seq1 = pF1KE3580.tfa, 2997 bp
seq2 = pF1KE3580/gi568815597f_1516507.tfa (gi568815597f:1516507_1730527), 214021 bp

>pF1KE3580 2997
>gi568815597f:1516507_1730527 (Chr1)

1-110  (100000-100108)   99% ->
111-379  (106925-107193)   100% ->
380-551  (107268-107439)   100% ->
552-658  (108289-108395)   100% ->
659-853  (108485-108679)   99% ->
854-996  (108780-108922)   100% ->
997-1104  (109040-109147)   100% ->
1105-1209  (110144-110248)   100% ->
1210-1372  (110331-110493)   100% ->
1373-1506  (110568-110701)   99% ->
1507-1655  (110790-110938)   100% ->
1656-1812  (111167-111323)   100% ->
1813-1973  (111513-111673)   99% ->
1974-2100  (111767-111893)   100% ->
2101-2334  (111983-112216)   100% ->
2335-2513  (112627-112805)   100% ->
2514-2695  (112879-113060)   100% ->
2696-2761  (113133-113198)   100% ->
2762-2997  (113786-114021)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTTGGAAGCCCAGCGAGGCTAGAGGCCAGTCCCAAAGTTTCCAGGC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGGTTGGAAGCCCAGCGAGGCTAGAGGCCAGTCCCAAAGTTTCCAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCAGGGCTGCAGCCCAGGAGCCTCAAGGCGGCCCGGCGGGCGACTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 ATCAGGGCTGCAGCCCAGGAGCCTCAAGGCGGCCCGGCGGGCGACTGGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCCGGACAG         GTCCCGAGCAGCCCCGCCCAACATGGACCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 GGCCGGACAGGTG...CAGGTCCCGAGCAGCCCCGCCCAACATGGACCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCCCCAGGCGGGCGTGCAGGTGGGCATGCGGGTGGTGCGCGGCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106956 GACCCCCAGGCGGGCGTGCAGGTGGGCATGCGGGTGGTGCGCGGCGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGGAAGTGGGGCCAGCAGGACGGCGGCGAGGGCGGCGTGGGCACGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107006 CTGGAAGTGGGGCCAGCAGGACGGCGGCGAGGGCGGCGTGGGCACGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAGCTTGGCCGCCACGGCAGCCCCTCGACACCCGACCGCACAGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107056 TGGAGCTTGGCCGCCACGGCAGCCCCTCGACACCCGACCGCACAGTGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGCAGTGGGACCAGGGCACGCGCACCAACTACCGCGCCGGCTACCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107106 GTGCAGTGGGACCAGGGCACGCGCACCAACTACCGCGCCGGCTACCAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGCGCACGACCTGCTGCTGTACGACAACGCCCAGATCG         GCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107156 CGCGCACGACCTGCTGCTGTACGACAACGCCCAGATCGGTG...CAGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCGGCACCCCAACATCATCTGTGACTGCTGCAAGAAGCACGGGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107271 TCCGGCACCCCAACATCATCTGTGACTGCTGCAAGAAGCACGGGCTGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGATGCGCTGGAAGTGCCGTGTGTGCCTGGACTACGACCTCTGCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107321 GGGATGCGCTGGAAGTGCCGTGTGTGCCTGGACTACGACCTCTGCACGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTGCTACATGCACAACAAGCATGAGCTCGCCCACGCCTTCGACCGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107371 GTGCTACATGCACAACAAGCATGAGCTCGCCCACGCCTTCGACCGCTACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGACCGCTCACTCGCGCCC         TGTCACACTGAGTCCCCGCCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107421 AGACCGCTCACTCGCGCCCGTG...CAGTGTCACACTGAGTCCCCGCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCCTCCCGAGGATCCCACTAAGGGGCATCTTCCAGGGAGCGAAGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108311 GGCCTCCCGAGGATCCCACTAAGGGGCATCTTCCAGGGAGCGAAGGTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCGAGGCCCCGACTGGGAGTGGGGCTCACAGGATG         GAGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108361 GCGAGGCCCCGACTGGGAGTGGGGCTCACAGGATGGTG...CAGGAGGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGGGAAACCGGGCCGTGTGGTGGACATCCGTGGCTGGGATGTGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108491 AAGGGAAACCGGGCCGTGTGGTGGACATCCGTGGCTGGGATGTGGAGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCCGGAGTGTGGCCAGCGTGACGTGGGCTGATGGTACCACCAATGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108541 GGCCGGAGTGTGGCCAGCGTGACGTGGGCTGATGGTACCACCAATGTGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCGTGTGGGCTACAAGGGCAAGGTGGACCTCAAGTGTGTGGGCGAGGCAG
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108591 CCGTGTGGGCCACAAGGGCAAGGTGGACCTCAAGTGTGTGGGCGAGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CGGGCGGCTTCTACTACAAGGACCACCTCCCAAGGCTCG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108641 CGGGCGGCTTCTACTACAAGGACCACCTCCCAAGGCTCGGTA...CAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGCCGGCGGAGCTGCAGCGCAGGGTGAGTGCTGACAGCCAGCCCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108782 AAGCCGGCGGAGCTGCAGCGCAGGGTGAGTGCTGACAGCCAGCCCTTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCACGGGGACAAGGTCAAGTGTCTGCTGGACACTGATGTCCTGCGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108832 GCACGGGGACAAGGTCAAGTGTCTGCTGGACACTGATGTCCTGCGGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGCAGGAAGGCCACGGCGGCTGGAACCCCAGGATGGCGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108882 TGCAGGAAGGCCACGGCGGCTGGAACCCCAGGATGGCGGAGGTG...CAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTTATCGGACAGACGGGCACCGTGCATCGTATCACGGACCGCGGGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109040 TTTATCGGACAGACGGGCACCGTGCATCGTATCACGGACCGCGGGGACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCGCGTGCAGTTCAACCACGAGACGCGCTGGACCTTCCACCCCGGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109090 GCGCGTGCAGTTCAACCACGAGACGCGCTGGACCTTCCACCCCGGGGCGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCACCAAG         CACCACTCCTTCTGGGTGGGCGACGTGGTCCGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 109140 TCACCAAGGTG...CAGCACCACTCCTTCTGGGTGGGCGACGTGGTCCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTCATCGGCGACCTTGACACAGTGAAGCGGCTGCAGGCTGGGCATGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110177 GTCATCGGCGACCTTGACACAGTGAAGCGGCTGCAGGCTGGGCATGGCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GTGGACGGACGACATGGCCCCT         GCCCTGGGCCGCGTCGGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 110227 GTGGACGGACGACATGGCCCCTGTG...CAGGCCCTGGGCCGCGTCGGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGGTGGTGAAAGTGTTTGGAGACGGGAACCTGCGTGTAGCAGTCGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110350 AGGTGGTGAAAGTGTTTGGAGACGGGAACCTGCGTGTAGCAGTCGCTGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CAGCGGTGGACCTTCAGCCCCTCCTGCCTGGTGGCCTACCGGCCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110400 CAGCGGTGGACCTTCAGCCCCTCCTGCCTGGTGGCCTACCGGCCCGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGATGCCAACCTGGACGTGGCCGAGCGCGCCCGGGAGAACAAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 110450 GGATGCCAACCTGGACGTGGCCGAGCGCGCCCGGGAGAACAAAAGTG...

