seq1 = pF1KE3591.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KE3591/gi568815595f_33197663.tfa (gi568815595f:33197663_33485605), 287943 bp

>pF1KE3591 1269
>gi568815595f:33197663_33485605 (Chr3)

1-65  (100000-100063)   98% ->
66-120  (161305-161359)   100% ->
121-195  (161621-161695)   100% ->
196-290  (166963-167057)   100% ->
291-359  (175430-175498)   100% ->
360-455  (175598-175693)   100% ->
456-582  (175916-176042)   100% ->
583-657  (176185-176259)   100% ->
658-788  (177626-177756)   100% ->
789-849  (179611-179671)   100% ->
850-894  (180441-180485)   100% ->
895-951  (181023-181079)   100% ->
952-1164  (186327-186539)   100% ->
1165-1269  (187839-187943)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTTTCTCAAACAATGATGAAGGCCTTATTAACAAAAAGTTACCCAA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGTTTTCTCAAACAATGATGAAGGCCTTATTAACAAAAAGTTACCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAACTTCTGTTAAG         AATATTTTCCTTCTTGGATATAGTAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100049 AGAACTTCTGTTAAGGTA...TAGAATATTTTCCTTCTTGGATATAGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTTGTGCCGATGTGCACAGATTTCCAAG         GCTTGGAACATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 161331 CTTTGTGCCGATGTGCACAGATTTCCAAGGTA...CAGGCTTGGAACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTAGCCCTGGATGGAAGCAACTGGCAAAGAATAGATCTTTTTAACTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161633 TTAGCCCTGGATGGAAGCAACTGGCAAAGAATAGATCTTTTTAACTTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AACAGATGTAGAG         GGTCGAGTGGTGGAAAATATCTCGAAGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 161683 AACAGATGTAGAGGTA...AAGGGTCGAGTGGTGGAAAATATCTCGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GATGCGGTGGATTCCTGAGGAAGCTCAGCTTGCGAGGCTGCATTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166991 GATGCGGTGGATTCCTGAGGAAGCTCAGCTTGCGAGGCTGCATTGGTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGGGATTCCTCCTTGAA         GACCTTTGCACAGAACTGCCGAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 167041 GGGGATTCCTCCTTGAAGTA...TAGGACCTTTGCACAGAACTGCCGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATTGAACATTTGAACCTCAATGGATGCACAAAAATCACTGACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 175454 CATTGAACATTTGAACCTCAATGGATGCACAAAAATCACTGACAGGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    360     CACGTGTTATAGCCTTAGCAGATTCTGTTCCAAGCTGAAACATCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175504 .CAGCACGTGTTATAGCCTTAGCAGATTCTGTTCCAAGCTGAAACATCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GATCTGACCTCCTGTGTGTCTATTACAAACAGCTCCTTGAAGGGGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175644 GATCTGACCTCCTGTGTGTCTATTACAAACAGCTCCTTGAAGGGGATCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456          TGAGGGCTGCCGAAACCTGGAGTACCTGAACCTCTCTTGGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175694 GTA...CAGTGAGGGCTGCCGAAACCTGGAGTACCTGAACCTCTCTTGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GTGATCAGATCACGAAGGATGGCATCGAGGCACTGGTGCGAGGTTGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175957 GTGATCAGATCACGAAGGATGGCATCGAGGCACTGGTGCGAGGTTGTCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGCCTGAAAGCCCTGCTCCTGAGGGGCTGCACACAG         TTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 176007 GGCCTGAAAGCCCTGCTCCTGAGGGGCTGCACACAGGTA...CAGTTAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGATGAAGCTCTGAAACACATTCAGAATTACTGCCATGAGCTTGTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176190 AGATGAAGCTCTGAAACACATTCAGAATTACTGCCATGAGCTTGTGAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TCAACTTGCAGTCCTGCTCA         CGTATCACGGATGAAGGTGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 176240 TCAACTTGCAGTCCTGCTCAGTA...CAGCGTATCACGGATGAAGGTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GTGCAGATATGCAGGGGCTGTCACCGGCTACAGGCTCTCTGCCTTTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177647 GTGCAGATATGCAGGGGCTGTCACCGGCTACAGGCTCTCTGCCTTTCGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TTGCAGCAACCTCACAGATGCCTCTCTTACAGCCCTGGGTTTGAACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177697 TTGCAGCAACCTCACAGATGCCTCTCTTACAGCCCTGGGTTTGAACTGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CGCGACTGCA         AATTTTGGAGGCTGCCCGATGCTCCCATTTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 177747 CGCGACTGCAGTG...CAGAATTTTGGAGGCTGCCCGATGCTCCCATTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ACTGACGCAGGTTTTACACTTTTAGCTCGG         AATTGCCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 179642 ACTGACGCAGGTTTTACACTTTTAGCTCGGGTA...CAGAATTGCCACGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 ATTGGAGAAGATGGATCTTGAAGAATGCATCCTG         ATAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 180452 ATTGGAGAAGATGGATCTTGAAGAATGCATCCTGGTG...CAGATAACCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 ACAGCACACTCATCCAGCTCTCCATTCACTGTCCTAAACTGCAAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181030 ACAGCACACTCATCCAGCTCTCCATTCACTGTCCTAAACTGCAAGCCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952          AGCCTGTCCCACTGTGAACTCATCACAGATGATGGGATCCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181080 GTG...CAGAGCCTGTCCCACTGTGAACTCATCACAGATGATGGGATCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 GCACCTGAGCAACAGTACCTGTGGCCATGAGAGGCTGCGGGTACTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186368 GCACCTGAGCAACAGTACCTGTGGCCATGAGAGGCTGCGGGTACTGGAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TGGACAACTGCCTCCTCATCACTGATGTGGCCCTGGAACACCTAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186418 TGGACAACTGCCTCCTCATCACTGATGTGGCCCTGGAACACCTAGAGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TGCCGAGGCCTGGAGCGCCTCGAGCTGTACGACTGCCAGCAGGTTACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186468 TGCCGAGGCCTGGAGCGCCTCGAGCTGTACGACTGCCAGCAGGTTACCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TGCAGGCATCAAGCGGATGCGG         GCTCAGCTCCCTCATGTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 186518 TGCAGGCATCAAGCGGATGCGGGTA...CAGGCTCAGCTCCCTCATGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AAGTCCACGCCTACTTTGCTCCCGTCACCCCACCGACAGCAGTGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187858 AAGTCCACGCCTACTTTGCTCCCGTCACCCCACCGACAGCAGTGGCAGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1234 AGTGGACAGCGACTGTGCAGGTGCTGTGTCATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187908 AGTGGACAGCGACTGTGCAGGTGCTGTGTCATTCTC