seq1 = pF1KE3541.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KE3541/gi568815597r_37661370.tfa (gi568815597r:37661370_37865066), 203697 bp

>pF1KE3541 885
>gi568815597r:37661370_37865066 (Chr1)

(complement)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-171  (102218-102282)   100% ->
172-885  (102984-103697)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACCTGCGCCGGTCCACACCCGCTGCGCCTCTTCCTCTGCCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACCTGCGCCGGTCCACACCCGCTGCGCCTCTTCCTCTGCCGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCTCTGTCTCGCGCTGCTTTTGGGACCCTGGCGGCCTGGGACCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCTCTGTCTCGCGCTGCTTTTGGGACCCTGGCGGCCTGGGACCGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAAG         TTATCCTCCTGGATTCCAAAGCCTCCCAGGCCGAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAAGGTG...TAGTTATCCTCCTGGATTCCAAAGCCTCCCAGGCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGGCTGGACTGCACTGCCAAGTAATGGG         TGGGAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102253 CTGGGCTGGACTGCACTGCCAAGTAATGGGGTA...CAGTGGGAGGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGCGGCGTGGATGAACACGACCGTCCCATCCGCACGTACCAAGTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102995 CAGCGGCGTGGATGAACACGACCGTCCCATCCGCACGTACCAAGTGTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGTGCTGGAGCCCAACCAGGACAACTGGCTGCAGACTGGCTGGATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103045 ATGTGCTGGAGCCCAACCAGGACAACTGGCTGCAGACTGGCTGGATAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGTGGCCGCGGGCAGCGCATCTTCGTGGAACTGCAGTTCACACTCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103095 CGTGGCCGCGGGCAGCGCATCTTCGTGGAACTGCAGTTCACACTCCGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGCAGCAGCATCCCTGGCGCCGCGGGTACCTGCAAGGAGACCTTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103145 CTGCAGCAGCATCCCTGGCGCCGCGGGTACCTGCAAGGAGACCTTCAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTACTACCTGGAAACTGAGGCCGACCTGGGCCGTGGGCGTCCCCGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103195 TCTACTACCTGGAAACTGAGGCCGACCTGGGCCGTGGGCGTCCCCGCCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCGGCAGCCGGCCCCGCAAAATCGACACGATCGCGGCGGACGAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103245 GGCGGCAGCCGGCCCCGCAAAATCGACACGATCGCGGCGGACGAGAGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACGCAGGGCGACCTGGGTGAGCGCAAGATGAAGCTGAACACAGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103295 CACGCAGGGCGACCTGGGTGAGCGCAAGATGAAGCTGAACACAGAGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCGAGATCGGACCGCTCAGCCGGCGGGGTTTCCACCTGGCCTTTCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103345 GCGAGATCGGACCGCTCAGCCGGCGGGGTTTCCACCTGGCCTTTCAGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGGGCGCATGCGTGGCGCTTGTCTCGGTGCGCGTCTACTACAAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103395 GTGGGCGCATGCGTGGCGCTTGTCTCGGTGCGCGTCTACTACAAGCAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCGCGCCACCGTGCGGGGCCTGGCCACGTTCCCAGCCACCGCAGCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103445 CCGCGCCACCGTGCGGGGCCTGGCCACGTTCCCAGCCACCGCAGCCGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCGCCTTCTCCACACTGGTGGAAGTGGCCGGAACGTGCGTGGCGCACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103495 GCGCCTTCTCCACACTGGTGGAAGTGGCCGGAACGTGCGTGGCGCACTCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAAGGGGAGCCTGGCAGCCCCCCACGCATGCACTGCGGCGCCGACGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103545 GAAGGGGAGCCTGGCAGCCCCCCACGCATGCACTGCGGCGCCGACGGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GTGGCTGGTGCCTGTGGGCCGCTGCAGCTGCAGCGCGGGATTCCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103595 GTGGCTGGTGCCTGTGGGCCGCTGCAGCTGCAGCGCGGGATTCCAGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTGGTGACATCTGCGAAGGTATCCAGTTGGCTGGGGGCCGTGGGGTGGGA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103645 GTGGTGACTTCTGCGAAGGTATCCAGTTGGCTGGGGGCCGTGGGGTGGGA

    900 
    883 GTG
        |||
 103695 GTG