seq1 = pF1KE3637.tfa, 1554 bp
seq2 = pF1KE3637/gi568815597r_151707475.tfa (gi568815597r:151707475_151931764), 224290 bp

>pF1KE3637 1554
>gi568815597r:151707475_151931764 (Chr1)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-70  (102307-102336)   100% ->
71-156  (114485-114570)   100% ->
157-298  (114960-115101)   100% ->
299-811  (116340-116852)   100% ->
812-933  (117070-117191)   100% ->
934-1066  (118145-118277)   100% ->
1067-1174  (118419-118526)   100% ->
1175-1285  (118708-118818)   100% ->
1286-1395  (120331-120440)   100% ->
1396-1554  (124132-124290)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAGGGCCCCACAGAGACAGCACCGAGCCTCACGGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGACAGGGCCCCACAGAGACAGCACCGAGCCTCACGGGGTA...CAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTGCTGGCTGCAAAGAAGACCCACACCT         CACAAATTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102308 GCTGCTGGCTGCAAAGAAGACCCACACCTGTG...CAGCACAAATTGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TGATCCCTTGCAAAATCTGTGGGGACAAGTCGTCTGGGATCCACTACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114497 TGATCCCTTGCAAAATCTGTGGGGACAAGTCGTCTGGGATCCACTACGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTTATCACCTGTGAGGGGTGCAAG         GGCTTCTTCCGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114547 GTTATCACCTGTGAGGGGTGCAAGGTG...CAGGGCTTCTTCCGCCGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CCAGCGCTGTAACGCGGCCTACTCCTGCACCCGTCAGCAGAACTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114977 CCAGCGCTGTAACGCGGCCTACTCCTGCACCCGTCAGCAGAACTGCCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCGACCGCACCAGCCGAAACCGATGCCAGCACTGCCGCCTGCAGAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115027 TCGACCGCACCAGCCGAAACCGATGCCAGCACTGCCGCCTGCAGAAATGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGGCGCTGGGCATGTCCCGAGATG         CTGTCAAGTTCGGCCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115077 CTGGCGCTGGGCATGTCCCGAGATGGTG...CAGCTGTCAAGTTCGGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATGTCCAAGAAGCAGAGGGACAGCCTGCATGCAGAAGTGCAGAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116356 CATGTCCAAGAAGCAGAGGGACAGCCTGCATGCAGAAGTGCAGAAACAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCAGCAGCGGCAACAGCAGCAACAGGAACCAGTGGTCAAGACCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116406 TGCAGCAGCGGCAACAGCAGCAACAGGAACCAGTGGTCAAGACCCCTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCAGGGGCCCAAGGAGCAGATACCCTCACCTACACCTTGGGGCTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116456 GCAGGGGCCCAAGGAGCAGATACCCTCACCTACACCTTGGGGCTCCCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGGGCAGCTGCCCCTGGGCTCCTCGCCTGACCTGCCTGAGGCTTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116506 CGGGCAGCTGCCCCTGGGCTCCTCGCCTGACCTGCCTGAGGCTTCTGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTCCCCCTGGCCTCCTGAAAGCCTCAGGCTCTGGGCCCTCATATTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116556 GTCCCCCTGGCCTCCTGAAAGCCTCAGGCTCTGGGCCCTCATATTCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACTTGGCCAAGGCAGGGCTCAATGGGGCCTCATGCCACCTTGAATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116606 AACTTGGCCAAGGCAGGGCTCAATGGGGCCTCATGCCACCTTGAATACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCTGAGCGGGGCAAGGCTGAGGGCAGAGAGAGCTTCTATAGCACAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116656 CCCTGAGCGGGGCAAGGCTGAGGGCAGAGAGAGCTTCTATAGCACAGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCAGCTGACCCCTGACCGATGTGGACTTCGTTTTGAGGAACACAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116706 