seq1 = pF1KE3532.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KE3532/gi568815587f_64186603.tfa (gi568815587f:64186603_64389362), 202760 bp

>pF1KE3532 1251
>gi568815587f:64186603_64389362 (Chr11)

1-357  (99923-100279)   100% ->
358-407  (100363-100412)   100% ->
408-633  (101119-101344)   100% ->
634-783  (101463-101612)   100% ->
784-912  (101738-101866)   100% ->
913-1031  (102001-102119)   100% ->
1032-1251  (102541-102760)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGTAACCTGTCTGGCCTGGTGCCTGCTGCCGGGCTGGTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99923 ATGGAGAGTAACCTGTCTGGCCTGGTGCCTGCTGCCGGGCTGGTGCCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCCACCTGCTGTGACCCTGGGGCTGACAGCTGCCTACACCACCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99973 GCTGCCACCTGCTGTGACCCTGGGGCTGACAGCTGCCTACACCACCCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGCCCTGCTCTTCTTCTCCGTCTATGCCCAGCTCTGGCTGGTGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 ATGCCCTGCTCTTCTTCTCCGTCTATGCCCAGCTCTGGCTGGTGCTTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATGGGCACAAGCGTCTCAGCTATCAGACGGTGTTCCTGGCCCTCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100073 TATGGGCACAAGCGTCTCAGCTATCAGACGGTGTTCCTGGCCCTCTGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCTGGGCCGCCTTGCGTACCACCCTCTTCTCCTTCTACTTCCGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100123 GCTCTGGGCCGCCTTGCGTACCACCCTCTTCTCCTTCTACTTCCGAGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCCCCGCGCCAACCGCCTGGGGCCCTTGCCCTTCTGGCTTCTCTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100173 CTCCCCGCGCCAACCGCCTGGGGCCCTTGCCCTTCTGGCTTCTCTACTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGCCCCGTCTGCCTGCAGTTCTTCACCTTGACGCTTATGAACCTCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100223 TGCCCCGTCTGCCTGCAGTTCTTCACCTTGACGCTTATGAACCTCTACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCCCAG         GTGGTGTTCAAGGCCAAGGTGAAGCGTCGGCCGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100273 TGCCCAGGTA...TAGGTGGTGTTCAAGGCCAAGGTGAAGCGTCGGCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGATGAGCCGAGGCTT         GCTCGCTGTCCGAGGGGCCTTTGTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100397 AGATGAGCCGAGGCTTGTA...CAGGCTCGCTGTCCGAGGGGCCTTTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGGCCTCGCTGCTCTTTCTGCTGGTGAACGTGCTGTGTGCTGTGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101144 GGGGCCTCGCTGCTCTTTCTGCTGGTGAACGTGCTGTGTGCTGTGCTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCATCGGCGCCGGGCACAGCCCTGGGCCCTGCTGCTTGTCCGCGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101194 CCATCGGCGCCGGGCACAGCCCTGGGCCCTGCTGCTTGTCCGCGTCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGAGCGACTCCCTGTTCGTCATCTGCGCGCTGTCTCTTGCTGCCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101244 TGAGCGACTCCCTGTTCGTCATCTGCGCGCTGTCTCTTGCTGCCTGCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGCCTCGTCGCCAGGCGGGCGCCCTCCACTAGCATCTACCTGGAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101294 TGCCTCGTCGCCAGGCGGGCGCCCTCCACTAGCATCTACCTGGAGGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 G         GGGACCAGTGTGTGCCAGGCGGCCGCGATGGGTGGCGCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101344 GGTA...CAGGGGACCAGTGTGTGCCAGGCGGCCGCGATGGGTGGCGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGTCCTGCTCTATGCCAGCCGGGCCTGCTACAACCTGACAGCACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101503 TGGTCCTGCTCTATGCCAGCCGGGCCTGCTACAACCTGACAGCACTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTGGCCCCCCAGAGCCGGCTGGACACCTTCGATTACGACTGGTACAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101553 TTGGCCCCCCAGAGCCGGCTGGACACCTTCGATTACGACTGGTACAATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTCTGACCAG         GCGGACCTGGTGAATGACCTGGGGAACAAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101603 GTCTGACCAGGTG...CAGGCGGACCTGGTGAATGACCTGGGGAACAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCTACCTGGTATTTGGCCTCATCCTCTTCGTGTGGGAGCTACTGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101769 GCTACCTGGTATTTGGCCTCATCCTCTTCGTGTGGGAGCTACTGCCCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACCCTGCTGGTGGGCTTCTTCCGGGTGCACCGGCCCCCACAGGACCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101819 ACCCTGCTGGTGGGCTTCTTCCGGGTGCACCGGCCCCCACAGGACCTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913        AGCACCAGCCACATCCTCAATGGGCAGGTCTTTGCCTCTCGGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101869 A...CAGAGCACCAGCCACATCCTCAATGGGCAGGTCTTTGCCTCTCGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCTACTTCTTTGACCGGGCTGGGCACTGTGAAGATGAGGGCTGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102044 CCTACTTCTTTGACCGGGCTGGGCACTGTGAAGATGAGGGCTGCTCCTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGCACAGCCGGGGTGAGAGCACCAG         GTGCCAGGACCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102094 GAGCACAGCCGGGGTGAGAGCACCAGGTA...CAGGTGCCAGGACCAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGCCACCACCACAGTCTCTACTCCACCCCACAGACGTGATCCCCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102556 GGCCACCACCACAGTCTCTACTCCACCCCACAGACGTGATCCCCCTCCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCCCCACAGAATACCCAGGCCCCAGTCCCCCTCACCCTAGGCCCCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102606 CCCCCACAGAATACCCAGGCCCCAGTCCCCCTCACCCTAGGCCCCTGTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAAGTTTGTCTGCCGCTTCTTGCCCAGGATCCTGGGGGTCGTGGCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102656 CAAGTTTGTCTGCCGCTTCTTGCCCAGGATCCTGGGGGTCGTGGCTACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCTCCTCTGGCCGGCTCCTTGCTGCTCCTGTCATAGTGAGCTTGTGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102706 CCTCCTCTGGCCGGCTCCTTGCTGCTCCTGTCATAGTGAGCTTGTGCCGT

   1300     .
   1247 CCCCC
        |||||
 102756 CCCCC