seq1 = pF1KE3596.tfa, 2349 bp
seq2 = pF1KE3596/gi568815577f_6012084.tfa (gi568815577f:6012084_6221516), 209433 bp

>pF1KE3596 2349
>gi568815577f:6012084_6221516 (Chr21)

1-156  (100001-100156)   100% ->
157-273  (100656-100772)   100% ->
274-337  (104141-104204)   100% ->
338-499  (104379-104540)   100% ->
500-624  (104811-104935)   100% ->
625-748  (105045-105168)   100% ->
749-972  (105721-105944)   100% ->
973-1119  (106173-106319)   100% ->
1120-1245  (106700-106825)   100% ->
1246-1462  (106941-107157)   100% ->
1463-1744  (107637-107918)   100% ->
1745-1976  (108404-108635)   100% ->
1977-2349  (109061-109433)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTATCATGTCGGAGTTCAGCGCGGACCCCGCGGGCCAGGGTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTATCATGTCGGAGTTCAGCGCGGACCCCGCGGGCCAGGGTCAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCAGAAGCCCCTCCGGGTGGGTTTTTACGACATCGAGCGGACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCAGAAGCCCCTCCGGGTGGGTTTTTACGACATCGAGCGGACCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAAGGCAACTTCGCGGTGGTGAAGCTGGCGCGGCATCGAGTCACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAAGGCAACTTCGCGGTGGTGAAGCTGGCGCGGCATCGAGTCACCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGCAG         GTTGCAATAAAAATAATTGATAAAACACGATTAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGCAGGTG...TAGGTTGCAATAAAAATAATTGATAAAACACGATTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCAAGCAATTTGGAGAAAATCTATCGTGAGGTTCAGCTGATGAAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100691 TTCAAGCAATTTGGAGAAAATCTATCGTGAGGTTCAGCTGATGAAGCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAACCATCCACACATCATAAAGCTTTACCAG         GTTATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100741 TGAACCATCCACACATCATAAAGCTTTACCAGGTA...TAGGTTATGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAAAGGACATGCTTTACATCGTCACTGAATTTGCTAAAAATGGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104150 ACAAAGGACATGCTTTACATCGTCACTGAATTTGCTAAAAATGGAGAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTTG         ATTATTTGACTTCCAACGGGCACCTGAGTGAGAACG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104200 GTTTGGTA...CAGATTATTTGACTTCCAACGGGCACCTGAGTGAGAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGCGCGGAAGAAGTTCTGGCAAATCCTGTCGGCCGTGGAGTACTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104415 AGGCGCGGAAGAAGTTCTGGCAAATCCTGTCGGCCGTGGAGTACTGTCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACCATCACATCGTCCACCGGGACCTCAAGACCGAGAACCTCCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104465 GACCATCACATCGTCCACCGGGACCTCAAGACCGAGAACCTCCTGCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGCAACATGGACATCAAGCTGGCAG         ATTTTGGATTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104515 TGGCAACATGGACATCAAGCTGGCAGGCA...CAGATTTTGGATTTGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTTCTACAAGTCAGGAGAGCCTCTGTCCACGTGGTGTGGGAGCCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104826 ATTTCTACAAGTCAGGAGAGCCTCTGTCCACGTGGTGTGGGAGCCCCCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATGCCGCCCCGGAAGTCTTTGAGGGGAAGGAGTATGAAGGCCCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104876 TATGCCGCCCCGGAAGTCTTTGAGGGGAAGGAGTATGAAGGCCCCCAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGACATCTGG         AGCCTGGGCGTGGTGCTGTACGTCCTGGTCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104926 GGACATCTGGGTA...CAGAGCCTGGGCGTGGTGCTGTACGTCCTGGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCGGTTCTCTCCCCTTCGATGGGCCTAACCTGCCGACGCTGAGACAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105076 GCGGTTCTCTCCCCTTCGATGGGCCTAACCTGCCGACGCTGAGACAGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGCTGGAGGGCCGCTTCCGCATCCCCTTCTTCATGTCTCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105126 GTGCTGGAGGGCCGCTTCCGCATCCCCTTCTTCATGTCTCAAGGTG...