seq1 = pF1KE3583.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KE3583/gi568815579f_39872144.tfa (gi568815579f:39872144_40081302), 209159 bp

>pF1KE3583 1254
>gi568815579f:39872144_40081302 (Chr19)

1-36  (99060-99095)   100% ->
37-135  (100003-100101)   100% ->
136-322  (100226-100412)   100% ->
323-469  (102151-102297)   100% ->
470-579  (102381-102490)   100% ->
580-673  (102592-102685)   100% ->
674-841  (107674-107841)   100% ->
842-918  (107927-108003)   100% ->
919-1087  (108143-108311)   100% ->
1088-1143  (108519-108574)   100% ->
1144-1254  (109049-109159)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGATAGGCATCTTGGTGGAGAAGGCTCAG         GATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  99060 ATGGAGGAGATAGGCATCTTGGTGGAGAAGGCTCAGGTA...TAGGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GATCCCAGCACTGTCCGTGTCCCGGCCCCAGACCGGCCTGTCCTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100008 GATCCCAGCACTGTCCGTGTCCCGGCCCCAGACCGGCCTGTCCTTCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCCTGAGCCTGAGGACCTGGAGGACCTGTACAGCCGCTACAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100058 GCCCTGAGCCTGAGGACCTGGAGGACCTGTACAGCCGCTACAAGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    AAGCTGCAGCAAGAGCTGGAGTTCCTGGAGGTGCAGGAGGAATACAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100223 CAGAAGCTGCAGCAAGAGCTGGAGTTCCTGGAGGTGCAGGAGGAATACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAAGATGAGCAAAAGAACCTGAAAAAGGAATTTCTCCATGCCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100273 CAAAGATGAGCAAAAGAACCTGAAAAAGGAATTTCTCCATGCCCAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGTGAAGCGAATCCAAAGCATCCCGCTGGTCATCGGACAATTTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100323 AGGTGAAGCGAATCCAAAGCATCCCGCTGGTCATCGGACAATTTCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGTGGATCAGAATACAGCCATCGTGGGCTCTACCACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100373 GCTGTGGATCAGAATACAGCCATCGTGGGCTCTACCACAGGTG...CAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTCCAACTATTATGTGCGCATCCTGAGCACCATCGATCGGGAGCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102152 CTCCAACTATTATGTGCGCATCCTGAGCACCATCGATCGGGAGCTGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCCCAACGCCTCAGTGGCCCTCCACAAGCACAGCAATGCACTGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102202 AGCCCAACGCCTCAGTGGCCCTCCACAAGCACAGCAATGCACTGGTGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGCTGCCCCCCGAAGCCGACAGCAGCATCATGATGCTCACCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102252 GTGCTGCCCCCCGAAGCCGACAGCAGCATCATGATGCTCACCTCAGGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470      ACCAGAAGCCAGATGTGATGTACGCGGACATCGGAGGCATGGACA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102302 ..CAGACCAGAAGCCAGATGTGATGTACGCGGACATCGGAGGCATGGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCAGAAGCAGGAGGTGCGGGAGGCCGTGGAGCTCCCGCTCACGCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102426 TCCAGAAGCAGGAGGTGCGGGAGGCCGTGGAGCTCCCGCTCACGCATTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGCTCTACAAGCAG         ATCGGCATCGATCCCCCCCGAGGCGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102476 GAGCTCTACAAGCAGGTG...CAGATCGGCATCGATCCCCCCCGAGGCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTCATGTATGGCCCACCTGGCTGTGGGAAGACCATGTTGGCAAAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102618 CCTCATGTATGGCCCACCTGGCTGTGGGAAGACCATGTTGGCAAAGGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGCACATCACACAACAG         CTGCATTCATCCGGGTCGTGGGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102668 TGGCACATCACACAACAGGTG...CAGCTGCATTCATCCGGGTCGTGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCGGAGTTTGTACAGAAGTATCTGGGTGAGGGCCCCCGCATGGTCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107697 TCGGAGTTTGTACAGAAGTATCTGGGTGAGGGCCCCCGCATGGTCCGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTGTTCCGCCTGGCCAAGGAGAATGCACCTGCCATCATCTTCATAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107747 TGTGTTCCGCCTGGCCAAGGAGAATGCACCTGCCATCATCTTCATAGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGATTGATGCCATCGCCACCAAGAGATTCGATGCTCAGACAGGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107797 AGATTGATGCCATCGCCACCAAGAGATTCGATGCTCAGACAGGGGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842     CCGACAGGGAGGTTCAGAGGATCCTGCTGGAGCTGCTGAATCAGAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107847 .CAGCCGACAGGGAGGTTCAGAGGATCCTGCTGGAGCTGCTGAATCAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGATGGATTTGATCAGAATGTCAATGTCAAG         GTAATCATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107973 GGATGGATTTGATCAGAATGTCAATGTCAAGGTT...CAGGTAATCATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCACAAACAGAGCAGACACCCTGGATCCGGCCCTGCTACGGCCAGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108153 CCACAAACAGAGCAGACACCCTGGATCCGGCCCTGCTACGGCCAGGACGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGGACCGTAAAATTGAATTTCCACTTCCTGACCGCCGCCAGAAGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108203 CTGGACCGTAAAATTGAATTTCCACTTCCTGACCGCCGCCAGAAGAGATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GATTTTCTCCACTATCACTAGCAAGATGAACCTCTCTGAGGAGGTTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108253 GATTTTCTCCACTATCACTAGCAAGATGAACCTCTCTGAGGAGGTTGACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGGAAGACT         ATGTGGCCCGGCCAGATAAGATTTCAGGAGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108303 TGGAAGACTGTA...CAGATGTGGCCCGGCCAGATAAGATTTCAGGAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GATATTAACTCCATCTGTCAGGAG         AGTGGAATGTTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108551 GATATTAACTCCATCTGTCAGGAGGTA...CAGAGTGGAATGTTGGCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCGTGAAAACCGCTACATTGTCCTGGCCAAGGACTTCGAGAAAGCATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109066 CCGTGAAAACCGCTACATTGTCCTGGCCAAGGACTTCGAGAAAGCATACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGACTGTCATCAAGAAGGACGAGCAGGAGCATGAGTTTTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109116 AGACTGTCATCAAGAAGGACGAGCAGGAGCATGAGTTTTACAAG