seq1 = pF1KE3621.tfa, 648 bp
seq2 = pF1KE3621/gi568815583f_65769586.tfa (gi568815583f:65769586_65987837), 218252 bp

>pF1KE3621 648
>gi568815583f:65769586_65987837 (Chr15)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-236  (107747-107942)   100% ->
237-430  (108177-108370)   100% ->
431-511  (110086-110166)   100% ->
512-648  (118116-118252)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCACCCGCGACGACGAGTACGACTACCTCTTTAAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGGCACCCGCGACGACGAGTACGACTACCTCTTTAAAGGTG...CAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTCCTTATTGGAGATTCTGGTGTTGGAAAGAGTAATCTCCTGTCTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107748 TGTCCTTATTGGAGATTCTGGTGTTGGAAAGAGTAATCTCCTGTCTCGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTACTCGAAATGAGTTTAATCTGGAAAGCAAGAGCACCATTGGAGTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107798 TTACTCGAAATGAGTTTAATCTGGAAAGCAAGAGCACCATTGGAGTAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGCAACAAGAAGCATCCAGGTTGATGGAAAAACAATAAAGGCACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107848 TTTGCAACAAGAAGCATCCAGGTTGATGGAAAAACAATAAAGGCACAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGGGACACAGCAGGGCAAGAGCGATATCGAGCTATAACATCAGC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107898 ATGGGACACAGCAGGGCAAGAGCGATATCGAGCTATAACATCAGCGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237     ATATTATCGTGGAGCTGTAGGTGCCTTATTGGTTTATGACATTGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107948 .CAGATATTATCGTGGAGCTGTAGGTGCCTTATTGGTTTATGACATTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACATCTCACATATGAAAATGTAGAGCGATGGCTGAAAGAACTGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108223 AAACATCTCACATATGAAAATGTAGAGCGATGGCTGAAAGAACTGAGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCATGCTGATAGTAACATTGTTATCATGCTTGTGGGCAATAAGAGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108273 TCATGCTGATAGTAACATTGTTATCATGCTTGTGGGCAATAAGAGTGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TACGTCATCTCAGGGCAGTTCCTACAGATGAAGCAAGAGCTTTTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108323 TACGTCATCTCAGGGCAGTTCCTACAGATGAAGCAAGAGCTTTTGCAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431        AAAAGAATGGTTTGTCATTCATTGAAACTTCGGCCCTAGACTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108373 T...CAGAAAAGAATGGTTTGTCATTCATTGAAACTTCGGCCCTAGACTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TACAAATGTAGAAGCTGCTTTTCAGACAATTTTAACAG         AGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110129 TACAAATGTAGAAGCTGCTTTTCAGACAATTTTAACAGGTA...CAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTTACCGCATTGTTTCTCAGAAGCAAATGTCAGACAGACGCGAAAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118119 TTTACCGCATTGTTTCTCAGAAGCAAATGTCAGACAGACGCGAAAATGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGTCTCCAAGCAACAATGTGGTTCCTATTCATGTTCCACCAACCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118169 ATGTCTCCAAGCAACAATGTGGTTCCTATTCATGTTCCACCAACCACTGA

    650     .    :    .    :    .    :
    615 AAACAAGCCAAAGGTGCAGTGCTGTCAGAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118219 AAACAAGCCAAAGGTGCAGTGCTGTCAGAACATC