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1373    GCTCACTGAGCGTGGCCCTGGACAAGCTTCGGGCCCAGAAGAGTGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110565 CAGGCTCACTGAGCGTGGCCCTGGACAAGCTTCGGGCCCAGAAGAGTGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CCAGAGCACCCGGGAAGGCTGGTGGTGGAGGTGGCGCTGGGTAACGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110615 CCAGAGCACCCGGGAAGGCTGGTGGTGGAGGTGGCGCTGGGTAACGCAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCGGGCTCTGGGCCTGCTGCGGAGGCGCCCAGAGCAG         GTGG
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110665 CCGGGCTCTGGACCTGCTGCGGAGGCGCCCAGAGCAGGCA...CAGGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACACCAAGAACCAAGGCAGGACCGCTCTGCAAGTGGCTGCCTACCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110794 ACACCAAGAACCAAGGCAGGACCGCTCTGCAAGTGGCTGCCTACCTGGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CAGGTGGAGTTGATACGGCTGCTGCTACAAGCCAGGGCGGGCGTGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110844 CAGGTGGAGTTGATACGGCTGCTGCTACAAGCCAGGGCGGGCGTGGACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GCCGGACGACGAGGGCAACACGGCACTGCACTACGCGGCCCTGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 110894 GCCGGACGACGAGGGCAACACGGCACTGCACTACGCGGCCCTGGGGTG..

