seq1 = pF1KE3586.tfa, 615 bp
seq2 = pF1KE3586/gi568815597f_155027978.tfa (gi568815597f:155027978_155234064), 206087 bp

>pF1KE3586 615
>gi568815597f:155027978_155234064 (Chr1)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-388  (103362-103657)   100% ->
389-454  (105526-105591)   100% ->
455-505  (105753-105803)   98% ->
506-615  (105978-106087)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTCCTCTGGGCCCCTCTCTTGGGTCTGTGCTGCAGTCTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTTCCTCTGGGCCCCTCTCTTGGGTCTGTGCTGCAGTCTGGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTGATCGCCACACCGTCTTCTGGAACAGTTCAAATCCCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 TGCTGATCGCCACACCGTCTTCTGGAACAGTTCAAATCCCAAGTA...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  GTTCCGGAATGAGGACTACACCATACATGTGCAGCTGAATGACTACGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103361 GGTTCCGGAATGAGGACTACACCATACATGTGCAGCTGAATGACTACGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACATCATCTGTCCGCACTATGAAGATCACTCTGTGGCAGACGCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103411 GACATCATCTGTCCGCACTATGAAGATCACTCTGTGGCAGACGCTGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCAGTACATACTGTACCTGGTGGAGCATGAGGAGTACCAGCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103461 GGAGCAGTACATACTGTACCTGGTGGAGCATGAGGAGTACCAGCTGTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCCCCAGTCCAAGGACCAAGTCCGCTGGCAGTGCAACCGGCCCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103511 AGCCCCAGTCCAAGGACCAAGTCCGCTGGCAGTGCAACCGGCCCAGTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCATGGCCCGGAGAAGCTGTCTGAGAAGTTCCAGCGCTTCACACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103561 AAGCATGGCCCGGAGAAGCTGTCTGAGAAGTTCCAGCGCTTCACACCTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACCCTGGGCAAGGAGTTCAAAGAAGGACACAGCTACTACTACATCT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103611 CACCCTGGGCAAGGAGTTCAAAGAAGGACACAGCTACTACTACATCTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389       CCAAACCCATCCACCAGCATGAAGACCGCTGCTTGAGGTTGAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103661 ...CAGCCAAACCCATCCACCAGCATGAAGACCGCTGCTTGAGGTTGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGACTGTCAGTGGCAAAATCA         CTCACAGTCCTCAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105570 GTGACTGTCAGTGGCAAAATCAGTG...CAGCTCACAGTCCTCAGGCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTCAATCCACAGGAGAAGAGACTTGCAGCAG         ATGACCCAG
        || |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105772 TGACAATCCACAGGAGAAGAGACTTGCAGCAGGTG...CAGATGACCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGTGCGGGTTCTACATAGCATCGCTCACAGTGCTGCCCCACGCCTCTTC
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 105987 AGGTGCGGGTTCTACATAGCATCGGTCACAGTGCTGCCCCACGCCTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCACTTGCCTGGACTGTGCTGCTCCTTCCACTTCTGCTGCTGCAAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106037 CCACTTGCCTGGACTGTGCTGCTCCTTCCACTTCTGCTGCTGCAAACCCC

    650 
    615 G
        |
 106087 G