seq1 = pF1KE3633.tfa, 2466 bp
seq2 = pF1KE3633/gi568815589r_137074945.tfa (gi568815589r:137074945_137288532), 213588 bp

>pF1KE3633 2466
>gi568815589r:137074945_137288532 (Chr9)

(complement)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-740  (100430-101052)   100% ->
741-873  (102177-102309)   100% ->
874-1048  (103446-103620)   100% ->
1049-1168  (104742-104861)   100% ->
1169-1286  (105291-105408)   100% ->
1287-1468  (106671-106852)   100% ->
1469-1610  (107604-107745)   100% ->
1611-1686  (108006-108081)   100% ->
1687-1890  (108149-108352)   100% ->
1891-2020  (112696-112825)   100% ->
2021-2256  (113061-113296)   100% ->
2257-2466  (113379-113588)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCAGTTGTGGTGGCGGAGGGGGACAGCGACTCCCGGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCAGTTGTGGTGGCGGAGGGGGACAGCGACTCCCGGCCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAGGAGTTGTTAGTGGCCTGGAACACCGTGAGCACCGGCCTGGTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAGGAGTTGTTAGTGGCCTGGAACACCGTGAGCACCGGCCTGGTGCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCTGCGCTGGGGCTG         GTGTCTTCCCGGACCAGCGGTGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCTGCGCTGGGGCTGGTG...CAGGTGTCTTCCCGGACCAGCGGTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCCGCCAAAGGAAGAGGAGCTCCGGGCGGCGGTGGAGGTTCTGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100454 GTCCCGCCAAAGGAAGAGGAGCTCCGGGCGGCGGTGGAGGTTCTGAGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCACGGGCTACACTCGGTCCTGGAGGAGTGGTTCGTGGAGGTGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100504 CCACGGGCTACACTCGGTCCTGGAGGAGTGGTTCGTGGAGGTGCTGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGATCTGCAGGCCAACATCTCCCCTGAGTTCTGGAATGCCATCTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100554 ACGATCTGCAGGCCAACATCTCCCCTGAGTTCTGGAATGCCATCTCCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCGAGAACTCTGCGGATGAGCCCCAGTGCCTTTTGCTACTCCTTGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100604 TGCGAGAACTCTGCGGATGAGCCCCAGTGCCTTTTGCTACTCCTTGACGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTTGGCCTGCTGGAGAGCCGCCTGGATCCCTACCTGCGTAGCCTAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100654 TTTTGGCCTGCTGGAGAGCCGCCTGGATCCCTACCTGCGTAGCCTAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCTGGAGAAATGGACTCGCCTGGGCTTGCTGATGGGCACTGGTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100704 TGCTGGAGAAATGGACTCGCCTGGGCTTGCTGATGGGCACTGGTGCTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGGCTGCGAGAAGAAGTCCACACTATGTTGCGCGGAGTCTTGTTCTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100754 GGGCTGCGAGAAGAAGTCCACACTATGTTGCGCGGAGTCTTGTTCTTTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CACCCCCAGAACCTTCCAAGAGATGATCCAGCGTCTGTATGGGTGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100804 CACCCCCAGAACCTTCCAAGAGATGATCCAGCGTCTGTATGGGTGCTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGAGAGTCTATATGCAGAGTAAGAGGAAGGGGGAAGGGGGCACAGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100854 TGAGAGTCTATATGCAGAGTAAGAGGAAGGGGGAAGGGGGCACAGACCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAACTGGAAGGGGAGCTGGACAGCCGGTATGCCCGTCGCCGGTACTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100904 GAACTGGAAGGGGAGCTGGACAGCCGGTATGCCCGTCGCCGGTACTACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCTCCTGCAGAGCCCGCTGTGTGCAGGGTGCAGCAGTGACAAGCAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100954 GCTCCTGCAGAGCCCGCTGTGTGCAGGGTGCAGCAGTGACAAGCAACAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCTGGTGTCGCCAGGCTCTGGAGCAGTTCCATCAGCTCAGCCAGGTCTT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101004 GCTGGTGTCGCCAGGCTCTGGAGCAGTTCCATCAGCTCAGCCAGGTCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741         ACACAGGCTCAGTCTGCTGGAGCGGGTCAGTGCCGAGGCTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101054 TG...TAGACACAGGCTCAGTCTGCTGGAGCGGGTCAGTGCCGAGGCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GACCACCACCCTGCACCAGGTGACCCGGGAGAGGATGGAGGACCGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102219 GACCACCACCCTGCACCAGGTGACCCGGGAGAGGATGGAGGACCGTTGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GGGGCGAGTACGAGCGCTCCTTCCTGCGTGAGTTCCACAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102269 GGGGCGAGTACGAGCGCTCCTTCCTGCGTGAGTTCCACAAGGTG...