seq1 = pF1KE3524.tfa, 1710 bp
seq2 = pF1KE3524/gi568815577f_36599747.tfa (gi568815577f:36599747_36845270), 245524 bp

>pF1KE3524 1710
>gi568815577f:36599747_36845270 (Chr21)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-258  (109422-109504)   100% ->
259-348  (112787-112876)   100% ->
349-457  (120075-120183)   100% ->
458-543  (123299-123384)   100% ->
544-743  (126373-126572)   100% ->
744-850  (131299-131405)   100% ->
851-998  (141971-142118)   100% ->
999-1167  (143641-143809)   100% ->
1168-1710  (144982-145524)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGAGAAGTCCAAGAATGCGGCCAAGACCAGGAGGGAGAAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGAGAAGTCCAAGAATGCGGCCAAGACCAGGAGGGAGAAGGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCGAGTTTTACGAGCTTGCCAAGCTGCTCCCGCTGCCGTCGGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCGAGTTTTACGAGCTTGCCAAGCTGCTCCCGCTGCCGTCGGCCATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTCGCAGCTGGACAAAGCGTCCATCATCCGCCTCACCACGAGCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTCGCAGCTGGACAAAGCGTCCATCATCCGCCTCACCACGAGCTACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGATGCGCGCCGTCTTCCCCGAAG         GTTTAGGAGACGCGTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 AAGATGCGCGCCGTCTTCCCCGAAGGTG...CAGGTTTAGGAGACGCGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGACAGCCGAGCCGCGCCGGGCCCCTGGACGGCGTCGCCAAGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109438 GGGACAGCCGAGCCGCGCCGGGCCCCTGGACGGCGTCGCCAAGGAGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GATCGCACTTGCTGCAG         ACTTTGGATGGATTTGTTTTTGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109488 GATCGCACTTGCTGCAGGTA...CAGACTTTGGATGGATTTGTTTTTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTAGCATCTGATGGCAAAATCATGTATATATCCGAGACCGCTTCTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112811 GTAGCATCTGATGGCAAAATCATGTATATATCCGAGACCGCTTCTGTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTAGGCTTATCCCAG         GTGGAGCTCACGGGCAACAGTATTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112861 TTTAGGCTTATCCCAGGTG...CAGGTGGAGCTCACGGGCAACAGTATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGAATACATCCATCCTTCTGACCACGATGAGATGACCGCTGTCCTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120100 ATGAATACATCCATCCTTCTGACCACGATGAGATGACCGCTGTCCTCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCCACCAGCCGCTGCACCACCACCTGCTCCAAG         AGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 120150 GCCCACCAGCCGCTGCACCACCACCTGCTCCAAGGTA...CAGAGTATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GATAGAGAGGTCGTTCTTTCTTCGAATGAAATGTGTCTTGGCGAAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123306 GATAGAGAGGTCGTTCTTTCTTCGAATGAAATGTGTCTTGGCGAAAAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACGCGGGCCTGACCTGCAGCGGATACAAG         GTCATCCACTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 123356 ACGCGGGCCTGACCTGCAGCGGATACAAGGTA...CAGGTCATCCACTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGTGGCTACTTGAAGATCAGGCAGTATATGCTGGACATGTCCCTGTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126385 AGTGGCTACTTGAAGATCAGGCAGTATATGCTGGACATGTCCCTGTACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCCTGCTACCAGATTGTGGGGCTGGTGGCCGTGGGCCAGTCGCTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126435 CTCCTGCTACCAGATTGTGGGGCTGGTGGCCGTGGGCCAGTCGCTGCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCAGTGCCATCACCGAGATCAAGCTGTACAGTAACATGTTCATGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126485 CCAGTGCCATCACCGAGATCAAGCTGTACAGTAACATGTTCATGTTCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCAGCCTTGACCTGAAGCTGATATTCCTGGATTCCAG         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 126535 GCCAGCCTTGACCTGAAGCTGATATTCCTGGATTCCAGGTG...CAGGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GACCGAGGTGACGGGGTACGAGCCGCAGGACCTGATCGAGAAGACCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131302 