seq1 = pF1KE3624.tfa, 1815 bp
seq2 = pF1KE3624/gi568815587r_119256838.tfa (gi568815587r:119256838_119473480), 216643 bp

>pF1KE3624 1815
>gi568815587r:119256838_119473480 (Chr11)

(complement)

1-774  (100001-100774)   99% ->
775-825  (113247-113297)   100% ->
826-949  (113821-113944)   100% ->
950-1061  (114139-114250)   99% ->
1062-1172  (114347-114457)   100% ->
1173-1237  (114644-114708)   100% ->
1238-1341  (115229-115332)   100% ->
1342-1422  (115420-115500)   100% ->
1423-1501  (115646-115724)   100% ->
1502-1609  (115891-115998)   100% ->
1610-1730  (116174-116294)   100% ->
1731-1815  (116559-116643)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCAGCTCTCCTCCACCCTGAAGCGCTACACAGAATCGGCCCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCAGCTCTCCTCCACCCTGAAGCGCTACACAGAATCGGCCCGCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACAGATGCCCACTATGCCAAGTCGGGCTATGGTGCCTACACCCCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100051 CACAGATGCCCACTATGCCAAGTCGGGCTATGGTGCCTACACCCCGTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTATGGGGCCAATCTGGCTGCCTCCTTACTGGAGAAGGAGAAACTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTATGGGGCCAATCTGGCTGCCTCCTTACTGGAGAAGGAGAAACTTGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCAAGCCGGTCCCCACCAGCAGCTTCCTCACCCGTCCCCGTACCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCAAGCCGGTCCCCACCAGCAGCTTCCTCACCCGTCCCCGTACCTATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCTCCTCCCTCCTGGACTATGACCGGGGCCGCCCCCTGCTGAGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCTCCTCCCTCCTGGACTATGACCGGGGCCGCCCCCTGCTGAGACCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATCACTGGGGGTGGTAAGCGGGCAGAGAGCCAGACCCGGGGTACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACATCACTGGGGGTGGTAAGCGGGCAGAGAGCCAGACCCGGGGTACTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGGCCTTTAGGCAGTGGCCTCAGCGGGGGCAGCGGATTCCCTTATGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGGCCTTTAGGCAGTGGCCTCAGCGGGGGCAGCGGATTCCCTTATGGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GACCAACAACTGCCTCAGCTACCTGCCCATCAATGCCTATGACCAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GACCAACAACTGCCTCAGCTACCTGCCCATCAATGCCTATGACCAGGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGACCCTAACCCAGAAGCTGGACAGCCAATCAGACCTGGCCCGGGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGACCCTAACCCAGAAGCTGGACAGCCAATCAGACCTGGCCCGGGATTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCAGCCTCCGGACCTCAGATAGCTACCGGATAGACCCCAGGAACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCCAGCCTCCGGACCTCAGATAGCTACCGGATAGACCCCAGGAACCTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCGCAGCCCCATGCTGGCCCGGACGCGCAAGGAGCTCTGCACCCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCGCAGCCCCATGCTGGCCCGGACGCGCAAGGAGCTCTGCACCCTGCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGCTCTACCAGACAGCCAGCTGCCCTGAATACCTGGTCGACTACCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGCTCTACCAGACAGCCAGCTGCCCTGAATACCTGGTCGACTACCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACTATGGTCGCAAGGGCAGTGCATCTCAGGTGCCCTCCCAGGCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AACTATGGTCGCAAGGGCAGTGCATCTCAGGTGCCCTCCCAGGCCCCTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTCACGAGTCCCTGAAATCATCAGCCCAACCTACCGACCCATTGGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTCACGAGTCCCTGAAATCATCAGCCCAACCTACCGACCCATTGGCCGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACACGCTGTGGGAGACGGGAAAGGGTCAGGCCCCTGGGCCCAGCCGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACACGCTGTGGGAGACGGGAAAGGGTCAGGCCCCTGGGCCCAGCCGCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCTCCCCGGGAAGAGACGGCATG         AATTCTAAGAGTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100751 AGCTCCCCGGGAAGAGACGGCATGGTG...CAGAATTCTAAGAGTGCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGGTCTGGCTGGTCTTCGAAACCTTGGGAACACG         TGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113264 GGGTCTGGCTGGTCTTCGAAACCTTGGGAACACGGTG...CAGTGCTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGAACTCAATTCTGCAGTGCCTGAGCAACACTCGGGAGTTGAGAGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113828 