seq1 = pF1KE3584.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KE3584/gi568815584r_92604322.tfa (gi568815584r:92604322_92832786), 228465 bp

>pF1KE3584 1299
>gi568815584r:92604322_92832786 (Chr14)

(complement)

1-138  (100001-100138)   99% ->
139-236  (113943-114040)   100% ->
237-318  (115326-115407)   100% ->
319-404  (116566-116651)   100% ->
405-480  (118336-118411)   100% ->
481-543  (118902-118964)   100% ->
544-610  (119916-119982)   100% ->
611-729  (120832-120950)   99% ->
730-819  (121039-121128)   100% ->
820-1020  (122915-123115)   100% ->
1021-1191  (126134-126304)   100% ->
1192-1259  (128080-128147)   98% ->
1260-1299  (128426-128465)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTTGGAAAGTAGCTGTATTCCTCAGTGTGGCCCTGGGCATTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTTGGAAAGTAGCTGTATTCCTCAGTGTGGCCCTGGGCATTGGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTCCTATAGATGATCCTGAAGATGGAGGCAAGCACTGGGTGGTGATCG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTTCCTATAGATGATCCTGAAGATGGAGGCAAGCACTGGGTGGTGATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCAGGTTCAAATGGCTGGTATAATTATAGGCACCAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 TGGCAGGTTCAAATGGCTGGTATAATTATAGGCACCAGGTA...CAGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACGCGTGCCATGCCTACCAGATCATTCACCGCAATGGGATTCCTGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113946 GACGCGTGCCATGCCTACCAGATCATTCACCGCAATGGGATTCCTGACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGATCGTTGTGATGATGTACGATGACATTGCTTACTCTGAAGA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113996 ACAGATCGTTGTGATGATGTACGATGACATTGCTTACTCTGAAGAGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237     CAATCCCACTCCAGGAATTGTGATCAACAGGCCCAATGGCACAGAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114046 .CAGCAATCCCACTCCAGGAATTGTGATCAACAGGCCCAATGGCACAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCTATCAGGGAGTCCCGAAGGACTACACTGGAGAG         GATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115372 GTCTATCAGGGAGTCCCGAAGGACTACACTGGAGAGGTG...TAGGATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TACCCCACAAAATTTCCTTGCTGTGTTGAGAGGCGATGCAGAAGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116571 TACCCCACAAAATTTCCTTGCTGTGTTGAGAGGCGATGCAGAAGCAGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGGCATAGGATCCGGCAAAGTCCTGAAGAG         TGGCCCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116621 AGGGCATAGGATCCGGCAAAGTCCTGAAGAGGTA...CAGTGGCCCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATCACGTGTTCATTTACTTCACTGACCATGGATCTACTGGAATACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118346 GATCACGTGTTCATTTACTTCACTGACCATGGATCTACTGGAATACTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTTCCCAATGAAGAT         CTTCATGTAAAGGACCTGAATGAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 118396 TTTTCCCAATGAAGATGTG...CAGCTTCATGTAAAGGACCTGAATGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCATCCATTACATGTACAAACACAAAATGTACCGAAAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118927 CCATCCATTACATGTACAAACACAAAATGTACCGAAAGGTA...CAGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTGTTCTACATTGAAGCCTGTGAGTCTGGGTCCATGATGAACCACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119919 GTGTTCTACATTGAAGCCTGTGAGTCTGGGTCCATGATGAACCACCTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGATAACATCAATG         TTTATGCAACTACTGCTGCCAACCCCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 119969 GGATAACATCAATGGTA...TAGTTTATGCAACTACTGCTGCCAACCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GAGAGTCGTCCTACGCCTGTTACTATGATGAGAAGAGGTCCACGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120859 GAGAGTCGTCCTACGCCTGTTACTATGATGAGAAGAGGTCCACGTACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGGGACTGGTACAGCGTCAACTGGATGGAAGACTCGGACGTG        
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||>>>...>>
 120909 GGGGACTGGTACAGCGTCAACTGGATGGAAGATTCGGACGTGGTG...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730  GAAGATCTGACTAAAGAGACCCTGCACAAGCAGTACCACCTGGTAAAAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121038 GGAAGATCTGACTAAAGAGACCCTGCACAAGCAGTACCACCTGGTAAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CGCACACCAACACCAGCCACGTCATGCAGTATGGAAACAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 121088 CGCACACCAACACCAGCCACGTCATGCAGTATGGAAACAAAGTG...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ACAATCTCCACCATGAAAGTGATGCAGTTTCAGGGTATGAAACGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122915 ACAATCTCCACCATGAAAGTGATGCAGTTTCAGGGTATGAAACGCAAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CAGTTCTCCCGTCCCCCTACCTCCAGTCACACACCTTGACCTCACCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122965 CAGTTCTCCCGTCCCCCTACCTCCAGTCACACACCTTGACCTCACCCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCCCTGATGTGCCTCTCACCATCATGAAAAGGAAACTGATGAACACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123015 GCCCTGATGTGCCTCTCACCATCATGAAAAGGAAACTGATGAACACCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GATCTGGAGGAGTCCAGGCAGCTCACGGAGGAGATCCAGCGGCATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123065 GATCTGGAGGAGTCCAGGCAGCTCACGGAGGAGATCCAGCGGCATCTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 T         GCCAGGCACCTCATTGAGAAGTCAGTGCGTAAGATCGTCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123115 TGTG...CAGGCCAGGCACCTCATTGAGAAGTCAGTGCGTAAGATCGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCTTGCTGGCAGCGTCCGAGGCTGAGGTGGAGCAGCTCCTGTCCGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126174 CCTTGCTGGCAGCGTCCGAGGCTGAGGTGGAGCAGCTCCTGTCCGAGAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCCCCGCTCACGGGGCACAGCTGCTACCCAGAGGCCCTGCTGCACTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126224 GCCCCGCTCACGGGGCACAGCTGCTACCCAGAGGCCCTGCTGCACTTCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GACCCACTGCTTCAACTGGCACTCCCCCACG         TACGAGTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 126274 GACCCACTGCTTCAACTGGCACTCCCCCACGGTG...CAGTACGAGTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CGTTGAGACATTTGTACGTGCTGGTCAACCTTTGTGAGAAGCCGTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 128090 CGTTGAGACATTTGTACGTGCTGGTCAACCTTTGTGAGAAGCCGTATCCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTTCACAG         GATAAAATTGTCCATGGACCACGTGTGCCTTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 128140 CTTCACAGGTA...CAGGATAAAATTGTCCATGGACCACGTGTGCCTTGG

   1400     .
   1293 TCACTAC
        |||||||
 128459 TCACTAC