTGTGACACCGAAAGAACTCTTTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGGTCTGTAAAAA         AGCAGTGCGGTTTAAAGGCTATCAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111230 CAGGTCTGTAAAAAGTG...TAGAGCAGTGCGGTTTAAAGGCTATCAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCAAGACAGCCAGGAGCTGCTTCGCTACTTATTGGATGGGATGAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111595 GCAAGACAGCCAGGAGCTGCTTCGCTACTTATTGGATGGGATGAGAGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGAACACCAA         AGAGTGAGTAAAGGAATACTTAAAGCATTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111645 AAGAACACCAAGTT...TAGAGAGTGAGTAAAGGAATACTTAAAGCATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGTAATTCTACTGAAAAGTTGGATGAAGAACTAAAAAATAAAGTTAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112726 GGTAATTCTACTGAAAAGTTGGATGAAGAACTAAAAAATAAAGTTAAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028         ATTATGAGAAGAAAAAATCAATGCCAAGTTTTGTTGACCGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112776 TA...TAGATTATGAGAAGAAAAAATCAATGCCAAGTTTTGTTGACCGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCTTTGGTGGTGAACTAACTAGTATGATCATGTGTGATCAATGCAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114142 TCTTTGGTGGTGAACTAACTAGTATGATCATGTGTGATCAATGCAGAACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120          GTCTCCTTGGTTCATGAATCTTTCCTTGATTTGTCCCTCCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114192 GTA...AAGGTCTCCTTGGTTCATGAATCTTTCCTTGATTTGTCCCTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGTTTTAGATGATCAG         AGTGGTAAGAAAAGTGTAAATGATA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114600 AGTTTTAGATGATCAGGTA...AAGAGTGGTAAGAAAAGTGTAAATGATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AAAATCTGAAAAAGACAGTGGAGGATGAAGATCAAGATAGTGAGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115535 AAAATCTGAAAAAGACAGTGGAGGATGAAGATCAAGATAGTGAGGAAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAAGATAACGACAGTTACATAAAAGAGAGAAGTGATATTCCTTCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115585 AAAGATAACGACAGTTACATAAAAGAGAGAAGTGATATTCCTTCTGGAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AAGTAAGCACTTACAGAAAAAAGCAAAGAAACAAGCCAAAAAGCAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115635 AAGTAAGCACTTACAGAAAAAAGCAAAGAAACAAGCCAAAAAGCAAGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AG         AACCAACGAAGACAACAAAAAATTCAAGGAAAAGTTCTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115685 AGGTG...CAGAACCAACGAAGACAACAAAAAATTCAAGGAAAAGTTCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CATTTAAATGATATTTGTACTATTGACCATCCTGAAGACAGTG ATAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||-||
 118793 CATTTAAATGATATTTGTACTATTGACCATCCTGAAGACAGTGAATA TG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 AAGCTGAAATGTCACTTCAAGGAGAAGTAAATATTAAATCCAACCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118842 AAGCTGAAATGTCACTTCAAGGAGAAGTAAATATTAAATCCAACCATATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TCACAAGAGGGTGTTATGCATAAAGAATATTGTGTCAACCAGAAAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118892 TCACAAGAGGGTGTTATGCATAAAGAATATTGTGTCAACCAGAAAGATTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 GAATGGCCAAGCAAAAATGATCGAAAGTGTAACTGACAATCAAAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118942 GAATGGCCAAGCAAAAATGATCGAAAGTGTAACTGACAATCAAAAATCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CAGAGGAAGTAGATATGAAAAATATCAACATGGATAATGATCTGGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118992 CAGAGGAAGTAGATATGAAAAATATCAACATGGATAATGATCTGGAGGTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 TTAACATCTTCTCCCACTAGGAATTTAAATGGTGCCTACCTAACGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119042 TTAACATCTTCTCCCACTAGGAATTTAAATGGTGCCTACCTAACGGAAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 GAGCAATGGAGAAGTGGACATTTCCAATGGTTTCAAAAACCTAAATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119092 GAGCAATGGAGAAGTGGACATTTCCAATGGTTTCAAAAACCTAAATTTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 ATGCTGCTCTTCATCCTGATGAAATAAATATAGAGATTCTGAATGATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119142 ATGCTGCTCTTCATCCTGATGAAATAAATATAGAGATTCTGAATGATAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 CATACTCCTGGAACAAAGGTGTATGAGGTTGTAAATGAAGATCCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119192 CATACTCCTGGAACAAAGGTGTATGAGGTTGTAAATGAAGATCCAGAAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 TGCTTTCTGTACTCTTGCAAACAGGGAAGTTTTCAATACTGATGAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119242 TGCTTTCTGTACTCTTGCAAACAGGGAAGTTTTCAATACTGATGAGTGTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 CAATCCAACATTGTTTATATCAGTTCACCCGTAATGAGAAACTTCGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119292 CAATCCAACATTGTTTATATCAGTTCACCCGTAATGAGAAACTTCGAGAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 GCGAATAAACTGCTTTGTGAAGTATGCACACGGAGACAGTGTAATGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119342 GCGAATAAACTGCTTTGTGAAGTATGCACACGGAGACAGTGTAATGGACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 AAAGGCAAATATAAAAG         GTGAAAGGAAGCATGTTTACACCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119392 AAAGGCAAATATAAAAGGTA...TAGGTGAAAGGAAGCATGTTTACACCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 ATGCCAAAAAGCAGATGCTAATTTCTCTTGCTCCTCCTGTTCTTACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120872 ATGCCAAAAAGCAGATGCTAATTTCTCTTGCTCCTCCTGTTCTTACTCTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 CATTTAAAGAGATTTCAGCAG         GCTGGTTTTAACCTACGCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 120922 CATTTAAAGAGATTTCAGCAGGTA...TAGGCTGGTTTTAACCTACGCAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 AGTTAACAAACACATAAAGTTTCCGGAAATCTTAGATTTGGCTCCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122199 AGTTAACAAACACATAAAGTTTCCGGAAATCTTAGATTTGGCTCCTTTTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 GCACCCTTAAATGTAAG         AATGTTGCAGAAGAAAATACAAGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 122249 GCACCCTTAAATGTAAGGTA...AAGAATGTTGCAGAAGAAAATACAAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 GTACTCTATTCCTTATATGGAGTTGTTGAACACAGTGGTACTATGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125913 GTACTCTATTCCTTATATGGAGTTGTTGAACACAGTGGTACTATGAGGTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2265 GGGGCATTACACTGCCTATGCCAAGGCAAGAACCGCAAATAGTCATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125963 GGGGCATTACACTGCCTATGCCAAGGCAAGAACCGCAAATAGTCATCTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2315 CTAATCTTGTTCTTCACGGTGATATTCCACAAG         ATTTTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 126013 CTAATCTTGTTCTTCACGGTGATATTCCACAAGGTA...CAGATTTTGAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2356 ATGGAATCAAAAGGGCAGTGGTTTCACATCAGCGACACACATGTGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126161 ATGGAATCAAAAGGGCAGTGGTTTCACATCAGCGACACACATGTGCAAGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2406 TGTGCCTACAACTAAAGTACTAAACTCACAAGCGTACCTCCTATTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126211 TGTGCCTACAACTAAAGTACTAAACTCACAAGCGTACCTCCTATTTTATG

   2600     .    :
   2456 AGAGAATACTG
        |||||||||||
 126261 AGAGAATACTG