seq1 = pF1KE3627.tfa, 342 bp
seq2 = pF1KE3627/gi568815584r_95611758.tfa (gi568815584r:95611758_95814066), 202309 bp

>pF1KE3627 342
>gi568815584r:95611758_95814066 (Chr14)

(complement)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-297  (101671-101847)   100% ->
298-342  (102265-102309)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGAGTGCCCGACACTCGGGGAGGCAGTCACCGACCACCCGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGAGTGCCCGACACTCGGGGAGGCAGTCACCGACCACCCGGACCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGTGGGCCTGGGAGAAGTTCGTGTATTTGGACGAGAAGCAGCACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGTGGGCCTGGGAGAAGTTCGTGTATTTGGACGAGAAGCAGCACGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTGCCCTTAACCATCGAG         ATAAAGGATAGGTTACAGTTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 GGCTGCCCTTAACCATCGAGGTA...CAGATAAAGGATAGGTTACAGTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGGTGCTCTTGCGTCGGGAAGACGTCGTCCTGGGGAGGCCTATGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101692 CGGGTGCTCTTGCGTCGGGAAGACGTCGTCCTGGGGAGGCCTATGACCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCCAGATAGGCCCAAGCCTGCTGCCTATCATGTGGCAGCTCTACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101742 CACCCAGATAGGCCCAAGCCTGCTGCCTATCATGTGGCAGCTCTACCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGGACGATACCGATCCTCAGACTCCAGTTTCTGGCGCTTAGTGTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101792 ATGGACGATACCGATCCTCAGACTCCAGTTTCTGGCGCTTAGTGTACCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCAAG         ATTGACGGCGTGGAGGACATGCTTCTCGAGCTGCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101842 ATCAAGGTG...CAGATTGACGGCGTGGAGGACATGCTTCTCGAGCTGCT

    350     .    :
    333 GCCAGATGAC
        ||||||||||
 102300 GCCAGATGAC