seq1 = pF1KE3588.tfa, 2358 bp
seq2 = pF1KE3588/gi568815582f_2331129.tfa (gi568815582f:2331129_2557017), 225889 bp

>pF1KE3588 2358
>gi568815582f:2331129_2557017 (Chr16)

1-16  (98354-98369)   100% ->
17-171  (100002-100156)   100% ->
172-278  (101833-101939)   100% ->
279-346  (104678-104745)   100% ->
347-540  (106001-106194)   100% ->
541-594  (106942-106995)   100% ->
595-699  (108225-108329)   100% ->
700-777  (108621-108698)   100% ->
778-929  (112521-112672)   100% ->
930-1094  (114330-114494)   100% ->
1095-1218  (117727-117850)   100% ->
1219-1399  (118154-118334)   100% ->
1400-1487  (118700-118787)   100% ->
1488-1587  (122082-122181)   100% ->
1588-1715  (122282-122409)   100% ->
1716-1885  (124267-124436)   100% ->
1886-2358  (125417-125889)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAGCGGCGGCG         TGGTCCACTGTAGGTGTGCCAAGTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  98354 ATGGGGAGCGGCGGCGGTG...CAGTGGTCCACTGTAGGTGTGCCAAGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTTCTGTTATCCTACAAAGCGAAGAATAAGGAGGAGGCCCCGAAACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 TTTCTGTTATCCTACAAAGCGAAGAATAAGGAGGAGGCCCCGAAACCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCATCTTGAGTCTCCCCGAAGATGTGCTCTTTCACATCCTGAAATGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100077 CCATCTTGAGTCTCCCCGAAGATGTGCTCTTTCACATCCTGAAATGGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTGTAGAGGACATCCTGGCCGTCCGAGCT         GTACACTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100127 TCTGTAGAGGACATCCTGGCCGTCCGAGCTGTA...CAGGTACACTCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTGAAGGACCTGGTGGACAACCACGCCAGTGTGTGGGCATGTGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101844 GCTGAAGGACCTGGTGGACAACCACGCCAGTGTGTGGGCATGTGCCAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCAGGAGCTGTGGCCGTCTCCAGGGAACCTGAAGCTCTTTGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101894 TCCAGGAGCTGTGGCCGTCTCCAGGGAACCTGAAGCTCTTTGAAAGGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279      GGCTGCTGAAAAGGGGAATTTCGAAGCTGCTGTGAAGCTGGGCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101944 ..CAGGGCTGCTGAAAAGGGGAATTTCGAAGCTGCTGTGAAGCTGGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCCTACCTCTACAATGAAGGCC         TGTCTGTGTCTGATGAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104723 AGCCTACCTCTACAATGAAGGCCGTA...CAGTGTCTGTGTCTGATGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCCGCGCAGAAGTGAATGGCCTGAAGGCCTCTCGCTTCTTCAGTCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106019 CCCGCGCAGAAGTGAATGGCCTGAAGGCCTCTCGCTTCTTCAGTCTCGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGCGGCTGAATGTGGGTGCCGCACCTTTCATCTGGCTCTTCATCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106069 GAGCGGCTGAATGTGGGTGCCGCACCTTTCATCTGGCTCTTCATCCGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCGTGGTCGGTGAGCGGAAGCTGCTGCAAGGCCGTGGTTCACGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106119 TCCGTGGTCGGTGAGCGGAAGCTGCTGCAAGGCCGTGGTTCACGAGAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCAGGGCAGAGTGCCAGCTGCAGAGG         ACTCACAAAGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 106169 TCAGGGCAGAGTGCCAGCTGCAGAGGGTG...AAGACTCACAAAGCATCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATATTGCACTGCTTGGGCAGAGTGCTGAGTCTGTTCGAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106957 ATATTGCACTGCTTGGGCAGAGTGCTGAGTCTGTTCGAGGTG...TAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGAGGAGAAGCAGCAGCAGGCCCATGACCTGTTTGAGGAGGCTGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108227 