TGAACTCAATTCTGCAGTGCCTGAGCAACACTCGGGAGTTGAGAGATTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TGCCTCCAGAGGCTCTACATGCGGGACCTGCACCACGGCAGCAATGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113878 TGCCTCCAGAGGCTCTACATGCGGGACCTGCACCACGGCAGCAATGCACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CACAGCCCTCGTGGAAG         AGTTTGCAAAACTAATTCAGACCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113928 CACAGCCCTCGTGGAAGGTG...TAGAGTTTGCAAAACTAATTCAGACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TATGGACTTCATCCCCCAATGATGTGGTGAGCCCATCTGAGTTCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114163 TATGGACTTCATCCCCCAATGATGTGGTGAGCCCATCTGAGTTCAAGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CAGATCCAGAGATATGCACCGCGCTTTGTTGGCTATAA         TCA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114213 CAGATCCAGAGATACGCACCGCGCTTTGTTGGCTATAAGTA...CAGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GCAGGATGCTCAGGAGTTCCTTCGCTTTCTTCTGGATGGGCTCCATAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114350 GCAGGATGCTCAGGAGTTCCTTCGCTTTCTTCTGGATGGGCTCCATAACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGGTGAACCGAGTGACACTGAGACCTAAGTCCAACCCTGAGAACCTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114400 AGGTGAACCGAGTGACACTGAGACCTAAGTCCAACCCTGAGAACCTCGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CATCTTCC         TGATGACGAGAAAGGCCGACAGATGTGGAGAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114450 CATCTTCCGTA...CAGTGATGACGAGAAAGGCCGACAGATGTGGAGAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 ATATCTAGAACGGGAAGACAGTAGGATCGGGG         ATCTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114677 ATATCTAGAACGGGAAGACAGTAGGATCGGGGGTA...CAGATCTCTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TTGGGCAGCTAAAGAGCTCGCTGACGTGTACAGATTGTGGTTACTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115238 TTGGGCAGCTAAAGAGCTCGCTGACGTGTACAGATTGTGGTTACTGTTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ACGGTCTTCGACCCCTTCTGGGACCTCTCACTGCCCATTGCTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115288 ACGGTCTTCGACCCCTTCTGGGACCTCTCACTGCCCATTGCTAAGGTA..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342     CGAGGTTATCCTGAGGTGACATTAATGGACTGCATGAGGCTCTTCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115338 .CAGCGAGGTTATCCTGAGGTGACATTAATGGACTGCATGAGGCTCTTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCAAAGAGGATGTGCTTGATGGAGATGAAAAGCCA         ACATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 115466 CCAAAGAGGATGTGCTTGATGGAGATGAAAAGCCAGTA...CAGACATGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TGTCGCTGCCGAGGCAGAAAACGGTGTATAAAGAAGTTCTCCATCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115652 TGTCGCTGCCGAGGCAGAAAACGGTGTATAAAGAAGTTCTCCATCCAGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GTTCCCAAAGATCTTGGTGCTCC         ATCTGAAGCGGTTCTCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 115702 GTTCCCAAAGATCTTGGTGCTCCGTA...CAGATCTGAAGCGGTTCTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AATCCAGGATCCGAACCAGCAAGCTCACAACATTTGTGAACTTCCCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115909 AATCCAGGATCCGAACCAGCAAGCTCACAACATTTGTGAACTTCCCCCTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AGAGACCTGGACTTAAGAGAATTTGCCTCAGAAAACACCA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115959 AGAGACCTGGACTTAAGAGAATTTGCCTCAGAAAACACCAGTG...CAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CCATGCTGTTTACAACCTGTACGCTGTGTCCAATCACTCCGGAACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116175 CCATGCTGTTTACAACCTGTACGCTGTGTCCAATCACTCCGGAACCACCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TGGGTGGCCACTATACAGCCTACTGTCGCAGTCCAGGGACAGGAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116225 TGGGTGGCCACTATACAGCCTACTGTCGCAGTCCAGGGACAGGAGAATGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CACACTTTCAACGACTCCAG         CGTCACTCCCATGTCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 116275 CACACTTTCAACGACTCCAGGTG...CAGCGTCACTCCCATGTCCTCCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CCAAGTGCGCACCAGCGACGCCTACCTGCTCTTCTACGAACTGGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116580 CCAAGTGCGCACCAGCGACGCCTACCTGCTCTTCTACGAACTGGCCAGCC

   1900     .    :
   1802 CGCCCTCCCGAATG
        ||||||||||||||
 116630 CGCCCTCCCGAATG