seq1 = pF1KE3638.tfa, 1278 bp
seq2 = pF1KE3638/gi568815595r_48588276.tfa (gi568815595r:48588276_48795291), 207016 bp

>pF1KE3638 1278
>gi568815595r:48588276_48795291 (Chr3)

(complement)

1-202  (100001-100202)   100% ->
203-428  (102113-102338)   100% ->
429-604  (103810-103985)   100% ->
605-780  (105579-105754)   99% ->
781-1278  (106519-107016)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCCAGCCTTCAGGGCCATGGATGTGGAGCCCCGCGCCAAAGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCCAGCCTTCAGGGCCATGGATGTGGAGCCCCGCGCCAAAGGCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTCTGGAGCCCTTTGTCCACCAGGTCGGGGGGCACTCATGCGTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTTCTGGAGCCCTTTGTCCACCAGGTCGGGGGGCACTCATGCGTGCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTCAATGAGACAACCCTGTGCAAGCCCCTGGTCCCAAGGGAACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTCAATGAGACAACCCTGTGCAAGCCCCTGGTCCCAAGGGAACATCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTACGAGACCCTCCCTGCTGAGATGCGCAAATTCACTCCCCAGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCTACGAGACCCTCCCTGCTGAGATGCGCAAATTCACTCCCCAGTACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AG         GTGTGGTATCTGTGCGCTTTGAAGAAGATGAAGACAGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGTA...CAGGTGTGGTATCTGTGCGCTTTGAAGAAGATGAAGACAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTGTGTCTAATAGCATATCCATTGAAAGGGGACCATGGAATTGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102152 ACTTGTGTCTAATAGCATATCCATTGAAAGGGGACCATGGAATTGTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTGTAGATAATTCAGACTGTGAACCAAAAAGTAAGCTCCTAAGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102202 ATTGTAGATAATTCAGACTGTGAACCAAAAAGTAAGCTCCTAAGGTGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AACAAACAAAAAACATCATGTCTTAGAAACAGAAAAGACCCCTAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102252 AACAAACAAAAAACATCATGTCTTAGAAACAGAAAAGACCCCTAAGGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGGTGCGTCAGCACCGTAAAGAGGAGAAAATGAAGAG         CCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102302 GGGTGCGTCAGCACCGTAAAGAGGAGAAAATGAAGAGGTG...TAGCCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGTTAGAAGAAGAATTTGAGTGGCTAAAGAAATCTGAAGTCTTGTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103814 AAGTTAGAAGAAGAATTTGAGTGGCTAAAGAAATCTGAAGTCTTGTACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACTGTAGAGAAGAAGGGGAATATAAGTTCCCAGCTTAAACACTATAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103864 CACTGTAGAGAAGAAGGGGAATATAAGTTCCCAGCTTAAACACTATAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTTGGAGCATGAAATGTCACCAGCAACAGTTACAGAGAATGAAGGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103914 CTTGGAGCATGAAATGTCACCAGCAACAGTTACAGAGAATGAAGGAGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCAAAGCATCGGAACCAGTACA         AATTTATCTTACTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103964 GCAAAGCATCGGAACCAGTACAGTA...CAGAATTTATCTTACTGGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTGACTTCCCGCTATGAGGTGCCTTGTGTCCTTGACCTCAAGATGGGCA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105598 CCTGACTTCCCGCTACGAGGTGCCTTGTGTCCTTGACCTCAAGATGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CACGACAACATGGTGATGATGCTTCAGAGGAGAAGGCAGCCAACCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105648 CACGACAACATGGTGATGATGCTTCAGAGGAGAAGGCAGCCAACCAGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGAAAATGTCAGCAGAGCACATCTGCAGTCATTGGTGTGCGTGTGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105698 CGAAAATGTCAGCAGAGCACATCTGCAGTCATTGGTGTGCGTGTGTGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CATGCAG         GTGTACCAAGCAGGCAGTGGGCAGCTCATGTTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105748 CATGCAGGTG...CAGGTGTACCAAGCAGGCAGTGGGCAGCTCATGTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGAACAAGTACCATGGACGGAAGCTATCGGTGCAGGGCTTCAAGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106553 TGAACAAGTACCATGGACGGAAGCTATCGGTGCAGGGCTTCAAGGAGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTTTTCCAGTTCTTCCACAATGGGCGGTACCTGCGCCGTGAACTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106603 CTTTTCCAGTTCTTCCACAATGGGCGGTACCTGCGCCGTGAACTCCTGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCCTGTGCTCAAGAAGCTGACTGAGCTCAAGGCAGTGTTGGAGCGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106653 CCCTGTGCTCAAGAAGCTGACTGAGCTCAAGGCAGTGTTGGAGCGACAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGTCCTACCGCTTCTACTCAAGCTCCCTGCTGGTCATTTATGATGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106703 AGTCCTACCGCTTCTACTCAAGCTCCCTGCTGGTCATTTATGATGGCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GAGCGGCCCGAAGTGGTCCTGGACTCAGATGCTGAGGATTTGGAGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106753 GAGCGGCCCGAAGTGGTCCTGGACTCAGATGCTGAGGATTTGGAGGACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GTCAGAGGAATCAGCTGATGAGTCTGCTGGTGCCTATGCCTACAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106803 GTCAGAGGAATCAGCTGATGAGTCTGCTGGTGCCTATGCCTACAAACCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TCGGCGCCAGCTCTGTAGATGTGCGCATGATCGACTTTGCACACACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106853 TCGGCGCCAGCTCTGTAGATGTGCGCATGATCGACTTTGCACACACCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TGCAGGCTGTATGGCGAGGACACCGTGGTGCATGAGGGCCAGGATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106903 TGCAGGCTGTATGGCGAGGACACCGTGGTGCATGAGGGCCAGGATGCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTATATCTTCGGGCTCCAGAGCCTGATAGACATTGTCACAGAGATAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106953 CTATATCTTCGGGCTCCAGAGCCTGATAGACATTGTCACAGAGATAAGTG

   1300     .    :
   1265 AGGAGAGTGGGGAG
        ||||||||||||||
 107003 AGGAGAGTGGGGAG