seq1 = pF1KE3556.tfa, 732 bp
seq2 = pF1KE3556/gi568815586f_6870924.tfa (gi568815586f:6870924_7075806), 204883 bp

>pF1KE3556 732
>gi568815586f:6870924_7075806 (Chr12)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-270  (103416-103517)   100% ->
271-412  (103629-103770)   100% ->
413-471  (104167-104225)   100% ->
472-621  (104306-104455)   100% ->
622-732  (104773-104883)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGCCCAGTGATGGATTCAAGCCTCGTGAACGAAGCGGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCGCCCAGTGATGGATTCAAGCCTCGTGAACGAAGCGGTGGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGCACAGGACTGGGATGCTCTGCCACCCAAGCGGCCCCGACTAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGCACAGGACTGGGATGCTCTGCCACCCAAGCGGCCCCGACTAGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGAAACAAGATCGGAGGCCGTAGGCTTATTGTGGTGCTGGAAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGAAACAAGATCGGAGGCCGTAGGCTTATTGTGGTGCTGGAAGGGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTCTGGAGACAGTCAAG         GTAGGGAAGACATATGAGCTACT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 AGTCTGGAGACAGTCAAGGTA...CAGGTAGGGAAGACATATGAGCTACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACTGTGACAAGCACAAGTCTATATTGTTGAAGAATGGACGGGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103439 CAACTGTGACAAGCACAAGTCTATATTGTTGAAGAATGGACGGGACCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGAAGCGCGGCCAGATATCACCCACCAG         AGTTTGCTGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103489 GGGAAGCGCGGCCAGATATCACCCACCAGGTA...CAGAGTTTGCTGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGATGGATAGTCCCCTGAACCGAGCTGGCTTGCTACAGGTTTATATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103641 CTGATGGATAGTCCCCTGAACCGAGCTGGCTTGCTACAGGTTTATATCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TACACAGAAGAATGTTCTGATTGAAGTGAATCCCCAGACCCGAATTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103691 TACACAGAAGAATGTTCTGATTGAAGTGAATCCCCAGACCCGAATTCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAACCTTTGACCGCTTTTGTGGCCTCATGG         TTCAACTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103741 GAACCTTTGACCGCTTTTGTGGCCTCATGGGTA...TAGTTCAACTTTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACAAGCTCAGTGTTCGAGCAGCTGATGGCCCCCAGAAGCTTTTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104178 CACAAGCTCAGTGTTCGAGCAGCTGATGGCCCCCAGAAGCTTTTGAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        GTAATTAAGAATCCAGTATCAGATCACTTTCCAGTTGGATGTA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104228 G...TAGGTAATTAAGAATCCAGTATCAGATCACTTTCCAGTTGGATGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAAAGTTGGCACTTCTTTTTCCATCCCGGTTGTCAGTGATGTGCGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104349 TGAAAGTTGGCACTTCTTTTTCCATCCCGGTTGTCAGTGATGTGCGTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGTGCCCAGCAGTGATCCTATTGTTTTTGTGGTAGGGGCCTTTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104399 CTGGTGCCCAGCAGTGATCCTATTGTTTTTGTGGTAGGGGCCTTTGCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGCAAG         GTCAGTGTGGAGTATACAGAGAAGATGGTGTCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104449 TGGCAAGGTA...TAGGTCAGTGTGGAGTATACAGAGAAGATGGTGTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCAGTAACTACCCCCTTTCTGCTGCCCTCACCTGTGCAAAACTTACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104807 TCAGTAACTACCCCCTTTCTGCTGCCCTCACCTGTGCAAAACTTACCACA

    750     .    :    .    :    .
    706 GCCTTTGAGGAAGTATGGGGGGTCATT
        |||||||||||||||||||||||||||
 104857 GCCTTTGAGGAAGTATGGGGGGTCATT