seq1 = pF1KE3581.tfa, 3243 bp
seq2 = pF1KE3581/gi568815579r_31176550.tfa (gi568815579r:31176550_31449219), 272670 bp

>pF1KE3581 3243
>gi568815579r:31176550_31449219 (Chr19)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-3243  (169468-172670)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGAGGAGGAAGCAGCAGGCGCCCCGGCGCGCAGCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGCCGAGGAGGAAGCAGCAGGCGCCCCGGCGCGCAGCAGGTA...CAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTATGTTTCCGAAGAGTTAAAGGCTGCTGCCCTGGTGGACGAAGGTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169469 CTATGTTTCCGAAGAGTTAAAGGCTGCTGCCCTGGTGGACGAAGGTTTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCCAGAGGAGCATACGGCAGATGGAGAGCCCTCGGCCAAGTACATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169519 ACCCAGAGGAGCATACGGCAGATGGAGAGCCCTCGGCCAAGTACATGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCGGAGAAGGAGCTCGCCAGGGCCTGCCCCAGCTACCAGAACTCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169569 CCGGAGAAGGAGCTCGCCAGGGCCTGCCCCAGCTACCAGAACTCCCCGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCCGAGTTTTCCTGCCATGAAATGGACAGCGAGTCACACATCAGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169619 CGCCGAGTTTTCCTGCCATGAAATGGACAGCGAGTCACACATCAGTGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAGTGACCGAATGGCTGACTTTGAAAGCGGCTCCATCAAGAACGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169669 CCAGTGACCGAATGGCTGACTTTGAAAGCGGCTCCATCAAGAACGAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGACCAAGGAGGTCACGGTCCCACTGGAAGACACGACTGTGTCGGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169719 GAGACCAAGGAGGTCACGGTCCCACTGGAAGACACGACTGTGTCGGATAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTGGAGCAGATGAAGGCCGTGTACAACAACTTCCTCTCCAACTCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169769 CCTGGAGCAGATGAAGGCCGTGTACAACAACTTCCTCTCCAACTCCTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGTCCAACCTCAACCTCAACCTGCACCAGCCCTCCTCGGAGAAGAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169819 GGTCCAACCTCAACCTCAACCTGCACCAGCCCTCCTCGGAGAAGAACAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTAGCAGCAGCAGCAGCTGTGGCAGCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169869 GGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTAGCAGCAGCAGCAGCTGTGGCAGCGGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTTCGACTGGCACCAGAGCGCCATGGCTAAGACGCTGCAGCAGGTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169919 CTTCGACTGGCACCAGAGCGCCATGGCTAAGACGCTGCAGCAGGTGTCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGAGCCGCATGCTCCCGGAGCCCAGCCTCTTCAGCACCGTGCAGCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169969 AGAGCCGCATGCTCCCGGAGCCCAGCCTCTTCAGCACCGTGCAGCTGTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGGCAGAGCAGCAAGCTCTATGGCTCCATCTTCACGGGGGCCAGCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170019 CGGCAGAGCAGCAAGCTCTATGGCTCCATCTTCACGGGGGCCAGCAAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCGCTGTAAGGACTGCAGCGCTGCCTACGACACCCTGGTGGAGTTGACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 170069 CCGCTGTAAGGACTGCAGCGCTGCCTACGACACCCTGGTGGAGTTGACGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGCACATGAACGAGACGGGGCATTACCGCGACGACAACCATGAGACCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170119 TGCACATGAACGAGACGGGGCATTACCGCGACGACAACCATGAGACCGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AACAACAACCCCAAGCGCTGGTCCAAGCCTCGCAAACGCTCCTTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170169 AACAACAACCCCAAGCGCTGGTCCAAGCCTCGCAAACGCTCCTTGCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AATGGAAGGGAAGGAAGACGCCCAGAAGGTGCTGAAGTGCATGTACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170219 AATGGAAGGGAAGGAAGACGCCCAGAAGGTGCTGAAGTGCATGTACTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCCACTCCTTTGAGTCCCTGCAGGATTTGAGTGTCCATATGATCAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170269 GCCACTCCTTTGAGTCCCTGCAGGATTTGAGTGTCCATATGATCAAAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AAACACTACCAAAAAGTGCCTCTGAAGGAACCCGTCACTCCTGTCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170319 AAACACTACCAAAAAGTGCCTCTGAAGGAACCCGTCACTCCTGTCGCCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAAAATCATCCCTGCCACTCGGAAGAAAGCTTCCCTGGAGCTGGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170369 CAAAATCATCCCTGCCACTCGGAAGAAAGCTTCCCTGGAGCTGGAGCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCAGCTCCCCAGATTCCACAGGTGGAACCCCCAAAGCCACCATCTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170419 CCAGCTCCCCAGATTCCACAGGTGGAACCCCCAAAGCCACCATCTCAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ACCAACGATGCACTTCAGAAGAACTCCAACCCTTACATCACGCCAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170469 