seq1 = pF1KE3590.tfa, 609 bp
seq2 = pF1KE3590/gi568815593r_177201746.tfa (gi568815593r:177201746_177403288), 201543 bp

>pF1KE3590 609
>gi568815593r:177201746_177403288 (Chr5)

(complement)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-186  (100212-100280)   100% ->
187-265  (100459-100537)   100% ->
266-333  (100645-100712)   100% ->
334-433  (100793-100892)   100% ->
434-484  (101111-101161)   100% ->
485-547  (101302-101364)   100% ->
548-609  (101482-101543)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGGGCAGCGCGTGGACGTCAAGGTGGTGATGCTGGGCAAGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGGGCAGCGCGTGGACGTCAAGGTGGTGATGCTGGGCAAGGAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGGGCAAGACTAGCCTGGTGGAGCGCTACGTGCACGACCGCTTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGGGCAAGACTAGCCTGGTGGAGCGCTACGTGCACGACCGCTTTCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGGCCTTATCAGAAC         ACCATCGGGGCCGCCTTCGTGGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGGCCTTATCAGAACGTG...CAGACCATCGGGGCCGCCTTCGTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGTGATGTCGGTCGGAGACCGGACTGTGACATTAGGTATTTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100236 AAGGTGATGTCGGTCGGAGACCGGACTGTGACATTAGGTATTTGGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GACACAGCAGGCTCTGAGCGCTATGAGGCCATGAGTAGAATCTACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100286 .TAGGACACAGCAGGCTCTGAGCGCTATGAGGCCATGAGTAGAATCTACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCGGGGTGCCAAGGCTGCCATCGTCTGCTATG         ACCTCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100505 ATCGGGGTGCCAAGGCTGCCATCGTCTGCTATGGTA...AAGACCTCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GACAGCAGCAGCTTTGAGCGAGCAAAGTTCTGGGTGAAGGAACTGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100653 GACAGCAGCAGCTTTGAGCGAGCAAAGTTCTGGGTGAAGGAACTGCGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTAGAGGAG         GGCTGCCAAATCTACTTATGTGGCACCAAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100703 CCTAGAGGAGGTA...CAGGGCTGCCAAATCTACTTATGTGGCACCAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTGACCTGCTGGAAGAAGACCGGAGGCGTCGACGTGTGGACTTCCACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100824 GTGACCTGCTGGAAGAAGACCGGAGGCGTCGACGTGTGGACTTCCACGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTCCAGGACTATGCAGACA         ATATCAAAGCTCAGCTCTTTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100874 GTCCAGGACTATGCAGACAGTA...CAGATATCAAAGCTCAGCTCTTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AACATCCAGCAAGACAGGCCAGAGTGTGG         ACGAGCTCTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101133 AACATCCAGCAAGACAGGCCAGAGTGTGGGTG...CAGACGAGCTCTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGAAAGTGGCAGAGGATTACGTCAGTGTGGCTGCCTTCCAGGTGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101314 AGAAAGTGGCAGAGGATTACGTCAGTGTGGCTGCCTTCCAGGTGATGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 G         AGGACAAGGGCGTGGATCTGGGCCAGAAGCCAAACCCCTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101364 GGTG...CAGAGGACAAGGGCGTGGATCTGGGCCAGAAGCCAAACCCCTA

    650     .    :    .    :
    588 CTTCTACAGCTGTTGTCATCAC
        ||||||||||||||||||||||
 101522 CTTCTACAGCTGTTGTCATCAC