seq1 = pF1KE3589.tfa, 681 bp
seq2 = pF1KE3589/gi568815589r_4612979.tfa (gi568815589r:4612979_4841087), 228109 bp

>pF1KE3589 681
>gi568815589r:4612979_4841087 (Chr9)

(complement)

1-151  (100001-100151)   100% ->
152-271  (118463-118582)   100% ->
272-444  (121781-121953)   100% ->
445-563  (122551-122669)   100% ->
564-681  (127992-128109)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGCGTCCGCGCGGCTGCTGCGAGCGGTGATCATGGGGGCCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGCGTCCGCGCGGCTGCTGCGAGCGGTGATCATGGGGGCCCCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGGGCAAGGGCACCGTGTCGTCGCGCATCACTACACACTTCGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCGGGCAAGGGCACCGTGTCGTCGCGCATCACTACACACTTCGAGCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCACCTCTCCAGCGGGGACCTGCTCCGGGACAACATGCTGCGGGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCACCTCTCCAGCGGGGACCTGCTCCGGGACAACATGCTGCGGGGCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 G         AAATTGGCGTGTTAGCCAAGGCTTTCATTGACCAAGGGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTG...TAGAAATTGGCGTGTTAGCCAAGGCTTTCATTGACCAAGGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTCATCCCAGATGATGTCATGACTCGGCTGGCCCTTCATGAGCTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118503 ACTCATCCCAGATGATGTCATGACTCGGCTGGCCCTTCATGAGCTGAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCTCACCCAGTATAGCTGGCTGTTGGATG         GTTTTCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 118553 ATCTCACCCAGTATAGCTGGCTGTTGGATGGTA...AAGGTTTTCCAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACACTTCCACAGGCAGAAGCCCTAGATAGAGCTTATCAGATCGACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121792 ACACTTCCACAGGCAGAAGCCCTAGATAGAGCTTATCAGATCGACACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATTAACCTGAATGTGCCCTTTGAGGTCATTAAACAACGCCTTACTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121842 GATTAACCTGAATGTGCCCTTTGAGGTCATTAAACAACGCCTTACTGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTGGATTCATCCCGCCAGTGGCCGAGTCTATAACATTGAATTCAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121892 GCTGGATTCATCCCGCCAGTGGCCGAGTCTATAACATTGAATTCAACCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCCAAAACTGTG         GGCATTGATGACCTGACTGGGGAGCCTCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 121942 CCCAAAACTGTGGTG...TAGGGCATTGATGACCTGACTGGGGAGCCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATTCAGCGTGAGGATGATAAACCAGAGACGGTTATCAAGAGACTAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122580 CATTCAGCGTGAGGATGATAAACCAGAGACGGTTATCAAGAGACTAAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTTATGAAGACCAAACAAAGCCAGTCCTGGAATATTACCA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122630 CTTATGAAGACCAAACAAAGCCAGTCCTGGAATATTACCAGTG...TAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAAAAGGGGTGCTGGAAACATTCTCCGGAACAGAAACCAACAAGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127993 AAAAAAGGGGTGCTGGAAACATTCTCCGGAACAGAAACCAACAAGATTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCCCTATGTATATGCTTTCCTACAAACTAAAGTTCCACAAAGAAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128043 GCCCTATGTATATGCTTTCCTACAAACTAAAGTTCCACAAAGAAGCCAGA

    700     .    :    .
    665 AAGCTTCAGTTACTCCA
        |||||||||||||||||
 128093 AAGCTTCAGTTACTCCA