seq1 = pF1KE3604.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KE3604/gi568815584f_99392678.tfa (gi568815584f:99392678_99610774), 218097 bp

>pF1KE3604 1062
>gi568815584f:99392678_99610774 (Chr14)

1-197  (100001-100197)   100% ->
198-279  (100837-100918)   100% ->
280-411  (102821-102952)   99% ->
412-517  (108089-108194)   100% ->
518-575  (108679-108736)   100% ->
576-745  (109530-109699)   100% ->
746-915  (110042-110211)   100% ->
916-1062  (117951-118097)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGAGAATAAAGAAAATTCAAGCCCTTCAGTAACTTCAGCAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGAGAATAAAGAAAATTCAAGCCCTTCAGTAACTTCAGCAAACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACCACACAAAGCCATGTTGGTACTGGGATAAGAAAGACTTGGCTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACCACACAAAGCCATGTTGGTACTGGGATAAGAAAGACTTGGCTCATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCCTCACAACTTGAAGGACTTGATCCAGCCACCGAGGCCCGGTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACCCTCACAACTTGAAGGACTTGATCCAGCCACCGAGGCCCGGTACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGAGAGGGCGCTCGGTTCATCTTTGATGTGGGCACACGTTTGGGGCT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100151 CGAGAGGGCGCTCGGTTCATCTTTGATGTGGGCACACGTTTGGGGCTGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198       ACACTATGATACCCTGGCAACTGGAATAATTTATTTTCATCGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ...CAGACACTATGATACCCTGGCAACTGGAATAATTTATTTTCATCGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTATATGTTTCATTCCTTCAAGCAATTCCCAAGATAT         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100881 TCTATATGTTTCATTCCTTCAAGCAATTCCCAAGATATGTA...TAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAGGAGCCTGTTGCCTCTTTCTGGCTGGGAAAATAGAAGAAACACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 102824 ACAGGAGCCTGTTGCCTCTTTCTGGCTGGGAAAGTAGAAGAAACACCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAATGTAAAGATATCATCAAAACAGCTCGTAGTTTATTAAATGATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102874 AAAATGTAAAGATATCATCAAAACAGCTCGTAGTTTATTAAATGATGTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AATTTGGCCAGTTTGGAGATGACCCAAAG         GAGGAAGTAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102924 AATTTGGCCAGTTTGGAGATGACCCAAAGGTA...TAGGAGGAAGTAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTCTGGAGAGAATCTTACTGCAGACCATCAAGTTTGATTTACAGGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108101 GTTCTGGAGAGAATCTTACTGCAGACCATCAAGTTTGATTTACAGGTAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACATCCATACCAGTTCCTACTAAAATATGCAAAGCAACTCAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108151 ACATCCATACCAGTTCCTACTAAAATATGCAAAGCAACTCAAAGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    518    GTGATAAAAACAAAATTCAAAAGTTGGTTCAAATGGCATGGACATTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108676 TAGGTGATAAAAACAAAATTCAAAAGTTGGTTCAAATGGCATGGACATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTAAATGACAG         TCTCTGCACCACCTTGTCACTGCAGTGGGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108726 GTAAATGACAGGTA...TAGTCTCTGCACCACCTTGTCACTGCAGTGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACCAGAGATCATAGCAGTAGCAGTGATGTATCTCGCAGGACGTTTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109560 ACCAGAGATCATAGCAGTAGCAGTGATGTATCTCGCAGGACGTTTGTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AATTTGAAATACAAGAATGGACCTCCAAACCCATGTATAGGAGATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109610 AATTTGAAATACAAGAATGGACCTCCAAACCCATGTATAGGAGATGGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGCAGTTTGTTCAAGATGTCCCGGTCGACGTTTTGGAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109660 GAGCAGTTTGTTCAAGATGTCCCGGTCGACGTTTTGGAAGGTA...TAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATCTGCCACCAAATCCTGGATCTTTACTCACAAGGAAAACAACAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110043 CATCTGCCACCAAATCCTGGATCTTTACTCACAAGGAAAACAACAGATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTCATCACACCCCCCATCAGCTGCAACAGCCCCCATCTCTTCAGCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110093 CTCATCACACCCCCCATCAGCTGCAACAGCCCCCATCTCTTCAGCCTACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCACAAGTGCCGCAAGTACAGCAGTCACAGCCGTCTCAAAGCTCCGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110143 CCACAAGTGCCGCAAGTACAGCAGTCACAGCCGTCTCAAAGCTCCGAACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATCCCAGCCCCAGCAGAAG         GACCCCCTCATCCTCCTCCAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>  ||||||||||||||||||||
 110193 ATCCCAGCCCCAGCAGAAGGAC...CAGTCCCCCCTCATCCTCCTCCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTTGGGCCTGCCGCCAGCCAGCTACCCACCTCCTGCCGTCCCCCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117973 GTTGGGCCTGCCGCCAGCCAGCTACCCACCTCCTGCCGTCCCCCCTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACAGCCTCCTGTGCCCCCGCCCATTCCCCCACCCGGCATGCCTCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118023 GACAGCCTCCTGTGCCCCCGCCCATTCCCCCACCCGGCATGCCTCCAGTT

   1100     .    :    .    :    .
   1038 GGGGGGCTGGGGCGGGCAGCCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||
 118073 GGGGGGCTGGGGCGGGCAGCCTGGA