seq1 = pF1KE3602.tfa, 1485 bp
seq2 = pF1KE3602/gi568815589r_136948661.tfa (gi568815589r:136948661_137153997), 205337 bp

>pF1KE3602 1485
>gi568815589r:136948661_137153997 (Chr9)

(complement)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-235  (101650-101767)   100% ->
236-386  (102338-102488)   100% ->
387-546  (102628-102787)   100% ->
547-774  (102869-103096)   99% ->
775-1029  (103460-103714)   99% ->
1030-1149  (104009-104128)   99% ->
1150-1284  (104923-105057)   100% ->
1285-1485  (105138-105337)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGGAAGGTGCGGTCACTGCTGCCGCCGCTGCTGCTGGCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGGAAGGTGCGGTCACTGCTGCCGCCGCTGCTGCTGGCCGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCCTCGCCGGCCTCCTACTGCTGTGCGTCCCCACCCGCGACGTCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCCTCGCCGGCCTCCTACTGCTGTGCGTCCCCACCCGCGACGTCCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCGCCCGCCCTCAAG         TATGGCATCGTCCTGGACGCTGGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCGCCCGCCCTCAAGGTG...CAGTATGGCATCGTCCTGGACGCTGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTTCACACACGTCCATGTTTATCTACAAGTGGCCGGCAGACAAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101674 TCTTCACACACGTCCATGTTTATCTACAAGTGGCCGGCAGACAAGGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGACACAGGCATTGTGGGCCAGCACAGCTCCTGTGATGTTCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101724 CGACACAGGCATTGTGGGCCAGCACAGCTCCTGTGATGTTCCAGGTG...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    GTGGGGGCATCTCCAGCTATGCAGACAACCCTTCTGGGGCCAGCCAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102335 TAGGTGGGGGCATCTCCAGCTATGCAGACAACCCTTCTGGGGCCAGCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTCTTGTTGGATGCCTCGAACAGGCGCTTCAGGATGTGCCCAAAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102385 AGTCTTGTTGGATGCCTCGAACAGGCGCTTCAGGATGTGCCCAAAGAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACACGCGGGCACACCCCTCTACCTGGGAGCCACAGCGGGTATGCGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102435 ACACGCGGGCACACCCCTCTACCTGGGAGCCACAGCGGGTATGCGCCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAA         CCTGACCAATCCAGAGGCCTCGACCAGTGTGCTCATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102485 TCAAGTG...CAGCCTGACCAATCCAGAGGCCTCGACCAGTGTGCTCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAGTGACTCACACACTGACCCAGTACCCCTTTGACTTCCGGGGTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102665 GCAGTGACTCACACACTGACCCAGTACCCCTTTGACTTCCGGGGTGCACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCCTCTCGGGCCAGGAAGAGGGGGTGTTTGGCTGGGTGACTGCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102715 CATCCTCTCGGGCCAGGAAGAGGGGGTGTTTGGCTGGGTGACTGCCAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCTGCTGGAGAACTTCATCAAG         TACGGCTGGGTGGGCCGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102765 ACCTGCTGGAGAACTTCATCAAGGTG...CAGTACGGCTGGGTGGGCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGTTCCGGCCACGGAAGGGGACACTGGGGGCCATGGACCTGGGGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102887 TGGTTCCGGCCACGGAAGGGGACACTGGGGGCCATGGACCTGGGGGGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCTACCCAGATCACTTTTGAGACAACCAGTCCAGCTGAGGACAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102937 CTCTACCCAGATCACTTTTGAGACAACCAGTCCAGCTGAGGACAGAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCGAGGTCCAGCTGCATCTCTACGGCCAGCACTACCGAGTCTACACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102987 GCGAGGTCCAGCTGCATCTCTACGGCCAGCACTACCGAGTCTACACCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGCTTCCTCTGCTATGGCCGTGACCAGGTCCTCCAGAGGCTGCTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103037 AGCTTCCTCTGCTATGGCCGTGACCAGGTCCTCCAGAGGCTGCTGGCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGCCCTCCAG         ACCCACGGCTTCCACCCCTGCTGGCCGAGGG
         |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103087 CGCCCTCCAGGTG...CAGACCCACGGCTTCCACCCCTGCTGGCCGAGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTTTTCCACCCAAGTGCTGCTCGGGGATGTGTACCAGTCACCATGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103491 GCTTTTCCACCCAAGTGCTGCTCGGGGATGTGTACCAGTCACCATGCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATGGCCCAGCGGCCCCAGAACTTCAACACCAGTGCCAGGGTCAGCCTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 103541 ATGGCCCAGCGGCCCCAGAACTTCAACAGCAGTGCCAGGGTCAGCCTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGGGAGCAGTGACCCCCACCTCTGCCGAGATCTGGTTTCTGGGCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103591 AGGGAGCAGTGACCCCCACCTCTGCCGAGATCTGGTTTCTGGGCTCTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCTTCTCCTCCTGCCCCTTCTCCCGATGCTCTTTCAATGGGGTCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103641 GCTTCTCCTCCTGCCCCTTCTCCCGATGCTCTTTCAATGGGGTCTTCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCCCCAGTGGCTGGGAACTTTGTC         GCCTTCTCTGCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||| >>>...>>>|||||||||||||||||
 103691 CCCCCAGTGGCTGGGAACTTTGTGGTG...CAGGCCTTCTCTGCCTTCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTACACTGTGGACTTTTTGCGGACTTCGATGGGGCTGCCCGTGGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104026 CTACACTGTGGACTTTTTGCGGACTTCGATGGGGCTGCCCGTGGCCACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGCAGCAGCTGGAAGCAGCCGCAGTGAATGTCTGCAACCAGACCTGGGCT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104076 TGCAGCAGCTGGAGGCAGCCGCAGTGAATGTCTGCAACCAGACCTGGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAG         CTGCAAGCTCGGGTGCCAGGGCAACGGGCCCGCCTGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104126 CAGGTG...CAGCTGCAAGCTCGGGTGCCAGGGCAACGGGCCCGCCTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CGACTACTGCGCCGGGGCCATGTTCGTGCAGCAGCTGCTGAGTCGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104961 CGACTACTGCGCCGGGGCCATGTTCGTGCAGCAGCTGCTGAGTCGCGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACGGCTTCGACGAGCGCGCCTTCGGCGGCGTGATCTTCCAGAAGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105011 ACGGCTTCGACGAGCGCGCCTTCGGCGGCGTGATCTTCCAGAAGAAGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1285       GCCGCGGACACTGCAGTGGGCTGGGCGCTCGGCTACATGCTGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105061 ...CAGGCCGCGGACACTGCAGTGGGCTGGGCGCTCGGCTACATGCTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTGACCAACCTGATCCCCGCCGACCCGCCGGGGCTGCGCAAGGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105182 CCTGACCAACCTGATCCCCGCCGACCCGCCGGGGCTGCGCAAGGGCACAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ACTTCAGCTCCTGGGTCGTCCTCCTGCTGCTCTTCGCCTCCGCGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105232 ACTTCAGCTCCTGGGTCGTCCTCCTGCTGCTCTTCGCCTCCGCGCTCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GCTGCGCTTGTCCTGCTGCTGCGTCAGGTGCACTCCGCCAAGCTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105282 GCTGCGCTTGTCCTGCTGCTGCGTCAGGTGCACTCCGCCAAGCTGCCAAG

   1550     .
   1479 CACCATC
        ||||||-
 105332 CACCAT