ACCAACGATGCACTTCAGAAGAACTCCAACCCTTACATCACGCCAAATAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TCGGTACGGCCACCAGAATGGGGCCAGCTATGCATGGCACTTTGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170519 TCGGTACGGCCACCAGAATGGGGCCAGCTATGCATGGCACTTTGAGGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GGAAGTCGCAGATCCTGAAGTGCATGGAGTGTGGGAGCTCGCATGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170569 GGAAGTCGCAGATCCTGAAGTGCATGGAGTGTGGGAGCTCGCATGACACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CTGCAGGAGCTCACTGCCCACATGATGGTCACTGGCCACTTCATCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170619 CTGCAGGAGCTCACTGCCCACATGATGGTCACTGGCCACTTCATCAAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CACCAACTCTGCTATGAAAAAGGGGAAGCCCATTGTGGAGACGCCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170669 CACCAACTCTGCTATGAAAAAGGGGAAGCCCATTGTGGAGACGCCTGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CACCTACCATCACAACCCTGCTGGATGAGAAGGTCCAGTCCGTGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170719 CACCTACCATCACAACCCTGCTGGATGAGAAGGTCCAGTCCGTGCCCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GCAGCCACCACCTTCACGTCCCCCTCCAATACACCTGCCAGCATCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170769 GCAGCCACCACCTTCACGTCCCCCTCCAATACACCTGCCAGCATCTCCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 AAAACTGAATGTGGGGGTCAAGAAGGAAGTCGACAAGGAGAAAGCGGTCA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170819 AAAACTGAATGTGGAGGTCAAGAAGGAAGTCGACAAGGAGAAAGCGGTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CTGACGAGAAACCTAAGCAAAAAGACAAGCCTGGCGAAGAAGAGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170869 CTGACGAGAAACCTAAGCAAAAAGACAAGCCTGGCGAAGAAGAGGAGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TGTGACATCTCTTCCAAATACCATTACTTGACTGAAAATGACTTAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170919 TGTGACATCTCTTCCAAATACCATTACTTGACTGAAAATGACTTAGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 GAGTCCCAAGGGGGGGCTTGATATCCTCAAATCCTTGGAAAACACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170969 GAGTCCCAAGGGGGGGCTTGATATCCTCAAATCCTTGGAAAACACAGTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CATCCGCAATCAACAAGGCCCAGAACGGCACTCCTAGCTGGGGGGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171019 CATCCGCAATCAACAAGGCCCAGAACGGCACTCCTAGCTGGGGGGGCTAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 CCCAGCATCCATGCCGCCTACCAACTTCCCAACATGATGAAGTTGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171069 CCCAGCATCCATGCCGCCTACCAACTTCCCAACATGATGAAGTTGTCCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 GGGCTCGTCGGGGAAGAGTACGCCCCTGAAACCCATGTTTGGCAACAGTG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 171119 GGGCTCGTCGGGGAAGAGCACGCCCCTGAAACCCATGTTTGGCAACAGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 AGATTGTCTCCCCGACGAAAAACCAGACCCTGGTCTCTCCACCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171169 AGATTGTCTCCCCGACGAAAAACCAGACCCTGGTCTCTCCACCCAGCAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 CAGACGTCCCCCATGCCCAAGACAAACTTTCATGCCATGGAGGAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171219 CAGACGTCCCCCATGCCCAAGACAAACTTTCATGCCATGGAGGAGCTGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 GAAAAAGGTCACTGAGAAAGTTGCCAAAGTGGAGGAGAAGATGAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171269 GAAAAAGGTCACTGAGAAAGTTGCCAAAGTGGAGGAGAAGATGAAGGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 CGGATGGGAAGCTTTCCCCGCCCAAGCGGGCCACTCCCTCCCCATGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171319 CGGATGGGAAGCTTTCCCCGCCCAAGCGGGCCACTCCCTCCCCATGTAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 AGCGAAGTCGGGGAACCCATCAAGATGGAGGCATCCAGCGATGGGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171369 AGCGAAGTCGGGGAACCCATCAAGATGGAGGCATCCAGCGATGGGGGCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 CCGCAGCCAGGAGAACAGCCCCAGCCCCCCGCGGGATGGGTGCAAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171419 CCGCAGCCAGGAGAACAGCCCCAGCCCCCCGCGGGATGGGTGCAAGGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 GGAGCCCCCTCGCTGAGCCGGTGGAGAATGGCAAGGAGCTGGTGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171469 GGAGCCCCCTCGCTGAGCCGGTGGAGAATGGCAAGGAGCTGGTGAAGCCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092 CTAGCCAGCAGTTTGAGTGGCAGCACGGCCATCATCACCGACCACCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171519 CTAGCCAGCAGTTTGAGTGGCAGCACGGCCATCATCACCGACCACCCGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2142 TGAACAGCCTTTTGTTAACCCTTTGAGCGCCCTGCAGTCAGTCATGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171569 