seq1 = pF1KE3626.tfa, 648 bp
seq2 = pF1KE3626/gi568815584r_21361199.tfa (gi568815584r:21361199_21576872), 215674 bp

>pF1KE3626 648
>gi568815584r:21361199_21576872 (Chr14)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-118  (100274-100345)   100% ->
119-186  (101939-102006)   100% ->
187-269  (108121-108203)   100% ->
270-362  (108424-108516)   100% ->
363-474  (113106-113217)   100% ->
475-543  (114455-114523)   100% ->
544-648  (115570-115674)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTATGCTTATCTCTTCAAGTATATCATCATCGGAGACACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGACTTATGCTTATCTCTTCAAGTATATCATCATCGGAGACACAGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GTGTGGGGAAGTCATGTCTCCTCCTGCAGTTTACAGATAAGCGGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGGTGTGGGGAAGTCATGTCTCCTCCTGCAGTTTACAGATAAGCGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCAGCCTGTCCACGACCTCACAATAG         GTGTGGAGTTTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100319 TCCAGCCTGTCCACGACCTCACAATAGGTA...CAGGTGTGGAGTTTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCTCGTATGGTCAACATTGATGGAAAACAAATCAAACTGCAAATCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101953 GCTCGTATGGTCAACATTGATGGAAAACAAATCAAACTGCAAATCTGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TACG         GCTGGGCAAGAATCCTTCCGTTCTATCACCCGTTCCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102003 TACGGTG...AAGGCTGGGCAAGAATCCTTCCGTTCTATCACCCGTTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACTACAGGGGAGCAGCTGGAGCACTGCTGGTGTACGACATTACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108158 ACTACAGGGGAGCAGCTGGAGCACTGCTGGTGTACGACATTACAAGGTG.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    270      GCGTGAAACCTTCAACCACCTGACCTCATGGTTAGAGGATGCCCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108208 ..TAGGCGTGAAACCTTCAACCACCTGACCTCATGGTTAGAGGATGCCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCAGCACTCTAGTTCCAACATGGTTATCATGCTCATTGGGAATAAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108469 GCAGCACTCTAGTTCCAACATGGTTATCATGCTCATTGGGAATAAGAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    363        TGACCTAGAGTCCCGCAGGGATGTGAAGAGAGAAGAAGGAGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108519 A...CAGTGACCTAGAGTCCCGCAGGGATGTGAAGAGAGAAGAAGGAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCCTTTGCTAGGGAGCATGGACTTATATTCATGGAAACTTCAGCCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113149 GCCTTTGCTAGGGAGCATGGACTTATATTCATGGAAACTTCAGCCAAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCCTGCAATGTTGAAGAG         GCCTTCATTAACACAGCCAAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113199 AGCCTGCAATGTTGAAGAGGTA...CAGGCCTTCATTAACACAGCCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAATATATAGGAAGATCCAGCAGGGTTTATTTGATGTCCACAATGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114477 AAATATATAGGAAGATCCAGCAGGGTTTATTTGATGTCCACAATGAGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    544       GCAAATGGCATCAAGATTGGGCCCCAACAGTCAATTTCAACATC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114527 ...CAGGCAAATGGCATCAAGATTGGGCCCCAACAGTCAATTTCAACATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGTGGGACCCAGTGCCTCCCAGCGGAACTCTCGTGACATAGGGTCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115614 AGTGGGACCCAGTGCCTCCCAGCGGAACTCTCGTGACATAGGGTCCAACT

    700     .    :
    638 CTGGCTGCTGC
        |||||||||||
 115664 CTGGCTGCTGC