seq1 = pF1KE3544.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KE3544/gi568815576r_38766212.tfa (gi568815576r:38766212_38972190), 205979 bp

>pF1KE3544 1236
>gi568815576r:38766212_38972190 (Chr22)

(complement)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-113  (100246-100289)   100% ->
114-179  (100434-100499)   100% ->
180-246  (100645-100711)   100% ->
247-1236  (104990-105979)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGTCTGCAGTGGGCGAGCGGGTCTTCGCGGCCGAATCCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGTCTGCAGTGGGCGAGCGGGTCTTCGCGGCCGAATCCATCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAACGGCGGATCCGAAAG         GGACGCATCGAGTACCTGGTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 CAAACGGCGGATCCGAAAGGTG...CAGGGACGCATCGAGTACCTGGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATGGAAGGGGTGGGCGATCAA         GTACAGCACTTGGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100268 AATGGAAGGGGTGGGCGATCAAGTG...CAGGTACAGCACTTGGGAGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGGAGAACATCCTGGACTCGCGGCTCATTGCAGCCTTCGAACAAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100453 GAGGAGAACATCCTGGACTCGCGGCTCATTGCAGCCTTCGAACAAAAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    180       GGAGAGGGAGCGTGAGCTGTATGGGCCCAAGAAGAGGGGACCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100503 ...CAGGGAGAGGGAGCGTGAGCTGTATGGGCCCAAGAAGAGGGGACCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AACCCAAAACTTTCCTCCTGAAG         GCGCGGGCCCAGGCCGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100689 AACCCAAAACTTTCCTCCTGAAGGTA...CAGGCGCGGGCCCAGGCCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GCCCTCCGCATCAGTGATGTGCATTTCTCTGTCAAGCCGAGCGCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105008 GCCCTCCGCATCAGTGATGTGCATTTCTCTGTCAAGCCGAGCGCCAGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CTCCTCGCCCAAGCTGCACTCCAGCGCAGCCGTGCACCGGCTCAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105058 CTCCTCGCCCAAGCTGCACTCCAGCGCAGCCGTGCACCGGCTCAAGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACATCCGCCGCTGCCACCGTATGTCCCGCCGTCCCCTGCCCCGCCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105108 ACATCCGCCGCTGCCACCGTATGTCCCGCCGTCCCCTGCCCCGCCCGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCGCAGGGGGGCAGCCCCGGACTGCGCCCGCCCATTTCGCCCTTCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105158 CCGCAGGGGGGCAGCCCCGGACTGCGCCCGCCCATTTCGCCCTTCTCGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACGGTGCGCATCATCAACCGCAAGGTGAAGCCGCGGGAGCCCAAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105208 GACGGTGCGCATCATCAACCGCAAGGTGAAGCCGCGGGAGCCCAAGCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCGCATCATCCTGAACCTGAAGGTGATCGACAAGGGCGCTGGCGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105258 ACCGCATCATCCTGAACCTGAAGGTGATCGACAAGGGCGCTGGCGGCGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCGCCGGGCAGGGGGCCGGGGCGCTGGCCCGCCCCAAAGTCCCCTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105308 GGCGCCGGGCAGGGGGCCGGGGCGCTGGCCCGCCCCAAAGTCCCCTCGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAACCGCGTTATAGGCAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAGAGCGTCCTGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105358 GAACCGCGTTATAGGCAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAGAGCGTCCTGCGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CACAGATCCGCCACATGAAGTTCGGCGCCTTTGCGCTGTACAAGCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105408 CACAGATCCGCCACATGAAGTTCGGCGCCTTTGCGCTGTACAAGCCTCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCCGCCCCCCTGGTAGCCCCGTCCCCCGGCAAGGCTGAGGCCTCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105458 CCCGCCCCCCTGGTAGCCCCGTCCCCCGGCAAGGCTGAGGCCTCAGCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGGCCCTGGGCTACTTCTGGCCGCCCCCGCCGCCCCCTACGACGCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105508 GGGCCCTGGGCTACTTCTGGCCGCCCCCGCCGCCCCCTACGACGCCCGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCTCTGGCTCCTCCGGCTGCCCCTCGCCTACACCACAGTCCTCTGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105558 GCTCTGGCTCCTCCGGCTGCCCCTCGCCTACACCACAGTCCTCTGACCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GACGACACGCCCCCCAAGCTCCTCCCCGAGACCGTGAGCCCATCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105608 GACGACACGCCCCCCAAGCTCCTCCCCGAGACCGTGAGCCCATCCGCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAGCTGGCGCGAGCCGGAGGTGCTCGACCTGTCCCTCCCTCCCGAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105658 CAGCTGGCGCGAGCCGGAGGTGCTCGACCTGTCCCTCCCTCCCGAGTCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CAGCCACCAGCAAGCGGGCACCGCCTGAGGTCACAGCTGCTGCCGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105708 CAGCCACCAGCAAGCGGGCACCGCCTGAGGTCACAGCTGCTGCCGGCCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCACCTCCCACGGCCCCTGAGCCCGCCGGTGCCTCCTCCGAGCCCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105758 GCACCTCCCACGGCCCCTGAGCCCGCCGGTGCCTCCTCCGAGCCCGAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGGGGACTGGCGCCCCGAGATGTCACCCTGCTCCAATGTGGTCGTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105808 TGGGGACTGGCGCCCCGAGATGTCACCCTGCTCCAATGTGGTCGTCACCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ATGTCACCAGCAACCTCCTGACGGTCACAATCAAGGAATTCTGCAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105858 ATGTCACCAGCAACCTCCTGACGGTCACAATCAAGGAATTCTGCAACCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GAGGATTTCGAGAAGGTGGCTGCTGGGGTAGCAGGCGCCGCTGGGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105908 GAGGATTTCGAGAAGGTGGCTGCTGGGGTAGCAGGCGCCGCTGGGGGCGG

   1250     .    :    .    :
   1215 TGGCAGCATTGGGGCGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||
 105958 TGGCAGCATTGGGGCGAGCAAG