TGAGGAGAAGCAGCAGCAGGCCCATGACCTGTTTGAGGAGGCTGCTCATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGGATGTCTGACCAGCTCCTACCTCCTCTGGGAAAGCGACAGGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108277 AGGGATGTCTGACCAGCTCCTACCTCCTCTGGGAAAGCGACAGGAGGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAT         GTGTCAGATCCTGGGCGATGCCTCCACAGCTTCCGAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108327 GATGTG...CAGGTGTCAGATCCTGGGCGATGCCTCCACAGCTTCCGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ACTCAGGGACTACGCTGCCAAAGGCTGCTGGGAAGCGCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108659 ACTCAGGGACTACGCTGCCAAAGGCTGCTGGGAAGCGCAGGTG...CAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGTCTTTAGCCAAAGCCTGTGCAAATGCAAACCAGCTTGGACTGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112522 TGTCTTTAGCCAAAGCCTGTGCAAATGCAAACCAGCTTGGACTGGAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGAGCTTCCAGTGAGATCGTCTGCCAGCTATTTCAGGCTTCCCAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112572 AGAGCTTCCAGTGAGATCGTCTGCCAGCTATTTCAGGCTTCCCAGGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGTAAACAACAAGTCTTCTCCGTGCAGAAGGGACTCAATGACACAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112622 CAGTAAACAACAAGTCTTCTCCGTGCAGAAGGGACTCAATGACACAATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 G         GTACATTCTGATCGACTGGCTGGTGGAAGTTGCCACCATG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112672 GGTG...CAGGTACATTCTGATCGACTGGCTGGTGGAAGTTGCCACCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGGACTTCACAAGCCTGTGCCTGCACCTGACCGTGGAGTGTGTGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114370 AAGGACTTCACAAGCCTGTGCCTGCACCTGACCGTGGAGTGTGTGGACCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTACCTGCGGAGGAGGCTGGTGCCGCGGTACAGGCTCCAGCTGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114420 GTACCTGCGGAGGAGGCTGGTGCCGCGGTACAGGCTCCAGCTGCTGGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCGCCTGCATGGTCATCTGCACCCG         GTTTATCAGTAAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114470 TCGCCTGCATGGTCATCTGCACCCGGTG...CAGGTTTATCAGTAAAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATCCTGACCATCCGGGAGGCCGTATGGCTCACGGACAACACTTACAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117743 ATCCTGACCATCCGGGAGGCCGTATGGCTCACGGACAACACTTACAAGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CGAGGACCTGGTGAGAATGATGGGCGAGATCGTCTCCGCCTTGGAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117793 CGAGGACCTGGTGAGAATGATGGGCGAGATCGTCTCCGCCTTGGAAGGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGATTCGA         GTCCCCACTGTGGTGGATTACAAGGAGGTCCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117843 AGATTCGAGTA...TAGGTCCCCACTGTGGTGGATTACAAGGAGGTCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTGACGCTAGTCCCTGTGGAGCTGAGAACCCAGCACCTGTGCAGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118187 CTGACGCTAGTCCCTGTGGAGCTGAGAACCCAGCACCTGTGCAGCTTCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTGCGAGCTCTCCCTGCTGCACACCAGCCTGTCCGCCTACGCCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118237 CTGCGAGCTCTCCCTGCTGCACACCAGCCTGTCCGCCTACGCCCCAGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCCTGGCTGCCGCAGCCCTGCTCCTGGCCAGACTGACGCACGGGCAGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118287 GCCTGGCTGCCGCAGCCCTGCTCCTGGCCAGACTGACGCACGGGCAGAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1400        CACAGCCCTGGACCACTCAGCTGTGGGACCTCACCGGATTCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118337 A...CAGCACAGCCCTGGACCACTCAGCTGTGGGACCTCACCGGATTCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTATGAAGACCTCATTCCCTGCGTCTTGAGCCTCCATAAGAAGTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 118743 CTATGAAGACCTCATTCCCTGCGTCTTGAGCCTCCATAAGAAGTGGTG..

