seq1 = pF1KE3603.tfa, 633 bp
seq2 = pF1KE3603/gi568815587r_88013991.tfa (gi568815587r:88013991_88275384), 261394 bp

>pF1KE3603 633
>gi568815587r:88013991_88275384 (Chr11)

(complement)

1-202  (100001-100202)   99% ->
203-483  (125430-125710)   100% ->
484-633  (161245-161394)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCCCCGCACAAGGAGCACCTGTACAAGTTGCTGGTGATTGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGCCCCGCACAAGGAGCACCTGTACAAGTTGCTGGTGATTGGCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGGCGTGGGGAAGACCAGTATCATCAAGCGCTACGTGCACCAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGGCGTGGGGAAGACCAGTATCATCAAGCGCTACGTGCACCAGAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCCTCGCACTACCGGGCCACAATCGGCGTGGACTTCGCGCTCAAGGTG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTCTTCGCACTACCGGGCCACAATCGGCGTGGACTTCGCGCTCAAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCACTGGGACCCGGAGACTGTGGTGCGCCTGCAGCTCTGGGATATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCACTGGGACCCGGAGACTGTGGTGCGCCTGCAGCTCTGGGATATCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AG         GTCAAGAAAGATTTGGAAACATGACGAGGGTCTATTACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGTG...CAGGTCAAGAAAGATTTGGAAACATGACGAGGGTCTATTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGAAGCTATGGGTGCATTTATTGTCTTCGATGTCACCAGGCCAGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125469 GAGAAGCTATGGGTGCATTTATTGTCTTCGATGTCACCAGGCCAGCCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTGAAGCAGTGGCAAAGTGGAAAAATGATTTGGACTCCAAGTTAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125519 TTTGAAGCAGTGGCAAAGTGGAAAAATGATTTGGACTCCAAGTTAAGTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCTAATGGCAAACCGGTTTCAGTGGTTTTGTTGGCCAACAAATGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125569 CCCTAATGGCAAACCGGTTTCAGTGGTTTTGTTGGCCAACAAATGTGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGGGAAGGATGTGCTCATGAACAATGGCCTCAAGATGGACCAGTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125619 AGGGGAAGGATGTGCTCATGAACAATGGCCTCAAGATGGACCAGTTCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGGAGCACGGTTTCGTAGGATGGTTTGAAACATCAGCAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 125669 AAGGAGCACGGTTTCGTAGGATGGTTTGAAACATCAGCAAAGGTA...TA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    484  GAAAATATAAACATTGATGAAGCCTCCAGATGCCTGGTGAAACACATAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161244 GGAAAATATAAACATTGATGAAGCCTCCAGATGCCTGGTGAAACACATAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGCAAATGAGTGTGACCTAATGGAGTCTATTGAGCCGGACGTCGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161294 TTGCAAATGAGTGTGACCTAATGGAGTCTATTGAGCCGGACGTCGTGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCCCATCTCACATCAACCAAGGTTGCCAGCTGCTCTGGCTGTGCCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161344 CCCCATCTCACATCAACCAAGGTTGCCAGCTGCTCTGGCTGTGCCAAATC

    650 
    633 C
        |
 161394 C