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    749   ACTGTGAGAGCCTGATCCGCCGCATGCTGGTGGTGGACCCCGCCAGGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105719 AGACTGTGAGAGCCTGATCCGCCGCATGCTGGTGGTGGACCCCGCCAGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCATCACCATCGCCCAGATCCGGCAGCACCGGTGGATGCGGGCTGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105769 GCATCACCATCGCCCAGATCCGGCAGCACCGGTGGATGCGGGCTGAGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGCTTGCCGGGACCCGCCTGCCCCGCCTTCTCCGCACACAGCTACACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105819 TGCTTGCCGGGACCCGCCTGCCCCGCCTTCTCCGCACACAGCTACACCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAACCTGGGCGACTACGATGAGCAGGCGCTGGGTATCATGCAGACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105869 CAACCTGGGCGACTACGATGAGCAGGCGCTGGGTATCATGCAGACCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCGTGGACCGGCAGAGGACGGTGGAG         TCACTGCAAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105919 GCGTGGACCGGCAGAGGACGGTGGAGGTG...CAGTCACTGCAAAACAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCTATAACCACTTTGCTGCCATTTATTACCTCCTCCTTGAGCGGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106188 AGCTATAACCACTTTGCTGCCATTTATTACCTCCTCCTTGAGCGGCTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAGTATCGGAATGCCCAGTGCGCCCGCCCCGGGCCTGCCAGGCAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106238 GGAGTATCGGAATGCCCAGTGCGCCCGCCCCGGGCCTGCCAGGCAGCCGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGCCTCGGAGCTCGGACCTCAGTGGTTTGGAG         GTGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106288 GGCCTCGGAGCTCGGACCTCAGTGGTTTGGAGGTG...CAGGTGCCTCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAGGTCTTTCCACCGACCCTTTCCGACCTGCCTTGCTGTGCCCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106709 GAAGGTCTTTCCACCGACCCTTTCCGACCTGCCTTGCTGTGCCCGCAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCAGACCTTGGTGCAGTCCGTCCTCCAGGCCGAGATGGACTGTGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106759 GCAGACCTTGGTGCAGTCCGTCCTCCAGGCCGAGATGGACTGTGAGCTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGAGCTCGCTGCAGTGG         CCCTTGTTCTTCCCGGTGGATGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106809 AGAGCTCGCTGCAGTGGGTG...CAGCCCTTGTTCTTCCCGGTGGATGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGCTGCAGCGGAGTGTTCCGGCCCCGGCCCGTGTCCCCAAGCAGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106965 AGCTGCAGCGGAGTGTTCCGGCCCCGGCCCGTGTCCCCAAGCAGCCTGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGACACAGCCATCAGTGAGGAGGCCAGGCAGGGGCCGGGCCTAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107015 GGACACAGCCATCAGTGAGGAGGCCAGGCAGGGGCCGGGCCTAGAGGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGCAGGACACGCAGGAGTCCCTGCCCAGCAGCACGGGCCGGAGGCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107065 AGCAGGACACGCAGGAGTCCCTGCCCAGCAGCACGGGCCGGAGGCACACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CTGGCCGAGGTCTCCACCCGCCTCTCCCCACTCACCGCGCCAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107115 CTGGCCGAGGTCTCCACCCGCCTCTCCCCACTCACCGCGCCATGTA...C