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488     CTTCCATGATGACGCCCCCAAGGACTACAGGCAAGTCTCTCTGACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118793 .CAGCTTCCATGATGACGCCCCCAAGGACTACAGGCAAGTCTCTCTGACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GCCGTGAAGCAGCGGTTTGAGGACAAGCGCTATGGAGAAATCAGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122128 GCCGTGAAGCAGCGGTTTGAGGACAAGCGCTATGGAGAAATCAGCCAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGAG         GTGCTGAGCTACAGCCAGTTGTGTGCTGCATTAGGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122178 AGAGGTG...CAGGTGCTGAGCTACAGCCAGTTGTGTGCTGCATTAGGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TGACACAAGACAGCCCCGACCCCCCGACTTTCCTCAGCACAGGGGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122319 TGACACAAGACAGCCCCGACCCCCCGACTTTCCTCAGCACAGGGGAGATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CACGCCTTCCTCAGCTCTCCCTCGGGGCGGAGAACCAAACG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 122369 CACGCCTTCCTCAGCTCTCCCTCGGGGCGGAGAACCAAACGGTT...CAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GAAGCGGGAGAACAGCCTCCAGGAAGACAGAGGCAGCTTCGTTACCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124267 GAAGCGGGAGAACAGCCTCCAGGAAGACAGAGGCAGCTTCGTTACCACCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CCACTGCGGAGCTGTCCAGCCAGGAGGAGACGCTGCTGGGCAGCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124317 CCACTGCGGAGCTGTCCAGCCAGGAGGAGACGCTGCTGGGCAGCTTCCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GACTGGAGCCTGGACTGCTGCTCTGGCTATGAAGGCGACCAGGAGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124367 GACTGGAGCCTGGACTGCTGCTCTGGCTATGAAGGCGACCAGGAGAGTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GGGCGAGAAGGAGGGCGACG         TGACAGCTCCCAGCGGCATCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 124417 GGGCGAGAAGGAGGGCGACGGTG...CAGTGACAGCTCCCAGCGGCATCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TCGATGTCACCGTGGTCTACCTGAACCCAGAACAGCATTGCTGCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125438 TCGATGTCACCGTGGTCTACCTGAACCCAGAACAGCATTGCTGCCAGGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 TCCAGTGATGAGGAGGCTTGTCCAGAGGACAAGGGACCCCAGGACCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125488 TCCAGTGATGAGGAGGCTTGTCCAGAGGACAAGGGACCCCAGGACCCACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GGCACTGGCGCTGGACACCCAGATCCCTGCAACCCCTGGACCCAAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125538 GGCACTGGCGCTGGACACCCAGATCCCTGCAACCCCTGGACCCAAACCCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TGGTCCGCACCAGCCGGGAGCCAGGGAAGGACGTCACGACCTCAGGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125588 TGGTCCGCACCAGCCGGGAGCCAGGGAAGGACGTCACGACCTCAGGGTAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TCCTCCGTCAGCACCGCAAGTCCCACAAGCTCCGTGGACGGTGGCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125638 TCCTCCGTCAGCACCGCAAGTCCCACAAGCTCCGTGGACGGTGGCTTGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 GGCCCTGCCCCAACCTACCTCAGTGCTGTCCCTGGACAGTGACTCGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125688 GGCCCTGCCCCAACCTACCTCAGTGCTGTCCCTGGACAGTGACTCGCACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 CACAGCCCTGCCACCATCAGGCCAGGAAGTCATGTTTACAGTGTCGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125738 CACAGCCCTGCCACCATCAGGCCAGGAAGTCATGTTTACAGTGTCGTCCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 CCAAGTCCCCCGGAGAGCAGTGTTCCCCAGCAACAGGTGAAGCGGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125788 CCAAGTCCCCCGGAGAGCAGTGTTCCCCAGCAACAGGTGAAGCGGATAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 CCTATGCATACACAGTGAGGAGGAGGACATGAACCTGGGCCTTGTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125838 CCTATGCATACACAGTGAGGAGGAGGACATGAACCTGGGCCTTGTGAGGC

   2500 
   2357 TG
        ||
 125888 TG