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TGGATCGAGCGGGTGGTCGGCTGGCTCGGCAAGGTGTTCCTGCAGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103446 TGGATCGAGCGGGTGGTCGGCTGGCTCGGCAAGGTGTTCCTGCAGGACGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCCCGCCAGGCCCGCATCTCCCGAGGCCGGCAACACCCTGCGCCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103496 CCCCGCCAGGCCCGCATCTCCCGAGGCCGGCAACACCCTGCGCCGCTGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCTGCCACGTGCAAAGGTTCTTCTACCGCATCTACGCCAGCCTGCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103546 GCTGCCACGTGCAAAGGTTCTTCTACCGCATCTACGCCAGCCTGCGCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GAGGAGCTCTTCAGCATCGTCCGAG         ACTTCCCAGACTCCCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103596 GAGGAGCTCTTCAGCATCGTCCGAGGTG...TAGACTTCCCAGACTCCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GCCAGCCATCGAGGACCTCAAGTACTGCCTGGAGAGGACGGACCAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104758 GCCAGCCATCGAGGACCTCAAGTACTGCCTGGAGAGGACGGACCAGAGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGCAGCTGCTCGTGTCCCTCAAGGCTGCCCTGGAGACTCGGCTCCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104808 AGCAGCTGCTCGTGTCCCTCAAGGCTGCCCTGGAGACTCGGCTCCTGCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CCAG         GCGTCAACACGTGTGACATCATCACCCTCTATATCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104858 CCAGGTG...TAGGCGTCAACACGTGTGACATCATCACCCTCTATATCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGCCATCAAGGCGCTGCGCGTGCTGGACCCTTCCATGGTCATCCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105328 TGCCATCAAGGCGCTGCGCGTGCTGGACCCTTCCATGGTCATCCTGGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGGCCTGTGAGCCTATCCGCCGCTACCTGAG         GACGCGGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105378 TGGCCTGTGAGCCTATCCGCCGCTACCTGAGGTG...CAGGACGCGGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GACACAGTGCGGCAGATTGTGGCTGGGCTGACGGGGGACTCGGACGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106681 GACACAGTGCGGCAGATTGTGGCTGGGCTGACGGGGGACTCGGACGGGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGGGGACCTGGCTGTTGAGCTGTCCAAGACCGACCCGGCGAGCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106731 AGGGGACCTGGCTGTTGAGCTGTCCAAGACCGACCCGGCGAGCCTGGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CAGGCCAGGACAGTGAGGATGACTCAGGCGAGCCAGAGGACTGGGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106781 CAGGCCAGGACAGTGAGGATGACTCAGGCGAGCCAGAGGACTGGGTCCCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GACCCTGTGGATGCCGATCCAG         GGAAGTCGAGCTCCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106831 GACCCTGTGGATGCCGATCCAGGTT...CAGGGAAGTCGAGCTCCAAGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GCGTTCATCGGACATCATCAGCCTGCTGGTCAGCATCTACGGCAGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107623 GCGTTCATCGGACATCATCAGCCTGCTGGTCAGCATCTACGGCAGCAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 ACCTCTTCATCAATGAGTACCGCTCGCTGCTGGCCGACCGCCTGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107673 ACCTCTTCATCAATGAGTACCGCTCGCTGCTGGCCGACCGCCTGCTGCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CAGTTCAGCTTCAGCCCCGAGCG         GGAGATCCGCAACGTGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107723 