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656     GAACCAGCCCGAGGCCACCAGGGTGCTCCTGAGTGCTGGGTGCCGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110944 .CAGGAACCAGCCCGAGGCCACCAGGGTGCTCCTGAGTGCTGGGTGCCGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GCGGACGCCATCAACAGCACCCAGAGCACAGCACTGCACGTGGCCGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111213 GCGGACGCCATCAACAGCACCCAGAGCACAGCACTGCACGTGGCCGTGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GAGGGGCTTCCTGGAGGTGGTGCGGGCCCTGTGTGAGCGCGGCTGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111263 GAGGGGCTTCCTGGAGGTGGTGCGGGCCCTGTGTGAGCGCGGCTGTGACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TCAACCTGCCC         GACGCCCACTCGGACACGCCCCTGCACTCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111313 TCAACCTGCCCGTG...CAGGACGCCCACTCGGACACGCCCCTGCACTCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GCCATCTCGGCGGGCACTGGAGCCGGCGGCATTGTCGAGGTCCTCACGGA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 111543 GCCATCTCGGCGGGCACTGGAGCCAGCGGCATTGTCGAGGTCCTCACGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GGTGCCAAACATCGATGTTACCGCCACCAACAGCCAGGGTTTCACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111593 GGTGCCAAACATCGATGTTACCGCCACCAACAGCCAGGGTTTCACCCTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TGCACCATGCCTCCCTCAAGGGTCACGCGCT         AGCTGTGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111643 TGCACCATGCCTCCCTCAAGGGTCACGCGCTGTG...CAGAGCTGTGAGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 AAGATTCTGGCTCGGGCGCGGCAGCTGGTGGACGCCAAGAAGGAGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111777 AAGATTCTGGCTCGGGCGCGGCAGCTGGTGGACGCCAAGAAGGAGGACGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 CTTCACGGCGCTGCATCTGGCTGCCCTCAACAACCACCGCGAGGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111827 CTTCACGGCGCTGCATCTGGCTGCCCTCAACAACCACCGCGAGGTGGCCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AGATCCTCATCCGGGAG         GGCCGCTGTGACGTGAACGTGCGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111877 AGATCCTCATCCGGGAGGTG...CAGGGCCGCTGTGACGTGAACGTGCGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 AACCGGAAGCTGCAGTCCCCGCTGCATCTCGCCGTGCAACAGGCCCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112007 AACCGGAAGCTGCAGTCCCCGCTGCATCTCGCCGTGCAACAGGCCCACGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 GGGGCTGGTGCCGCTACTGGTGGACGCTGGGTGCAGTGTCAACGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112057 GGGGCTGGTGCCGCTACTGGTGGACGCTGGGTGCAGTGTCAACGCCGAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 ACGAGGAGGGGGACACAGCCCTGCACGTGGCGCTGCAGCGTCATCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112107 ACGAGGAGGGGGACACAGCCCTGCACGTGGCGCTGCAGCGTCATCAGCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 CTGCCCCTGGTGGCTGATGGGGCCGGGGGGGACCCAGGGCCCTTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112157 CTGCCCCTGGTGGCTGATGGGGCCGGGGGGGACCCAGGGCCCTTGCAGCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 GCTGTCCAGG         CTACAGGCCTCGGGCCTCCCCGGCAGCGCGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112207 GCTGTCCAGGGTG...CAGCTACAGGCCTCGGGCCTCCCCGGCAGCGCGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 AGCTGACGGTGGGCGCGGCGGTCGCCTGCTTCCTGGCGCTGGAGGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112658 AGCTGACGGTGGGCGCGGCGGTCGCCTGCTTCCTGGCGCTGGAGGGCGCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 GACGTGAGCTACACCAACCACCGCGGTCGGAGCCCGCTGGACCTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112708 GACGTGAGCTACACCAACCACCGCGGTCGGAGCCCGCTGGACCTGGCCGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 CGAGGGTCGCGTGCTCAAGGCCCTTCAGGGCTGCGCCCAGCGCTTCCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112758 CGAGGGTCGCGTGCTCAAGGCCCTTCAGGGCTGCGCCCAGCGCTTCCGGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2514        GGAGCGGCAGGCGGGCGGGGGCGCGGCCCCGGGCCCCAGGCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112808 G...CAGGGAGCGGCAGGCGGGCGGGGGCGCGGCCCCGGGCCCCAGGCAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 ACGCTCGGGACCCCCAACACCGTGACGAACCTGCACGTGGGCGCCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112922 ACGCTCGGGACCCCCAACACCGTGACGAACCTGCACGTGGGCGCCGCGCC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 GGGGCCCGAGGCCGCTGAGTGCCTGGTGTGCTCCGAGCTGGCGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112972 GGGGCCCGAGGCCGCTGAGTGCCTGGTGTGCTCCGAGCTGGCGCTGCTGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 TGCTGTTCTCGCCGTGCCAGCACCGCACCGTGTGTGAGG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113022 TGCTGTTCTCGCCGTGCCAGCACCGCACCGTGTGTGAGGGTG...CAGAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2698 TGCGCGCGCAGGATGAAGAAGTGCATCAGGTGCCAGGTGGTCGTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113135 TGCGCGCGCAGGATGAAGAAGTGCATCAGGTGCCAGGTGGTCGTCAGCAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 GAAACTGCGCCCAG         ACGGCTCTGAGGTGGCGAGCGCCGCCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113185 GAAACTGCGCCCAGGTG...CAGACGGCTCTGAGGTGGCGAGCGCCGCCC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2789 CCGCCCCCGGCCCGCCGCGCCAGCTGGTGGAGGAGCTGCAGAGCCGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113813 CCGCCCCCGGCCCGCCGCGCCAGCTGGTGGAGGAGCTGCAGAGCCGCTAC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2839 CGGCAGATGGAGGAACGCATCACCTGCCCCATCTGCATCGACAGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113863 CGGCAGATGGAGGAACGCATCACCTGCCCCATCTGCATCGACAGCCACAT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2889 CCGCCTCGTGTTCCAGTGCGGCCACGGCGCATGCGCCCCCTGCGGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113913 CCGCCTCGTGTTCCAGTGCGGCCACGGCGCATGCGCCCCCTGCGGCTCCG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2939 CGCTCAGCGCCTGCCCCATCTGCCGCCAGCCCATCCGCGACCGCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113963 CGCTCAGCGCCTGCCCCATCTGCCGCCAGCCCATCCGCGACCGCATCCAG

   3150     .
   2989 ATCTTCGTG
        |||||||||
 114013 ATCTTCGTG