seq1 = pF1KE3612.tfa, 345 bp
seq2 = pF1KE3612/gi568815595r_42158101.tfa (gi568815595r:42158101_42363630), 205530 bp

>pF1KE3612 345
>gi568815595r:42158101_42363630 (Chr3)

(complement)

1-214  (100001-100214)   100% ->
215-345  (105400-105530)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACAGCGGCGTGTGCCTGTGCGTGCTGATGGCGGTACTGGCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACAGCGGCGTGTGCCTGTGCGTGCTGATGGCGGTACTGGCGGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCCTGACGCAGCCGGTGCCTCCCGCAGATCCCGCGGGCTCCGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCCTGACGCAGCCGGTGCCTCCCGCAGATCCCGCGGGCTCCGGGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCGGGCAGAGGAGGCGCCCCGTAGGCAGCTGAGGGTATCGCAGAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCGGGCAGAGGAGGCGCCCCGTAGGCAGCTGAGGGTATCGCAGAGAACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGGCGAGTCCCGAGCGCACCTGGGCGCCCTGCTGGCAAGATACATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATGGCGAGTCCCGAGCGCACCTGGGCGCCCTGCTGGCAAGATACATCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGGCCCGGAAAG         CTCCTTCTGGACGAATGTCCATCGTTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGGCCCGGAAAGGTA...TAGCTCCTTCTGGACGAATGTCCATCGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAACCTGCAGAACCTGGACCCCAGCCACAGGATAAGTGACCGGGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105427 AGAACCTGCAGAACCTGGACCCCAGCCACAGGATAAGTGACCGGGACTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGGGCTGGATGGATTTTGGCCGTCGCAGTGCCGAGGAGTATGAGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105477 ATGGGCTGGATGGATTTTGGCCGTCGCAGTGCCGAGGAGTATGAGTACCC

    350 
    342 CTCC
        ||||
 105527 CTCC