seq1 = pF1KE3557.tfa, 1644 bp
seq2 = pF1KE3557/gi568815581r_45295459.tfa (gi568815581r:45295459_45505717), 210259 bp

>pF1KE3557 1644
>gi568815581r:45295459_45505717 (Chr17)

(complement)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-225  (100612-100794)   100% ->
226-306  (101037-101117)   100% ->
307-390  (101190-101273)   100% ->
391-456  (101384-101449)   100% ->
457-524  (101622-101689)   100% ->
525-615  (102009-102099)   100% ->
616-720  (102900-103004)   100% ->
721-819  (107671-107769)   100% ->
820-928  (108694-108802)   100% ->
929-1051  (108928-109050)   100% ->
1052-1150  (109133-109231)   100% ->
1151-1228  (109434-109511)   100% ->
1229-1363  (109601-109735)   100% ->
1364-1469  (109869-109974)   100% ->
1470-1644  (110085-110259)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCCGGGCCTGAGCCCTGGCAGCCCAGGGGACCCGCGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGCAGCCGGGCCTGAGCCCTGGCAGCCCAGGGGACCCGCGGGTG...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  CCCCCCACTCCCGAGACGGACTACCCCGAGTCGCTGACCAGTTACCCCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100611 GCCCCCCACTCCCGAGACGGACTACCCCGAGTCGCTGACCAGTTACCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAGGACTATTCTCCCGTGGGCTCTTTCGGTGAGCCCGGCCCTACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100661 AGGAGGACTATTCTCCCGTGGGCTCTTTCGGTGAGCCCGGCCCTACCTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCTTGACCACACCCCCCGGCTGGTCTTGTCATGTCAGCCAGGACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100711 CCCTTGACCACACCCCCCGGCTGGTCTTGTCATGTCAGCCAGGACAAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATGCTCTACACCAACCACTTCACTCAGGAGCAG         TGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100761 GATGCTCTACACCAACCACTTCACTCAGGAGCAGGTA...CAGTGGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCTGGAGGACCCCCACGGGAAGCCATACTTCTACAATCCAGAGGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101044 GGCTGGAGGACCCCCACGGGAAGCCATACTTCTACAATCCAGAGGACTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTGTTCGATGGGAGCTGCCCCAG         GTCCCTGTCCCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101094 TCTGTTCGATGGGAGCTGCCCCAGGTA...CAGGTCCCTGTCCCTGCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGAAGCATCCATAAATCCAGCCAGGATGGTGACACCCCAGCCCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101207 TCGAAGCATCCATAAATCCAGCCAGGATGGTGACACCCCAGCCCAGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCCTCCAGAGGAGAAG         GTCCCAGCAGAGCTGGATGAGGTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101257 GCCCTCCAGAGGAGAAGGTA...TAGGTCCCAGCAGAGCTGGATGAGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGGAGCTGGGAGGAAGTCTCTCCTGCCACAGCTGCTGTGAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101408 GGGAGCTGGGAGGAAGTCTCTCCTGCCACAGCTGCTGTGAGGGTA...TA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    457  ACCAAGACCTTGGACAAGGCAGGGGTGCTCCATCGCACCAAGACGGCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101621 GACCAAGACCTTGGACAAGGCAGGGGTGCTCCATCGCACCAAGACGGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACAAGGGAAAGCGGCTCCG         GAAGAAGCACTGGAGTGCCTCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101671 ACAAGGGAAAGCGGCTCCGGTG...TAGGAAGAAGCACTGGAGTGCCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TGGACTGTGCTGGAGGGTGGCGTCCTGACATTCTTCAAGGACTCAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102031 TGGACTGTGCTGGAGGGTGGCGTCCTGACATTCTTCAAGGACTCAAAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTCGGCTGCAGGCGGCCTG         AGGCAGCCTTCCAAGTTTTCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102081 CTCGGCTGCAGGCGGCCTGGTA...CAGAGGCAGCCTTCCAAGTTTTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCCCTGAGTACACAGTGGAGCTGAGGGGGGCCACTCTCTCCTGGGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102922 CCCCTGAGTACACAGTGGAGCTGAGGGGGGCCACTCTCTCCTGGGCCCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAAGACAAATCCAGTAGGAAGAATGTGCTGGAG         CTACGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102972 