GCCAGCTGACCCCTGACCGATGTGGACTTCGTTTTGAGGAACACAGGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCTGGGCTTGGGGAACTGGGACAGGGCCCAGACAGCTACGGCAGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116756 CCTGGGCTTGGGGAACTGGGACAGGGCCCAGACAGCTACGGCAGCCCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTTCCGCAGCACACCGGAGGCACCCTATGCCTCCCTGACAGAGATAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116806 TTTCCGCAGCACACCGGAGGCACCCTATGCCTCCCTGACAGAGATAGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812       AGCACCTGGTGCAGAGCGTCTGCAAGTCCTACAGGGAGACATGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116856 ...CAGAGCACCTGGTGCAGAGCGTCTGCAAGTCCTACAGGGAGACATGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGCTGCGGCTGGAGGACCTGCTGCGGCAGCGCTCCAACATCTTCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117114 CAGCTGCGGCTGGAGGACCTGCTGCGGCAGCGCTCCAACATCTTCTCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGAGGAAGTGACTGGCTACCAGAGGAAG         TCCATGTGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117164 GGAGGAAGTGACTGGCTACCAGAGGAAGGTG...CAGTCCATGTGGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGTGGGAACGGTGTGCCCACCACCTCACCGAGGCCATTCAGTACGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118158 TGTGGGAACGGTGTGCCCACCACCTCACCGAGGCCATTCAGTACGTGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGTTCGCCAAGAGGCTCTCAGGCTTTATGGAGCTCTGCCAGAATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118208 GAGTTCGCCAAGAGGCTCTCAGGCTTTATGGAGCTCTGCCAGAATGACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GATTGTGCTTCTCAAAGCAG         GAGCAATGGAAGTGGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118258 GATTGTGCTTCTCAAAGCAGGTG...CAGGAGCAATGGAAGTGGTGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTAGGATGTGCCGGGCCTACAATGCTGACAACCGCACGGTCTTTTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118440 TTAGGATGTGCCGGGCCTACAATGCTGACAACCGCACGGTCTTTTTTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGCAAATACGGTGGCATGGAGCTGTTCCGAGCCTTGG         GCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 118490 GGCAAATACGGTGGCATGGAGCTGTTCCGAGCCTTGGGTG...CAGGCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAGCGAGCTCATCAGCTCCATCTTTGACTTCTCCCACTCCCTAAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118712 CAGCGAGCTCATCAGCTCCATCTTTGACTTCTCCCACTCCCTAAGTGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGCACTTTTCCGAGGATGAGATTGCCCTCTACACAGCCCTTGTTCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118762 TGCACTTTTCCGAGGATGAGATTGCCCTCTACACAGCCCTTGTTCTCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AATGCCC         ATCGGCCAGGGCTCCAAGAGAAAAGGAAAGTAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118812 AATGCCCGTG...CAGATCGGCCAGGGCTCCAAGAGAAAAGGAAAGTAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ACAGCTGCAGTACAATCTGGAGCTGGCCTTTCATCATCATCTCTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120365 ACAGCTGCAGTACAATCTGGAGCTGGCCTTTCATCATCATCTCTGCAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTCATCGCCAAAGCATCCTGGCAAAG         CTGCCACCCAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 120415 CTCATCGCCAAAGCATCCTGGCAAAGGTA...CAGCTGCCACCCAAGGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AAGCTTCGGAGCCTGTGTAGCCAGCATGTGGAAAGGCTGCAGATCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124147 AAGCTTCGGAGCCTGTGTAGCCAGCATGTGGAAAGGCTGCAGATCTTCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCACCTCCACCCCATCGTGGTCCAAGCCGCTTTCCCTCCACTCTACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124197 GCACCTCCACCCCATCGTGGTCCAAGCCGCTTTCCCTCCACTCTACAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGCTCTTCAGCACTGAAACCGAGTCACCTGTGGGGCTGTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124247 AGCTCTTCAGCACTGAAACCGAGTCACCTGTGGGGCTGTCCAAG