seq1 = pF1KE3630.tfa, 1623 bp
seq2 = pF1KE3630/gi568815586r_121140800.tfa (gi568815586r:121140800_121374442), 233643 bp

>pF1KE3630 1623
>gi568815586r:121140800_121374442 (Chr12)

(complement)

1-471  (99917-100387)   99% ->
472-519  (103498-103545)   100% ->
520-573  (104862-104915)   100% ->
574-625  (105754-105805)   100% ->
626-759  (110504-110637)   100% ->
760-796  (114088-114124)   100% ->
797-818  (118639-118660)   100% ->
819-907  (118805-118893)   100% ->
908-1107  (120971-121170)   100% ->
1108-1161  (121729-121782)   100% ->
1162-1235  (124409-124482)   100% ->
1236-1323  (124569-124656)   100% ->
1324-1452  (125709-125837)   100% ->
1453-1553  (129203-129303)   100% ->
1554-1623  (133574-133643)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCATCATGTGTCTCTAGCCAGCCCAGCAGCAACCGGGCCGCCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99917 ATGTCATCATGTGTCTCTAGCCAGCCCAGCAGCAACCGGGCCGCCCCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATGAGCTGGGGGGCAGGGGCAGCAGCAGCAGCGAAAGCCAGAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99967 GGATGAGCTGGGGGGCAGGGGCAGCAGCAGCAGCGAAAGCCAGAAGCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGAGGCCCTGCGGGGCCTCTCATCCTTGAGCATCCACCTGGGCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 GTGAGGCCCTGCGGGGCCTCTCATCCTTGAGCATCCACCTGGGCATGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCTTCATTGTGGTCACCGAGTGTGAGCCGGGCTGTGCTGTGGACCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 TCCTTCATTGTGGTCACCGAGTGTGAGCCGGGCTGTGCTGTGGACCTCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTGGCGCGGGACCGGCCCCTGGAGGCCGATGGCCAAGAGGTCCCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100117 CTTGGCGCGGGACCGGCCCCTGGAGGCCGATGGCCAAGAGGTCCCCCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTCCTCCGGGTCCCAGGCCCGGCCCCACCTCTCCGGTCGCAAGCTGTCT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100167 ACACCTCCGGGTCCCAGGCCCGGCCCCACCTCTCCGGTCGCAAGCTGTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCAAGAGCGGTCCCAGGGTGGGCTGGCAGCCGGTGGCAGCCTGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100217 CTGCAAGAGCGGTCCCAGGGTGGGCTGGCAGCCGGTGGCAGCCTGGACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAACGGACGCTGCATCTGCCCGTCCCTGCCCTACTCACCCGTCAGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100267 GAACGGACGCTGCATCTGCCCGTCCCTGCCCTACTCACCCGTCAGCTCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCAGTCCTCGCCTCGGCTGCCCCGGCGGCCGACAGTGGAGTCTCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100317 CGCAGTCCTCGCCTCGGCTGCCCCGGCGGCCGACAGTGGAGTCTCACCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCTCCATCACGGGTATGCAG         GACTGTGTGCAGCTGAATCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100367 GTCTCCATCACGGGTATGCAGGTG...TAGGACTGTGTGCAGCTGAATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTATACCCTGAAGGATGAAATTGGAAAG         GGCTCCTATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103518 GTATACCCTGAAGGATGAAATTGGAAAGGTA...CAGGGCTCCTATGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCGTCAAGTTGGCCTACAATGAAAATGACAATACCTACTAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104875 TCGTCAAGTTGGCCTACAATGAAAATGACAATACCTACTATGTG...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCAATGAAGGTGCTGTCCAAAAAGAAGCTGATCCGGCAGGCCGGCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105754 GCAATGAAGGTGCTGTCCAAAAAGAAGCTGATCCGGCAGGCCGGCTTTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AC         GTCGCCCTCCACCCCGAGGCACCCGGCCAGCTCCTGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105804 ACGTG...CAGGTCGCCCTCCACCCCGAGGCACCCGGCCAGCTCCTGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCTGCATCCAGCCCAGGGGCCCCATTGAGCAGGTGTACCAGGAAATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110543 GCTGCATCCAGCCCAGGGGCCCCATTGAGCAGGTGTACCAGGAAATTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATCCTCAAGAAGCTGGACCACCCCAATGTGGTGAAGCTGGTGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 110593 ATCCTCAAGAAGCTGGACCACCCCAATGTGGTGAAGCTGGTGGAGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    760     GTCCTGGATGACCCCAATGAGGACCATCTGTACATGG         
