seq1 = pF1KE3625.tfa, 1362 bp
seq2 = pF1KE3625/gi568815589r_120664562.tfa (gi568815589r:120664562_120888258), 223697 bp

>pF1KE3625 1362
>gi568815589r:120664562_120888258 (Chr9)

(complement)

1-490  (100001-100490)   100% ->
491-685  (109714-109908)   100% ->
686-819  (112033-112166)   100% ->
820-906  (115419-115505)   100% ->
907-1076  (116742-116911)   100% ->
1077-1362  (123412-123697)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGAAAGGACTTTGAGACATGGCTTGATAACATTTCTGTTACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGAAAGGACTTTGAGACATGGCTTGATAACATTTCTGTTACATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTTCTCTGACGGACTTGCAGAAAAATGAAACTCTGGATCACCTGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTTCTCTGACGGACTTGCAGAAAAATGAAACTCTGGATCACCTGATTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCTGAGTGGGGCAGTCCAGCTCAGGCATCTCTCCAATAACCTAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCTGAGTGGGGCAGTCCAGCTCAGGCATCTCTCCAATAACCTAGAGACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCTCAAGCGGGACTTCCTCAAACTCCTTCCCCTGGAGCTCAGTTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCTCAAGCGGGACTTCCTCAAACTCCTTCCCCTGGAGCTCAGTTTTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTGTTAAAATGGCTCGATCCTCAGACTTTACTCACATGCTGCCTCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTGTTAAAATGGCTCGATCCTCAGACTTTACTCACATGCTGCCTCGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTAAACAGTGGAATAAGGTGATAAGTGCCTGTACAGAGGTGTGGCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTAAACAGTGGAATAAGGTGATAAGTGCCTGTACAGAGGTGTGGCAGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCATGTAAAAATTTGGGCTGGCAGATAGATGATTCTGTTCAGGACGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCATGTAAAAATTTGGGCTGGCAGATAGATGATTCTGTTCAGGACGCTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCACTGGAAGAAGGTTTATTTGAAGGCTATTTTGAGAATGAAGCAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCACTGGAAGAAGGTTTATTTGAAGGCTATTTTGAGAATGAAGCAACTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGACCATGAAGCCTTTGAAACCTCGTCATTAATTGGACACAGTGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGACCATGAAGCCTTTGAAACCTCGTCATTAATTGGACACAGTGCCAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGTATGCACTTTACTACAAAGATGGACTTCTCTGTACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100451 GTGTATGCACTTTACTACAAAGATGGACTTCTCTGTACAGGTA...AAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTCAGATGACTTGTCTGCAAAGCTGTGGGATGTGAGCACAGGGCAGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109715 GTCAGATGACTTGTCTGCAAAGCTGTGGGATGTGAGCACAGGGCAGTGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTTATGGCATCCAGACCCACACTTGTGCAGCGGTGAAGTTTGATGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109765 TTTATGGCATCCAGACCCACACTTGTGCAGCGGTGAAGTTTGATGAACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGCTTGTGACAGGCTCCTTTGACAACACTGTGGCTTGCTGGGAATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109815 AAGCTTGTGACAGGCTCCTTTGACAACACTGTGGCTTGCTGGGAATGGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTCCGGAGCCAGGACCCAGCACTTTCGGGGGCACACGGGGGCGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109865 TTCCGGAGCCAGGACCCAGCACTTTCGGGGGCACACGGGGGCGGGTG...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    686    TATTTAGCGTGGACTACAATGATGAACTGGATATCTTGGTGAGCGGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112030 TAGTATTTAGCGTGGACTACAATGATGAACTGGATATCTTGGTGAGCGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCTGCAGACTTCACTGTGAAAGTATGGGCTTTATCTGCTGGGACATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112080 TCTGCAGACTTCACTGTGAAAGTATGGGCTTTATCTGCTGGGACATGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GAACACACTCACCGGGCACACGGAATGGGTCACCAAG         GTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 112130 GAACACACTCACCGGGCACACGGAATGGGTCACCAAGGTA...CAGGTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTTTGCAGAAGTGCAAAGTCAAGTCTCTCTTGCACAGTCCTGGAGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115423 TTTTGCAGAAGTGCAAAGTCAAGTCTCTCTTGCACAGTCCTGGAGACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATCCTCTTAAGTGCAGACAAATATGAGATTAAG         ATTTGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115473 ATCCTCTTAAGTGCAGACAAATATGAGATTAAGGTG...TAGATTTGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AATTGGGAGAGAAATCAACTGTAAGTGCTTAAAGACATTGTCTGTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116750 AATTGGGAGAGAAATCAACTGTAAGTGCTTAAAGACATTGTCTGTCTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGGATAGAAGTATCTGCCTGCAGCCAAGACTTCATTTTGATGGCAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116800 AGGATAGAAGTATCTGCCTGCAGCCAAGACTTCATTTTGATGGCAAATAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATTGTCTGTAGTTCAGCACTTGGTCTCTACCAGTGGGACTTTGCCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116850 ATTGTCTGTAGTTCAGCACTTGGTCTCTACCAGTGGGACTTTGCCAGTTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGATATTCTCAG         GGTCATCAAGACTCCTGAGATAGCAAACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 116900 TGATATTCTCAGGTA...TAGGGTCATCAAGACTCCTGAGATAGCAAACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGGCCTTGCTTGGCTTTGGAGATATCTTTGCCCTGCTGTTTGACAACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123441 TGGCCTTGCTTGGCTTTGGAGATATCTTTGCCCTGCTGTTTGACAACCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TACCTGTACATCATGGACTTGCGGACAGAGAGCCTGATTAGTCGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123491 TACCTGTACATCATGGACTTGCGGACAGAGAGCCTGATTAGTCGCTGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TCTGCCAGAGTACAGGAAATCAAAGAGAGGCTCAAGCTTCCTGGCAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123541 TCTGCCAGAGTACAGGAAATCAAAGAGAGGCTCAAGCTTCCTGGCAGGCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AAGCATCCTGGCTGAATGGACTGGATGGGCACAATGACACGGGCTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123591 AAGCATCCTGGCTGAATGGACTGGATGGGCACAATGACACGGGCTTGGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TTTGCCACCAGCATGCCTGACCACAGTATTCACCTGGTGTTGTGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123641 TTTGCCACCAGCATGCCTGACCACAGTATTCACCTGGTGTTGTGGAAGGA

   1400     .
   1356 GCACGGC
        |||||||
 123691 GCACGGC