seq1 = pF1KE3628.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KE3628/gi568815596r_162044026.tfa (gi568815596r:162044026_162249178), 205153 bp

>pF1KE3628 540
>gi568815596r:162044026_162249178 (Chr2)

(complement)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-254  (101665-101826)   100% ->
255-392  (103502-103639)   100% ->
393-540  (105009-105156)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAAGCATTTACTTTGTGGCTGGATTATTTGTAATGCTGGTACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAAGCATTTACTTTGTGGCTGGATTATTTGTAATGCTGGTACAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTGGCAACGTTCCCTTCAAGACACAGAGGAGAAATCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 CAGCTGGCAACGTTCCCTTCAAGACACAGAGGAGAAATCCAGGTA...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  ATCATTCTCAGCTTCCCAGGCAGACCCACTCAGTGATCCTGATCAGATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101664 GATCATTCTCAGCTTCCCAGGCAGACCCACTCAGTGATCCTGATCAGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACGAGGACAAGCGCCATTCACAGGGCACATTCACCAGTGACTACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101714 AACGAGGACAAGCGCCATTCACAGGGCACATTCACCAGTGACTACAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTATCTGGACTCCAGGCGTGCCCAAGATTTTGTGCAGTGGTTGATGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101764 GTATCTGGACTCCAGGCGTGCCCAAGATTTTGTGCAGTGGTTGATGAATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAAGAGGAACAG         GAATAACATTGCCAAACGTCACGATGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101814 CCAAGAGGAACAGGTA...CAGGAATAACATTGCCAAACGTCACGATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGAGAGACATGCTGAAGGGACCTTTACCAGTGATGTAAGTTCTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103530 TTTGAGAGACATGCTGAAGGGACCTTTACCAGTGATGTAAGTTCTTATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAAGGCCAAGCTGCCAAGGAATTCATTGCTTGGCTGGTGAAAGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103580 GGAAGGCCAAGCTGCCAAGGAATTCATTGCTTGGCTGGTGAAAGGCCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAAGGCGAGA         TTTCCCAGAAGAGGTCGCCATTGTTGAAGAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103630 GAAGGCGAGAGTA...TAGTTTCCCAGAAGAGGTCGCCATTGTTGAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTGGCCGCAGACATGCTGATGGTTCTTTCTCTGATGAGATGAACACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105040 CTTGGCCGCAGACATGCTGATGGTTCTTTCTCTGATGAGATGAACACCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTTGATAATCTTGCCGCCAGGGACTTTATAAACTGGTTGATTCAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105090 TCTTGATAATCTTGCCGCCAGGGACTTTATAAACTGGTTGATTCAGACCA

    550     .    :    .
    524 AAATCACTGACAGGAAA
        ||||||||||||||  |
 105140 AAATCACTGACAGGTGA