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1463   GTATAGTCGTCTCCCCCTCCACCACGGCAAGTCCTGCAGAGGGAACCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107635 AGGTATAGTCGTCTCCCCCTCCACCACGGCAAGTCCTGCAGAGGGAACCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCTCTGACAGTTGTCTGACCTTCTCTGCGAGCAAAAGCCCCGCGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107685 GCTCTGACAGTTGTCTGACCTTCTCTGCGAGCAAAAGCCCCGCGGGGCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AGTGGCACCCCGGCCACTCAGGGGCTGCTGGGCGCCTGCTCCCCGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107735 AGTGGCACCCCGGCCACTCAGGGGCTGCTGGGCGCCTGCTCCCCGGTCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GCTGGCCTCGCCCTTCCTGGGGTCGCAGTCCGCCACCCCAGTGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107785 GCTGGCCTCGCCCTTCCTGGGGTCGCAGTCCGCCACCCCAGTGCTGCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CTCAGGGGGGCTTGGGAGGAGCTGTTCTGCTCCCTGTCAGCTTCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107835 CTCAGGGGGGCTTGGGAGGAGCTGTTCTGCTCCCTGTCAGCTTCCAGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GGACGGCGGGCGTCGGACACCTCACTGACTCAAG         GGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107885 GGACGGCGGGCGTCGGACACCTCACTGACTCAAGGTG...CAGGGCTGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GGCCTTTCGGCAGCAGCTGAGGAAGACCACGCGGACCAAAGGGTTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108411 GGCCTTTCGGCAGCAGCTGAGGAAGACCACGCGGACCAAAGGGTTTCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GACTGAACAAAATCAAGGGGCTGGCTCGCCAGGTGTGCCAGGTCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108461 GACTGAACAAAATCAAGGGGCTGGCTCGCCAGGTGTGCCAGGTCCCTGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 AGCCGGGCCAGCAGGGGCGGCCTGAGCCCCTTCCACGCCCCTGCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108511 AGCCGGGCCAGCAGGGGCGGCCTGAGCCCCTTCCACGCCCCTGCACAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CCCAGGCCTGCACGGCGGCGCAGCCGGCAGCCGGGAGGGCTGGAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108561 CCCAGGCCTGCACGGCGGCGCAGCCGGCAGCCGGGAGGGCTGGAGCCTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TGGAGGAGGTGCTAGAGCAGCAGAG         GCTGCTCCAGTTACAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108611 TGGAGGAGGTGCTAGAGCAGCAGAGGTA...CAGGCTGCTCCAGTTACAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CACCACCCGGCCGCTGCACCCGGCTGCTCCCAGGCCCCCCAGCCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109077 CACCACCCGGCCGCTGCACCCGGCTGCTCCCAGGCCCCCCAGCCGGCCCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TGCCCCGTTTGTGATCGCCCCCTGTGATGGCCCTGGGGCTGCCCCGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109127 TGCCCCGTTTGTGATCGCCCCCTGTGATGGCCCTGGGGCTGCCCCGCTCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CCAGCACCCTCCTCACGTCGGGGCTCCCGCTGCTGCCGCCCCCACTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109177 CCAGCACCCTCCTCACGTCGGGGCTCCCGCTGCTGCCGCCCCCACTCCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 CAGACCGGCGCGTCCCCGGTGGCCTCAGCGGCGCAGCTCCTGGACACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109227 CAGACCGGCGCGTCCCCGGTGGCCTCAGCGGCGCAGCTCCTGGACACACA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 CCTGCACATTGGCACCGGCCCCACCGCCCTCCCCGCTGTGCCCCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109277 CCTGCACATTGGCACCGGCCCCACCGCCCTCCCCGCTGTGCCCCCACCAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 GCCTGGCCAGGCTGGCCCCAGGTTGTGAGCCCCTGGGGCTGCTGCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109327 GCCTGGCCAGGCTGGCCCCAGGTTGTGAGCCCCTGGGGCTGCTGCAGGGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 GACTGTGAGATGGAGGACCTGATGCCCTGCTCCCTAGGCACGTTTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109377 GACTGTGAGATGGAGGACCTGATGCCCTGCTCCCTAGGCACGTTTGTCCT

   2450     .
   2343 GGTGCAG
        |||||||
 109427 GGTGCAG