TGAACAGCCTTTTGTTAACCCTTTGAGCGCCCTGCAGTCAGTCATGAACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2192 TTCACCTGGGCAAGGCCGCCAAGCCCTCCCTGCCTGCCCTGGACCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171619 TTCACCTGGGCAAGGCCGCCAAGCCCTCCCTGCCTGCCCTGGACCCCATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2242 AGCATGCTTTTCAAGATGAGCAACAGCCTGGCGGAGAAGGCCGCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 171669 AGCATGCTTTTCAAGATGAGCAACAGCCTGGCGGAGAAGGCTGCTGTGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2292 CACCCCGCCGCCCCTGCAGTCCAAGAAGGCAGACCACCTCGACCGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171719 CACCCCGCCGCCCCTGCAGTCCAAGAAGGCAGACCACCTCGACCGCTATT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2342 TCTACCACGTCAACAACGACCAGCCCATAGACTTGACAAAAGGGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171769 TCTACCACGTCAACAACGACCAGCCCATAGACTTGACAAAAGGGAAGAGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2392 GACAAAGGCTGCTCCTTGGGTTCAGTGCTTCTGTCACCCACGTCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171819 GACAAAGGCTGCTCCTTGGGTTCAGTGCTTCTGTCACCCACGTCCACAGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2442 CCCGGCAACCTCCTCATCCACGGTGACAACGGCAAAGACATCTGCCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171869 CCCGGCAACCTCCTCATCCACGGTGACAACGGCAAAGACATCTGCCGTCG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2492 TATCATTCATGTCAAACTCGCCGCTACGCGAGAATGCCTTGTCAGATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171919 TATCATTCATGTCAAACTCGCCGCTACGCGAGAATGCCTTGTCAGATATA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2542 TCCGATATGCTGAAGAACTTGACAGAGAGCCACACGTCAAAATCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171969 TCCGATATGCTGAAGAACTTGACAGAGAGCCACACGTCAAAATCCTCCAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2592 CCCTTCCAGCATCTCCGAGAAGTCTGACATTGACGGGGCCACTCTGGAGG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172019 TCCTTCCAGCATCTCCGAGAAGTCTGACATTGACGGGGCCACTCTGGAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2642 AGGCTGAGGAGTCGACGCCCGCCCAGAAGAGGAAGGGCCGCCAGTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172069 AGGCTGAGGAGTCGACGCCCGCCCAGAAGAGGAAGGGCCGCCAGTCAAAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2692 TGGAACCCCCAGCACCTCCTGATCCTCCAGGCCCAGTTTGCCGCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172119 TGGAACCCCCAGCACCTCCTGATCCTCCAGGCCCAGTTTGCCGCCAGCCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2742 CCGGCAGACCTCAGAAGGGAAGTACATCATGTCAGACCTGAGCCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172169 CCGGCAGACCTCAGAAGGGAAGTACATCATGTCAGACCTGAGCCCCCAGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2792 AGCGGATGCATATCTCCAGGTTCACCGGGCTGTCCATGACCACCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172219 AGCGGATGCATATCTCCAGGTTCACCGGGCTGTCCATGACCACCATCAGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2842 CACTGGCTGGCCAACGTGAAATACCAGCTTCGAAGGACAGGTGGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172269 CACTGGCTGGCCAACGTGAAATACCAGCTTCGAAGGACAGGTGGAACAAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2892 GTTCCTCAAAAACTTGGACACTGGCCACCCCGTCTTCTTTTGTAACGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172319 GTTCCTCAAAAACTTGGACACTGGCCACCCCGTCTTCTTTTGTAACGATT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2942 GTGCGTCCCAAATCAGGACTCCTTCCACGTACATCAGTCACCTAGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172369 GTGCGTCCCAAATCAGGACTCCTTCCACGTACATCAGTCACCTAGAGTCA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2992 CACTTAGGCTTCCGGCTACGGGACTTATCCAAACTGTCCACCGAACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172419 CACTTAGGCTTCCGGCTACGGGACTTATCCAAACTGTCCACCGAACAGAT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3042 TAACAGTCAGATAGCACAAACCAAGTCACCGTCAGAAAAAATGGTGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172469 TAACAGTCAGATAGCACAAACCAAGTCACCGTCAGAAAAAATGGTGACGT

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3092 CCTCCCCCGAGGAAGACCTGGGGACTTCCTATCAGTGCAAACTTTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172519 CCTCCCCCGAGGAAGACCTGGGGACTTCCTATCAGTGCAAACTTTGCAAT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3142 CGGACCTTTGCCAGCAAGCACGCTGTTAAACTTCACCTTAGCAAAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172569 CGGACCTTTGCCAGCAAGCACGCTGTTAAACTTCACCTTAGCAAAACACA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3192 CGGGAAATCTCCGGAAGACCACCTTCTGTATGTCTCTGAGTTAGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172619 CGGGAAATCTCCGGAAGACCACCTTCTGTATGTCTCTGAGTTAGAGAAGC

   3250 
   3242 AG
        ||
 172669 AG