CAGTTCAGCTTCAGCCCCGAGCGGTG...CAGGGAGATCCGCAACGTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GCTGCTGAAGCTGCGCTTTGGCGAGGCCCCAATGCACTTCTGTGAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108024 GCTGCTGAAGCTGCGCTTTGGCGAGGCCCCAATGCACTTCTGTGAAGTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TGCTGAAG         GACATGGCGGACTCCCGCCGCATCAATGCCAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108074 TGCTGAAGGTG...CAGGACATGGCGGACTCCCGCCGCATCAATGCCAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 ATCCGGGAGGAGGATGAGAAGCGGCCAGCAGAGGAGCAGCCACCGTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108182 ATCCGGGAGGAGGATGAGAAGCGGCCAGCAGAGGAGCAGCCACCGTTCGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GGTCTACGCTGTCATCCTGTCCAGTGAGTTCTGGCCGCCCTTCAAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108232 GGTCTACGCTGTCATCCTGTCCAGTGAGTTCTGGCCGCCCTTCAAGGACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGAAGCTGGAGGTCCCCGAGGATATCAGGGCAGCCCTGGAGGCTTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108282 AGAAGCTGGAGGTCCCCGAGGATATCAGGGCAGCCCTGGAGGCTTACTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AAGAAGTATGAGCAGCTCAAG         GCCATGCGGACCCTCAGTTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 108332 AAGAAGTATGAGCAGCTCAAGGTA...TAGGCCATGCGGACCCTCAGTTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GAAGCACACCCTGGGCCTGGTGACCATGGACGTGGAGCTGGCCGACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112716 GAAGCACACCCTGGGCCTGGTGACCATGGACGTGGAGCTGGCCGACCGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CGCTGTCTGTGGCGGTCACCCCAGTACAGGCGGTGATCTTGCTGTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112766 CGCTGTCTGTGGCGGTCACCCCAGTACAGGCGGTGATCTTGCTGTATTTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 CAGGACCAAG         CCAGCTGGACCCTGGAGGAACTGAGCAAGGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112816 CAGGACCAAGGTG...CAGCCAGCTGGACCCTGGAGGAACTGAGCAAGGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 GGTGAAGATGCCCGTGGCGCTGCTGCGGCGGCGGATGTCCGTGTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113092 GGTGAAGATGCCCGTGGCGCTGCTGCGGCGGCGGATGTCCGTGTGGCTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 AGCAGGGTGTGCTGCGTGAGGAGCCCCCCGGCACCTTCTCTGTCATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113142 AGCAGGGTGTGCTGCGTGAGGAGCCCCCCGGCACCTTCTCTGTCATTGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 GAGGAGCGGCCTCAGGACCGGGACAACATGGTGCTCATTGACAGTGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113192 GAGGAGCGGCCTCAGGACCGGGACAACATGGTGCTCATTGACAGTGACGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 CGAGAGCGACTCCGGCATGGCCTCCCAGGCCGACCAGAAGGAGGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113242 CGAGAGCGACTCCGGCATGGCCTCCCAGGCCGACCAGAAGGAGGAGGAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 TGCTG         CTCTTCTGGACGTACATCCAGGCCATGCTGACCAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113292 TGCTGGTG...CAGCTCTTCTGGACGTACATCCAGGCCATGCTGACCAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 CTGGAGAGCCTCTCACTGGATCGTATCTACAACATGCTCCGCATGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113415 CTGGAGAGCCTCTCACTGGATCGTATCTACAACATGCTCCGCATGTTTGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 GGTGACTGGGCCTGCACTGGCCGAGATTGACCTGCAGGAGCTGCAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113465 GGTGACTGGGCCTGCACTGGCCGAGATTGACCTGCAGGAGCTGCAGGGCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 ACCTGCAGAAGAAGGTGCGGGACCAGCAGCTCGTCTACTCGGCCGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113515 ACCTGCAGAAGAAGGTGCGGGACCAGCAGCTCGTCTACTCGGCCGGCGTC

   2550     .    :    .    :
   2443 TACCGCCTGCCCAAGAACTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||
 113565 TACCGCCTGCCCAAGAACTGCAGC