seq1 = pF1KE3616.tfa, 1434 bp
seq2 = pF1KE3616/gi568815596f_48520850.tfa (gi568815596f:48520850_48779439), 258590 bp

>pF1KE3616 1434
>gi568815596f:48520850_48779439 (Chr2)

1-21  (97026-97046)   100% ->
22-123  (100002-100103)   100% ->
124-247  (100318-100441)   100% ->
248-303  (121553-121608)   100% ->
304-388  (124184-124268)   100% ->
389-978  (125604-126193)   100% ->
979-1239  (148873-149133)   100% ->
1240-1329  (150742-150831)   100% ->
1330-1434  (158486-158590)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTGCCTCAACCCGGTG         CCTAAACTCTACAGATCTGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  97026 ATGGCCTGCCTCAACCCGGTGGTA...TAGCCTAAACTCTACAGATCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AATTGAAGATGTAATTGAAGGAGTTCGGAATCTATTTGCTGAAGAAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 AATTGAAGATGTAATTGAAGGAGTTCGGAATCTATTTGCTGAAGAAGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGAGGAACAAGTTTTAAAAGACTTGAAGCAG         CTCTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100072 TAGAGGAACAAGTTTTAAAAGACTTGAAGCAGGTT...CAGCTCTGGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACCAAGGTTTTGCAGTCTAAAGCAACAGAAGACTTCTTCAGAAATAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100327 ACCAAGGTTTTGCAGTCTAAAGCAACAGAAGACTTCTTCAGAAATAGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCAATCACCTCTGTTTACTCTTCAGTTGCCGCACAGCTTGCACCAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100377 CCAATCACCTCTGTTTACTCTTCAGTTGCCGCACAGCTTGCACCAAACAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCAATCGTCAACAG         CATCATTAGTTATTCCTGCTGGTAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100427 TGCAATCGTCAACAGGTT...CAGCATCATTAGTTATTCCTGCTGGTAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACTCTTCCAAGTTTTACCACAGCAGAACTG         GGCACTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 121579 ACTCTTCCAAGTTTTACCACAGCAGAACTGGTA...TAGGGCACTTCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CTCCAGTGCAAACTTTACTTTTCCTGGTTATCCCATTCATGTACCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124195 CTCCAGTGCAAACTTTACTTTTCCTGGTTATCCCATTCATGTACCAGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTGTGACACTACAGACTGTATCTG         GTCACCTTTATAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 124245 GTGTGACACTACAGACTGTATCTGGTG...AAGGTCACCTTTATAAAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AATGTACCAATTATGGTGACAGAGACTTCTGGAAGAGCAGGTATTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125621 AATGTACCAATTATGGTGACAGAGACTTCTGGAAGAGCAGGTATTCTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCATCCAATTCAGCAAGTATTTCAACAGCTTGGCCAGCCTTCAGTAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125671 GCATCCAATTCAGCAAGTATTTCAACAGCTTGGCCAGCCTTCAGTAATAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAACTAGTGTTCCACAATTGAATCCATGGTCTCTTCAAGCAACTACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125721 AAACTAGTGTTCCACAATTGAATCCATGGTCTCTTCAAGCAACTACTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAATCACAGAGAATTGAAACCGTGCTACAGCAACCCGCAATTCTACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125771 AAATCACAGAGAATTGAAACCGTGCTACAGCAACCCGCAATTCTACCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGGCCAGTAGATAGGAAACACTTAGAAAATGCCACCAGTGATATACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125821 TGGGCCAGTAGATAGGAAACACTTAGAAAATGCCACCAGTGATATACTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TATCTCCTGGAAATGAGCATAAAATCGTGCCTGAAGCTTTGTTGTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125871 TATCTCCTGGAAATGAGCATAAAATCGTGCCTGAAGCTTTGTTGTGTCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGGAAAGTTCTCACTATATCAGTCTTCCAGGTGTTGTATTTTCTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125921 CAGGAAAGTTCTCACTATATCAGTCTTCCAGGTGTTGTATTTTCTCCACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTCTCTCAAACAAATTCTAATGTGGAGTCAGTGCTCAGTGGTTCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125971 GGTCTCTCAAACAAATTCTAATGTGGAGTCAGTGCTCAGTGGTTCAGCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCATGGCTCAAAATCTGCATGATGAGTCCCTCTCCACAAGCCCTCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126021 GCATGGCTCAAAATCTGCATGATGAGTCCCTCTCCACAAGCCCTCATGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCTCTCCACCAGCACGTGACTGATATTCAGCTTCATATTCTTAAAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126071 GCTCTCCACCAGCACGTGACTGATATTCAGCTTCATATTCTTAAAAATAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GATGTATGGATGTGATTCTGTAAAGCAACCAAGAAATATAGAGGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126121 GATGTATGGATGTGATTCTGTAAAGCAACCAAGAAATATAGAGGAACCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCAACATACCTGTATCAGAGAAG         GATTCTAATTCTCAGGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 126171 GCAACATACCTGTATCAGAGAAGGTA...TAGGATTCTAATTCTCAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GATTTAAGCATTCGGGTTACTGATGATGATATTGGTGAAATAATTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148891 GATTTAAGCATTCGGGTTACTGATGATGATATTGGTGAAATAATTCAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGATGGAAGCGGTGATACATCTTCCAATGAAGAAATAGGAAGTACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148941 AGATGGAAGCGGTGATACATCTTCCAATGAAGAAATAGGAAGTACAAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATGCAGATGAGAATGAATTTCTAGGGAATATTGACGGGGGAGATCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148991 ATGCAGATGAGAATGAATTTCTAGGGAATATTGACGGGGGAGATCTGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTACCTGAAGAAGAAGCTGACAGTATTTCAAATGAGGATTCAGCCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149041 GTACCTGAAGAAGAAGCTGACAGTATTTCAAATGAGGATTCAGCCACAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CAGTAGTGATAATGAAGACCCTCAAGTAAACATTGTAGAAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 149091 CAGTAGTGATAATGAAGACCCTCAAGTAAACATTGTAGAAGAGGTG...T

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1240   GACCCTTTAAATTCTGGAGATGATGTTAGTGAACAGGATGTGCCAGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150740 AGGACCCTTTAAATTCTGGAGATGATGTTAGTGAACAGGATGTGCCAGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTGTTTGACACGGATAATGTTATTGTCTGTCAGTATGATAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 150790 CTGTTTGACACGGATAATGTTATTGTCTGTCAGTATGATAAGGTA...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1330  ATTCATCGAAGCAAGAACAAATGGAAATTCTATTTGAAAGATGGTGTTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158485 GATTCATCGAAGCAAGAACAAATGGAAATTCTATTTGAAAGATGGTGTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGTGTTTTGGAGGTAGAGACTATGTATTTGCAAAAGCCATTGGTGATGCA
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158535 TGTGTTTTGGAGGGAGAGACTATGTATTTGCAAAAGCCATTGGTGATGCA

   1500     .
   1429 GAGTGG
        ||||||
 158585 GAGTGG