seq1 = pF1KE3615.tfa, 1020 bp
seq2 = pF1KE3615/gi568815586f_6741288.tfa (gi568815586f:6741288_6946895), 205608 bp

>pF1KE3615 1020
>gi568815586f:6741288_6946895 (Chr12)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-96  (100299-100337)   100% ->
97-203  (101683-101789)   100% ->
204-267  (101887-101950)   100% ->
268-430  (102076-102238)   100% ->
431-497  (102345-102411)   100% ->
498-699  (102490-102691)   100% ->
700-916  (104299-104515)   99% ->
917-1020  (105505-105608)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGAGATGGAGCAACTGCGTCAGGAAGCGGAGCAGCTCAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGAGATGGAGCAACTGCGTCAGGAAGCGGAGCAGCTCAAGAAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATTGCA         GATGCCAGGAAAGCCTGTGCTGACGTTACTCTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATTGCAGTA...CAGGATGCCAGGAAAGCCTGTGCTGACGTTACTCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAG         CTGGTGTCTGGCCTAGAGGTGGTGGGACGAGTCCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100333 CAGAGGTA...CAGCTGGTGTCTGGCCTAGAGGTGGTGGGACGAGTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATGCGGACGCGGCGGACGTTAAGGGGACACCTGGCCAAGATTTACGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101719 ATGCGGACGCGGCGGACGTTAAGGGGACACCTGGCCAAGATTTACGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCACTGGGCCACTGATTCTAA         GCTGCTGGTAAGTGCCTCGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101769 GCACTGGGCCACTGATTCTAAGTG...CAGGCTGCTGGTAAGTGCCTCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAGATGGGAAGCTGATCGTGTGGGACAGCTACACCACCAACAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101907 AAGATGGGAAGCTGATCGTGTGGGACAGCTACACCACCAACAAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    268    GTGCACGCCATCCCACTGCGCTCCTCCTGGGTCATGACCTGTGCCTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102073 CAGGTGCACGCCATCCCACTGCGCTCCTCCTGGGTCATGACCTGTGCCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGCCCCATCAGGGAACTTTGTGGCATGTGGGGGGCTGGACAACATGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102123 TGCCCCATCAGGGAACTTTGTGGCATGTGGGGGGCTGGACAACATGTGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCATCTACAACCTCAAATCCCGTGAGGGCAATGTCAAGGTCAGCCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102173 CCATCTACAACCTCAAATCCCGTGAGGGCAATGTCAAGGTCAGCCGGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTTCTGCTCACACAG         GTTATCTCTCCTGCTGCCGCTTCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102223 CTTTCTGCTCACACAGGTG...CAGGTTATCTCTCCTGCTGCCGCTTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGATGACAACAATATTGTGACCAGCTCGGGGGACACCACGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102370 GGATGACAACAATATTGTGACCAGCTCGGGGGACACCACGTGGTG...CA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498  TGCCTTGTGGGACATTGAGACTGGGCAGCAGAAGACTGTATTTGTGGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102489 GTGCCTTGTGGGACATTGAGACTGGGCAGCAGAAGACTGTATTTGTGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CACACGGGTGACTGCATGAGCCTGGCTGTGTCTCCTGACTTCAATCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102539 CACACGGGTGACTGCATGAGCCTGGCTGTGTCTCCTGACTTCAATCTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CATTTCGGGGGCCTGTGATGCCAGTGCCAAGCTCTGGGATGTGCGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102589 CATTTCGGGGGCCTGTGATGCCAGTGCCAAGCTCTGGGATGTGCGAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGACCTGCCGTCAGACTTTCACTGGCCACGAGTCGGACATCAACGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102639 GGACCTGCCGTCAGACTTTCACTGGCCACGAGTCGGACATCAACGCCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGT         TTCTTCCCCAATGGAGAGGCCATCTGCACGGGCTCGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102689 TGTGTG...CAGTTCTTCCCCAATGGAGAGGCCATCTGCACGGGCTCGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGACGCTTCCTGCCGCTTGTTTGACCTGCGGGCAGACCAGGAGCTGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104337 TGACGCTTCCTGCCGCTTGTTTGACCTGCGGGCAGACCAGGAGCTGATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCTTCTCCCACGAGAGCATCATCTGCAGCATCACGTCCGTGGCCTTCTCC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 104387 GCTTCTCCCACGAGAGCATCATCTGCGGCATCACGTCCGTGGCCTTCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCAGTGGCCGCCTACTATTCGCTGGCTACGACGACTTCAACTGCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104437 CTCAGTGGCCGCCTACTATTCGCTGGCTACGACGACTTCAACTGCAATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTGGGACTCCATGAAGTCTGAGCGTGTGG         GCATCCTCTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104487 CTGGGACTCCATGAAGTCTGAGCGTGTGGGTA...CAGGCATCCTCTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCCACGATAACAGGGTGAGCTGCCTGGGAGTCACAGCTGACGGGATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105517 GCCACGATAACAGGGTGAGCTGCCTGGGAGTCACAGCTGACGGGATGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGGCCACAGGTTCCTGGGACAGCTTCCTCAAAATCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105567 GTGGCCACAGGTTCCTGGGACAGCTTCCTCAAAATCTGGAAC