seq1 = pF1KE3594.tfa, 522 bp
seq2 = pF1KE3594/gi568815594r_55500522.tfa (gi568815594r:55500522_55736192), 235671 bp

>pF1KE3594 522
>gi568815594r:55500522_55736192 (Chr4)

(complement)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-171  (105733-105791)   100% ->
172-219  (119808-119855)   100% ->
220-279  (127014-127073)   98% ->
280-309  (128727-128756)   100% ->
310-360  (128845-128895)   100% ->
361-435  (130844-130918)   100% ->
436-489  (135618-135671)   100% ->
490-522  (137012-137044)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCGAACAGAGAGCTGCCGCCCCAGGTCGCCCGCCGGACAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCGAACAGAGAGCTGCCGCCCCAGGTCGCCCGCCGGACAGGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGCGTCCCCGCTCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCGCCTGGTGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGGCGTCCCCGCTCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCGCCTGGTGCGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCCTGCCGAG         GTGCTCCAATATTACCTCAAGGATTACAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGCCTGCCGAGGTA...TAGGTGCTCCAATATTACCTCAAGGATTACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGAACAACAGCTACAGTTGTGGAATGAG         ATAGATGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105762 CCTGAACAACAGCTACAGTTGTGGAATGAGGTA...CAGATAGATGATAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTGTTCGTCTTTTCTGTCCATTGATTCTCAGCCTCAG         GCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119819 TTGTTCGTCTTTTCTGTCCATTGATTCTCAGCCTCAGGTA...TAGGCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCAATGCACTGGAGGAGCTTTGCTTTATGATTATGGGAATGCTACCAAAG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127018 CCAACGCACTGGAGGAGCTTTGCTTTATGATTATGGGAATGCTACCAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCTCAG         GAACAAGATGAAAAAGATAATACTAAAAGG     
        ||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 127068 CCTCAGGTA...TAGGAACAAGATGAAAAAGATAATACTAAAAGGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    310     TTCTTATTTCATTATTCGAAGACACAGAAGTTGGGCAAGTCAAATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128762 .CAGTTCTTATTTCATTATTCGAAGACACAGAAGTTGGGCAAGTCAAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TTGTG         TCGTCAGTTGTGCATCCGTTGCTGCAGCTCGTTCCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128891 TTGTGGTA...CAGTCGTCAGTTGTGCATCCGTTGCTGCAGCTCGTTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 CACCTGCATGAGAGAAGAATGAAGAGATTCAGAGTGGAC         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 130880 CACCTGCATGAGAGAAGAATGAAGAGATTCAGAGTGGACGTA...TAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 AGAATTCCAAAGTCCCTTTGCAAGTCAAAGTCGAGGATATTTTTTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135620 AGAATTCCAAAGTCCCTTTGCAAGTCAAAGTCGAGGATATTTTTTATTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    488 GG         CCACGGAATGGAAGAAGGTCAGCAGGGTTCATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 135670 GGGTA...CAGCCACGGAATGGAAGAAGGTCAGCAGGGTTCATT