AAAGACAAATCCAGTAGGAAGAATGTGCTGGAGGTG...CAGCTACGGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CCGAGATGGCTCTGAGTACCTGATCCAGCACGACTCGGAGGCCATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107679 CCGAGATGGCTCTGAGTACCTGATCCAGCACGACTCGGAGGCCATCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GCACCTGGCATAAGGCCATTGCTCAGGGCATCCAGGAGCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107729 GCACCTGGCATAAGGCCATTGCTCAGGGCATCCAGGAGCTGGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TCCGCAGAGCTGCCCCCAGAGGAGAGCGAGAGCAGCAGAGTGGACTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108694 TCCGCAGAGCTGCCCCCAGAGGAGAGCGAGAGCAGCAGAGTGGACTTCGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GTCGAGCGAGCGCTTGGGAAGCTGGCAGGAGAAAGAGGAGGACGCGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108744 GTCGAGCGAGCGCTTGGGAAGCTGGCAGGAGAAAGAGGAGGACGCGCGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CGAATGCAG         CCGCGCCCGCCCTGGGCCCCGTGGGCCTGGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108794 CGAATGCAGGTG...CAGCCGCGCCCGCCCTGGGCCCCGTGGGCCTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AGCGACTTGAGCAAGGTCCGGCACAAGCTCCGCAAGTTCCTCCAGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108960 AGCGACTTGAGCAAGGTCCGGCACAAGCTCCGCAAGTTCCTCCAGAGGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GCCCACACTGCAGTCGCTGCGGGAGAAGGGCTACATCAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109010 GCCCACACTGCAGTCGCTGCGGGAGAAGGGCTACATCAAAGGTA...TAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ACCAGGTGTTCGGCTGCGCGCTGGCCGCGCTGTGTGAGCGCGAGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109133 ACCAGGTGTTCGGCTGCGCGCTGGCCGCGCTGTGTGAGCGCGAGAGGAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CGGGTGCCACGCTTCGTGCAGCAGTGCATCCGCGCCGTCGAGGCCCGCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 109183 CGGGTGCCACGCTTCGTGCAGCAGTGCATCCGCGCCGTCGAGGCCCGCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151         GGCTGGACATCGACGGGCTGTACCGCATCAGTGGAAACCTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109233 TA...CAGGGCTGGACATCGACGGGCTGTACCGCATCAGTGGAAACCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CCACCATCCAGAAGCTACGCTATAAGGTGGACCACG         ATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109476 CCACCATCCAGAAGCTACGCTATAAGGTGGACCACGGTG...CAGATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CGCCTTGACCTGGATGACGGGCGCTGGGAGGACGTCCACGTTATCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109606 CGCCTTGACCTGGATGACGGGCGCTGGGAGGACGTCCACGTTATCACCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AGCCCTGAAGCTCTTCTTTCGGGAGCTGCCCGAGCCCCTCTTCCCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109656 AGCCCTGAAGCTCTTCTTTCGGGAGCTGCCCGAGCCCCTCTTCCCCTTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CGCACTTCCGCCAGTTCATTGCGGCCATCA         AGTTGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109706 CGCACTTCCGCCAGTTCATTGCGGCCATCAGTG...CAGAGTTGCAGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 CAGGCCCGGCGCAGCCGCTGTGTGCGTGACTTGGTGCGCTCGCTGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109880 CAGGCCCGGCGCAGCCGCTGTGTGCGTGACTTGGTGCGCTCGCTGCCCGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TCCCAACCACGACACTCTGCGGATGCTCTTCCAGCACCTCTGCCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109930 TCCCAACCACGACACTCTGCGGATGCTCTTCCAGCACCTCTGCCGGTG..

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470     GGTGATCGAGCACGGCGAGCAGAACCGCATGTCGGTGCAGAGCGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109980 .CAGGGTGATCGAGCACGGCGAGCAGAACCGCATGTCGGTGCAGAGCGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GCCATTGTGTTCGGGCCCACGCTGCTGCGGCCCGAGGTGGAAGAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110131 GCCATTGTGTTCGGGCCCACGCTGCTGCGGCCCGAGGTGGAAGAGACCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CATGCCCATGACCATGGTGTTCCAGAACCAGGTGGTGGAGCTCATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110181 CATGCCCATGACCATGGTGTTCCAGAACCAGGTGGTGGAGCTCATCCTGC

   1750     .    :    .    :    .
   1616 AGCAGTGCGCGGACATCTTCCCGCCGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 110231 AGCAGTGCGCGGACATCTTCCCGCCGCAC