GACCGAGGTGACGGGGTACGAGCCGCAGGACCTGATCGAGAAGACCCTAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCATCACGTGCACGGCTGCGACGTGTTCCACCTCCGCTACGCACACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131352 ACCATCACGTGCACGGCTGCGACGTGTTCCACCTCCGCTACGCACACCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTCC         TGTTGGTGAAGGGCCAGGTCACCACCAAGTACTACCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131402 CTCCGTG...CAGTGTTGGTGAAGGGCCAGGTCACCACCAAGTACTACCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCTGCTGTCCAAGCGGGGCGGCTGGGTGTGGGTGCAGAGCTACGCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142008 GCTGCTGTCCAAGCGGGGCGGCTGGGTGTGGGTGCAGAGCTACGCCACCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGTGCACAACAGCCGCTCGTCCCGGCCCCACTGCATCGTGAGTGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142058 TGGTGCACAACAGCCGCTCGTCCCGGCCCCACTGCATCGTGAGTGTCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATGTACTCAC         GGAGATTGAATACAAGGAACTTCAGCTGTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 142108 TATGTACTCACGTA...CAGGGAGATTGAATACAAGGAACTTCAGCTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTGGAGCAGGTGTCCACTGCCAAGTCCCAGGACTCCTGGAGGACCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143671 CCTGGAGCAGGTGTCCACTGCCAAGTCCCAGGACTCCTGGAGGACCGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGTCTACCTCACAAGAAACTAGGAAATTAGTGAAACCCAAAAATACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143721 TGTCTACCTCACAAGAAACTAGGAAATTAGTGAAACCCAAAAATACCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGAAGACAAAGCTGAGAACAAACCCTTACCCCCCACAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 143771 ATGAAGACAAAGCTGAGAACAAACCCTTACCCCCCACAGGTA...CAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ATACAGCTCGTTCCAAATGGACAAACTGGAATGCGGCCAGCTCGGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144984 ATACAGCTCGTTCCAAATGGACAAACTGGAATGCGGCCAGCTCGGAAACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGAGAGCCAGTCCCCCTGCAAGCGCTGCTGCTCCTCCAGAACTGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145034 GGAGAGCCAGTCCCCCTGCAAGCGCTGCTGCTCCTCCAGAACTGCAGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CACTCAGAAAGCAGTGACCTTCTGTACACGCCATCCTACAGCCTGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145084 CACTCAGAAAGCAGTGACCTTCTGTACACGCCATCCTACAGCCTGCCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTCCTACCATTACGGACACTTCCCTCTGGACTCTCACGTCTTCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145134 CTCCTACCATTACGGACACTTCCCTCTGGACTCTCACGTCTTCAGCAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAAAGCCAATGTTGCCGGCCAAGTTCGGGCAGCCCCAAGGATCCCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145184 AAAAGCCAATGTTGCCGGCCAAGTTCGGGCAGCCCCAAGGATCCCCTTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAGGTGGCACGCTTTTTCCTGAGCACACTGCCAGCCAGCGGTGAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145234 GAGGTGGCACGCTTTTTCCTGAGCACACTGCCAGCCAGCGGTGAATGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GTGGCATTATGCCAACCCCCTAGTGCCTAGCAGCTCGTCTCCAGCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145284 GTGGCATTATGCCAACCCCCTAGTGCCTAGCAGCTCGTCTCCAGCTAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATCCTCCAGAGCCACCGGCGAACACTGCTAGGCACAGCCTGGTGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145334 ATCCTCCAGAGCCACCGGCGAACACTGCTAGGCACAGCCTGGTGCCAAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TACGAAGGTGGGTCAGGTCTGCTCGTGGGGAAGGTGGGAGGACTGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145384 TACGAAGGTGGGTCAGGTCTGCTCGTGGGGAAGGTGGGAGGACTGCGCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GGCCGGGAGCCGAAGCAGCCATGGCGGTGGGTGGCAGATGGAGACAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145434 GGCCGGGAGCCGAAGCAGCCATGGCGGTGGGTGGCAGATGGAGACAGAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CCTCACGCTTTGGGCAAACTTGCCCTCTTTCTGCTTCTAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145484 CCTCACGCTTTGGGCAAACTTGCCCTCTTTCTGCTTCTAAG