seq1 = pF1KE3619.tfa, 582 bp
seq2 = pF1KE3619/gi568815595r_48194640.tfa (gi568815595r:48194640_48398524), 203885 bp

>pF1KE3619 582
>gi568815595r:48194640_48398524 (Chr3)

(complement)

1-17  (97213-97229)   100% ->
18-114  (100002-100098)   100% ->
115-217  (101696-101798)   100% ->
218-257  (102367-102406)   100% ->
258-418  (103290-103450)   100% ->
419-582  (103722-103885)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCCAGAATCTGGG         GAGTGAGATGGCCTCAATCTTGCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  97213 ATGACCCAGAATCTGGGGTG...CAGGAGTGAGATGGCCTCAATCTTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAGCCCTCAGGCTCTCCAGCTCACTCTAGCCCTGATCAAGCCTGACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100026 AAGCCCTCAGGCTCTCCAGCTCACTCTAGCCCTGATCAAGCCTGACGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCGCCCATCCACTGATTCTGGAG         GCTGTTCATCAGCAGATT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100076 TCGCCCATCCACTGATTCTGGAGGTA...CAGGCTGTTCATCAGCAGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTAAGCAACAAGTTCCTGATTGTACGAATGAGAGAACTACTGTGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101714 CTAAGCAACAAGTTCCTGATTGTACGAATGAGAGAACTACTGTGGAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAAGATTGCCAGAGGTTTTACCGAGAGCATGAAG         GGCGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101764 GGAAGATTGCCAGAGGTTTTACCGAGAGCATGAAGGTA...CAGGGCGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTTTCTATCAGAGGCTGGTGGAGTTCATGGCCAG         CGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102373 TTTTCTATCAGAGGCTGGTGGAGTTCATGGCCAGGTA...CAGCGGGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 ATCCGAGCCTACATCCTTGCCCACAAGGATGCCATCCAGCTCTGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103297 ATCCGAGCCTACATCCTTGCCCACAAGGATGCCATCCAGCTCTGGAGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCTCATGGGACCCACCAGAGTGTTCCGAGCACGCCATGTGGCCCCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103347 GCTCATGGGACCCACCAGAGTGTTCCGAGCACGCCATGTGGCCCCAGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTATCCGTGGGAGTTTCGGCCTCACTGACACCCGCAACACCACCCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103397 CTATCCGTGGGAGTTTCGGCCTCACTGACACCCGCAACACCACCCATGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCGG         ACTCTGTGGTTTCAGCCAGCAGAGAGATTGCAGCCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103447 TCGGGTG...CAGACTCTGTGGTTTCAGCCAGCAGAGAGATTGCAGCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTCCCTGACTTCAGTGAACAGCGCTGGTATGAGGAGGAAGAGCCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103759 CTTCCCTGACTTCAGTGAACAGCGCTGGTATGAGGAGGAAGAGCCCCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCGCTGTGGCCCTGTGTGCTATAGCCCAGAGGGAGGTGTCCACTATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103809 TGCGCTGTGGCCCTGTGTGCTATAGCCCAGAGGGAGGTGTCCACTATGTA

    600     .    :    .    :    .
    556 GCTGGAACAGGAGGCCTAGGACCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||
 103859 GCTGGAACAGGAGGCCTAGGACCAGCC