seq1 = pF1KE3635.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KE3635/gi568815592f_30809037.tfa (gi568815592f:30809037_31013980), 204944 bp

>pF1KE3635 1386
>gi568815592f:30809037_31013980 (Chr6)

1-137  (100001-100137)   100% ->
138-242  (100399-100503)   100% ->
243-374  (100896-101027)   100% ->
375-471  (101629-101725)   100% ->
472-560  (101817-101905)   100% ->
561-672  (102122-102233)   100% ->
673-741  (102395-102463)   100% ->
742-825  (102648-102731)   100% ->
826-958  (102978-103110)   100% ->
959-1089  (103292-103422)   100% ->
1090-1137  (104074-104121)   100% ->
1138-1216  (104273-104351)   100% ->
1217-1386  (104775-104944)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCACCCCTTCAAGGGGACTGAACCGAGTACACCTACAATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGCACCCCTTCAAGGGGACTGAACCGAGTACACCTACAATGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATCTGCAGGAATTCTTAGGGGGCCTGAGCCCTGGGGTATTGGACCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATCTGCAGGAATTCTTAGGGGGCCTGAGCCCTGGGGTATTGGACCGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTATGGGCACCCTGCCACATGTCTGGCTGTCTTCAG         GGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100101 TGTATGGGCACCCTGCCACATGTCTGGCTGTCTTCAGGTG...CAGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCCCATCCTTGGCTAAGAACTGGGTGATGCGGATGCTCTTTCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100403 CTCCCATCCTTGGCTAAGAACTGGGTGATGCGGATGCTCTTTCTGGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCTTTGCCACAGGCTGCTGTAGCTCTGTGGGTAAAGAAGGAATTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100453 GCCTTTGCCACAGGCTGCTGTAGCTCTGTGGGTAAAGAAGGAATTCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 A         GGCTCAGGAGGAAAGTACAGGGCTGCTGAGCGGCCTCCGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100503 AGTA...CAGGGCTCAGGAGGAAAGTACAGGGCTGCTGAGCGGCCTCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCTGGCACACACAGCTGCTCCCAGGCGGGCTCCAGGGCCTCATCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100936 ATCTGGCACACACAGCTGCTCCCAGGCGGGCTCCAGGGCCTCATCCTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCCATTTTCCGCCAGAACCTCCGCATTGCCCTTCTGGGTGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100986 CCCCATTTTCCGCCAGAACCTCCGCATTGCCCTTCTGGGTGGGTA...TA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    375  GGGGAAGGCCTGGTCTGATGACACAAGTCAGCTGGGACCAGACAAGCAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101628 GGGGGAAGGCCTGGTCTGATGACACAAGTCAGCTGGGACCAGACAAGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCCGGGACGTTCCCTCCCTTGACAAGTACGCCGAGGAGCGATGGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101678 GCCCGGGACGTTCCCTCCCTTGACAAGTACGCCGAGGAGCGATGGGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        GTGGTCTTGCACTTCATGGTGGGCTCCCCCAGTGCAGCTGTCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101728 A...CAGGTGGTCTTGCACTTCATGGTGGGCTCCCCCAGTGCAGCTGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCAGGACTTGGCTCAGCTCCTCAGCCAGGCTGGGCTCATGAAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101860 GCCAGGACTTGGCTCAGCTCCTCAGCCAGGCTGGGCTCATGAAGAGGTG.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    561      TACTGAACCTGGAGAGCCGCCCTGCATTACTTCCGCTGGCTTCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101910 ..TAGTACTGAACCTGGAGAGCCGCCCTGCATTACTTCCGCTGGCTTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTCCTGTTGCTGGACACCCCGGCTCAGCTCTGGTACTTTATGTTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102167 GTTCCTGTTGCTGGACACCCCGGCTCAGCTCTGGTACTTTATGTTGCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATTTGCAGACAGCCCAG         AGCCGGGGCATGGACCTGGTAGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102217 ATTTGCAGACAGCCCAGGTG...TAGAGCCGGGGCATGGACCTGGTAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATTCTCTCCTTCCTCTTCCAGCTCAGCTTCTCTACTCTGGGCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102419 ATTCTCTCCTTCCTCTTCCAGCTCAGCTTCTCTACTCTGGGCAAGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742     GATTACTCTGTGGAAGGTATGAGTGATTCTCTGTTGAACTTCCTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102469 .CAGGATTACTCTGTGGAAGGTATGAGTGATTCTCTGTTGAACTTCCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AACATCTGCGTGAGTTTGGGCTTGTTTTCCAGAGGAAG         AGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102694 AACATCTGCGTGAGTTTGGGCTTGTTTTCCAGAGGAAGGTA...CAGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAATCTCGGCGTTACTACCCCACACGCCTGGCCATCAATCTCTCATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102981 AAATCTCGGCGTTACTACCCCACACGCCTGGCCATCAATCTCTCATCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGTCTCTGGAGCTGGGGGCACTGTGCATCAGCCAGGTTTCATTGTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103031 TGTCTCTGGAGCTGGGGGCACTGTGCATCAGCCAGGTTTCATTGTCGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAACCAATTACCGACTGTATGCCTACACGG         AGTCGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103081 AAACCAATTACCGACTGTATGCCTACACGGGTG...CAGAGTCGGAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGATTGCCCTCATTGCCCTCTTCTCTGAGATGCTCTATCGGTTCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103303 CAGATTGCCCTCATTGCCCTCTTCTCTGAGATGCTCTATCGGTTCCCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CATGGTGGTGGCGCAGGTGACCCGGGAGAGTGTGCAGCAGGCAATCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103353 CATGGTGGTGGCGCAGGTGACCCGGGAGAGTGTGCAGCAGGCAATCGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GTGGCATCACAGCCCAGCAG         ATAATCCATTTCCTAAGGACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103403 GTGGCATCACAGCCCAGCAGGTA...TAGATAATCCATTTCCTAAGGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGAGCCCACCCAGTGATGCTCAAACAG         ACACCTGTGCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104095 AGAGCCCACCCAGTGATGCTCAAACAGGTA...CAGACACCTGTGCTGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCCCACCATCACCGACCAGATCCGGCTCTGGGAGCTGGAAAGGGACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104287 CCCCACCATCACCGACCAGATCCGGCTCTGGGAGCTGGAAAGGGACAGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCCGGTTCACTGAGG         GTGTCCTGTATAACCAGTTCCTGTCG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104337 TCCGGTTCACTGAGGGTG...CAGGTGTCCTGTATAACCAGTTCCTGTCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CAAGTGGACTTTGAGCTGCTGCTGGCCCACGCGCGGGAGCTGGGCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104801 CAAGTGGACTTTGAGCTGCTGCTGGCCCACGCGCGGGAGCTGGGCGTGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CGTGTTCGAGAACTCGGCCAAGCGGCTCATGGTGGTGACCCCGGCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104851 CGTGTTCGAGAACTCGGCCAAGCGGCTCATGGTGGTGACCCCGGCCGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ACAGCGACGTCAAGCGCTTTTGGAAGCGGCAGAAACATAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104901 ACAGCGACGTCAAGCGCTTTTGGAAGCGGCAGAAACATAGCTCC