        .>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 110643 .AAGGTCCTGGATGACCCCAATGAGGACCATCTGTACATGGGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGTTCGAACTGGTCAACCAAGG         GCCCGTGATGGAAGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118639 TGTTCGAACTGGTCAACCAAGGGTG...CAGGCCCGTGATGGAAGTGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACCCTCAAACCACTCTCTGAAGACCAGGCCCGTTTCTACTTCCAGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118824 ACCCTCAAACCACTCTCTGAAGACCAGGCCCGTTTCTACTTCCAGGATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATCAAAGGCATCGAGTACT         TACACTACCAGAAGATCATCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118874 GATCAAAGGCATCGAGTACTGTG...CAGTACACTACCAGAAGATCATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACCGTGACATCAAACCTTCCAACCTCCTGGTCGGAGAAGATGGGCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120992 ACCGTGACATCAAACCTTCCAACCTCCTGGTCGGAGAAGATGGGCACATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGATCGCTGACTTTGGTGTGAGCAATGAATTCAAGGGCAGTGACGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121042 AAGATCGCTGACTTTGGTGTGAGCAATGAATTCAAGGGCAGTGACGCGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTCTCCAACACCGTGGGCACGCCCGCCTTCATGGCACCCGAGTCGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121092 CCTCTCCAACACCGTGGGCACGCCCGCCTTCATGGCACCCGAGTCGCTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGAGACCCGCAAGATCTTCTCTGGGAAG         GCCTTGGATGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 121142 CTGAGACCCGCAAGATCTTCTCTGGGAAGGTA...CAGGCCTTGGATGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TGGGCCATGGGTGTGACACTATACTGCTTTGTCTTTGGCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 121741 TGGGCCATGGGTGTGACACTATACTGCTTTGTCTTTGGCCAGGTA...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1162  TGCCCATTCATGGACGAGCGGATCATGTGTTTACACAGTAAGATCAAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124408 GTGCCCATTCATGGACGAGCGGATCATGTGTTTACACAGTAAGATCAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTCAGGCCCTGGAATTTCCAGACCA         GCCCGACATAGCTGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124458 GTCAGGCCCTGGAATTTCCAGACCAGTG...CAGGCCCGACATAGCTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GACTTGAAGGACCTGATCACCCGTATGCTGGACAAGAACCCCGAGTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124585 GACTTGAAGGACCTGATCACCCGTATGCTGGACAAGAACCCCGAGTCGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GATCGTGGTGCCGGAAATCAAG         CTGCACCCCTGGGTCACGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 124635 GATCGTGGTGCCGGAAATCAAGGTA...AAGCTGCACCCCTGGGTCACGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GGCATGGGGCGGAGCCGTTGCCGTCGGAGGATGAGAACTGCACGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125728 GGCATGGGGCGGAGCCGTTGCCGTCGGAGGATGAGAACTGCACGCTGGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAAGTGACTGAAGAGGAGGTCGAGAACTCAGTCAAACACATTCCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125778 GAAGTGACTGAAGAGGAGGTCGAGAACTCAGTCAAACACATTCCCAGCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGCAACCGTG         ATCCTGGTGAAGACCATGATACGTAAACGCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125828 GGCAACCGTGGTA...CAGATCCTGGTGAAGACCATGATACGTAAACGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CCTTTGGGAACCCATTCGAGGGCAGCCGGCGGGAGGAACGCTCACTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129234 CCTTTGGGAACCCATTCGAGGGCAGCCGGCGGGAGGAACGCTCACTGTCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GCGCCTGGAAACTTGCTCAC         GAAGCAAGGCAGCGAAGACAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 129284 GCGCCTGGAAACTTGCTCACGTG...CAGGAAGCAAGGCAGCGAAGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1575 CCTCCAGGGCACCGACCCGCCCCCCGTGGGGGAGGAGGAAGTGCTCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133595 CCTCCAGGGCACCGACCCGCCCCCCGTGGGGGAGGAGGAAGTGCTCTTG