seq1 = pF1KE3521.tfa, 1365 bp
seq2 = pF1KE3521/gi568815588f_112850757.tfa (gi568815588f:112850757_113265631), 414875 bp

>pF1KE3521 1365
>gi568815588f:112850757_113265631 (Chr10)

1-189  (100001-100189)   100% ->
190-256  (100451-100517)   100% ->
257-381  (100727-100851)   100% ->
382-483  (189269-189370)   100% ->
484-616  (290428-290560)   100% ->
617-707  (293167-293257)   100% ->
708-794  (295255-295341)   100% ->
795-920  (300242-300367)   100% ->
921-1080  (300969-301128)   100% ->
1081-1188  (301577-301684)   100% ->
1189-1237  (307265-307313)   100% ->
1238-1288  (307911-307961)   100% ->
1289-1365  (314799-314875)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCAGCTGAACGGCGGTGGAGGGGATGACCTAGGCGCCAACGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCAGCTGAACGGCGGTGGAGGGGATGACCTAGGCGCCAACGACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGATTTCCTTCAAAGACGAGGGCGAACAGGAGGAGAAGAGCTCCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGATTTCCTTCAAAGACGAGGGCGAACAGGAGGAGAAGAGCTCCGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCCTCGGCAGAGAGGGATTTAGCTGATGTCAAATCGTCTCTAGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTCCTCGGCAGAGAGGGATTTAGCTGATGTCAAATCGTCTCTAGTCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAATCAGAAACGAATCAAAACAGCTCCTCCGATTCCGAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100151 GAATCAGAAACGAATCAAAACAGCTCCTCCGATTCCGAGGTA...AAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAAAGACGGCCTCCGCCTCGCTCCGAAAGTTTCCGAGACAAATCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100453 GGAAAGACGGCCTCCGCCTCGCTCCGAAAGTTTCCGAGACAAATCCCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAGTTTGGAAGAAG         CGGCCAAGAGGCAAGATGGAGGGCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100503 AAAGTTTGGAAGAAGGTG...TAGCGGCCAAGAGGCAAGATGGAGGGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTAAGGGGCCACCGTATCCCGGCTACCCCTTCATCATGATCCCCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100753 TTTAAGGGGCCACCGTATCCCGGCTACCCCTTCATCATGATCCCCGACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACGAGCCCCTACCTCCCCAACGGATCGCTCTCGCCCACCGCCCGAACC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100803 GACGAGCCCCTACCTCCCCAACGGATCGCTCTCGCCCACCGCCCGAACCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382         TATCTCCAGATGAAATGGCCACTGCTTGATGTCCAGGCAGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100853 TA...CAGTATCTCCAGATGAAATGGCCACTGCTTGATGTCCAGGCAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCCTCCAGAGTAGACAAGCCCTCAAGGATGCCCGGTCCCCATCACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189311 AGCCTCCAGAGTAGACAAGCCCTCAAGGATGCCCGGTCCCCATCACCGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACACATTGTC         TCTAACAAAGTGCCAGTGGTGCAGCACCCTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 189361 ACACATTGTCGTA...CAGTCTAACAAAGTGCCAGTGGTGCAGCACCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCATGTCCACCCCCTCACGCCTCTTATCACGTACAGCAATGAACACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290459 ACCATGTCCACCCCCTCACGCCTCTTATCACGTACAGCAATGAACACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACGCCGGGAAACCCACCTCCACACTTACCAGCCGACGTAGACCCCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290509 ACGCCGGGAAACCCACCTCCACACTTACCAGCCGACGTAGACCCCAAAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AG         GAATCCCACGGCCTCCGCACCCTCCAGATATATCCCCGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290559 AGGTA...CAGGAATCCCACGGCCTCCGCACCCTCCAGATATATCCCCGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATTACCCACTATCGCCTGGCACCGTAGGACAAATCCCCCATCCGCTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293206 ATTACCCACTATCGCCTGGCACCGTAGGACAAATCCCCCATCCGCTAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TG         GCAAGGTCAACCAGTGTACCCAATCACGACAGGAGGATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293256 TGGTT...TAGGCAAGGTCAACCAGTGTACCCAATCACGACAGGAGGATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAGACACCCCTACCCCACAGCTCTGACCGTCAATGCTTCCATGTCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 295294 CAGACACCCCTACCCCACAGCTCTGACCGTCAATGCTTCCATGTCCAGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    795        GTTCCCTCCCCATATGGTCCCACCACATCATACGCTACACACG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295344 G...TAGGTTCCCTCCCCATATGGTCCCACCACATCATACGCTACACACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACGGGCATTCCGCATCCGGCCATAGTCACACCAACAGTCAAACAGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300285 ACGGGCATTCCGCATCCGGCCATAGTCACACCAACAGTCAAACAGGAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTCCCAGAGTGATGTCGGCTCACTCCATAGTTC         AAAGCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 300335 GTCCCAGAGTGATGTCGGCTCACTCCATAGTTCGTA...CAGAAAGCATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGACTCCAAAAAGGAAGAAGAAAAGAAGAAGCCCCACATAAAGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300977 AGGACTCCAAAAAGGAAGAAGAAAAGAAGAAGCCCCACATAAAGAAACCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTTAATGCATTCATGTTGTATATGAAGGAAATGAGAGCAAAGGTCGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301027 CTTAATGCATTCATGTTGTATATGAAGGAAATGAGAGCAAAGGTCGTAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAGTGCACGTTGAAAGAAAGCGCGGCCATCAACCAGATCCTTGGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301077 TGAGTGCACGTTGAAAGAAAGCGCGGCCATCAACCAGATCCTTGGGCGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GG         TGGCATGCACTGTCCAGAGAAGAGCAAGCGAAATACTAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301127 GGGTA...CAGTGGCATGCACTGTCCAGAGAAGAGCAAGCGAAATACTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAGCTGGCCCGGAAGGAGCGACAGCTTCATATGCAACTGTACCCCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301616 GAGCTGGCCCGGAAGGAGCGACAGCTTCATATGCAACTGTACCCCGGCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GTCCGCGCGGGATAACTAT         GGAAAGAAGAAGAAGAGGAAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 301666 GTCCGCGCGGGATAACTATGTA...TAGGGAAAGAAGAAGAAGAGGAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGGACAAGCAGCCGGGAGAGACCAATG         AACACAGCGAATGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 307287 GGGACAAGCAGCCGGGAGAGACCAATGGTA...CAGAACACAGCGAATGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTCCTAAATCCTTGCCTTTCACTTCCTCCGATTACAG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 307925 TTCCTAAATCCTTGCCTTTCACTTCCTCCGATTACAGGTG...TAGGAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AAAAAAAAGTGCGTTCGCTACATACAAGGTGAAGGCAGCTGCCTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314803 AAAAAAAAGTGCGTTCGCTACATACAAGGTGAAGGCAGCTGCCTCAGCCC

   1450     .    :    .    :
   1343 ACCCTCTTCAGATGGAAGCTTAC
        |||||||||||||||||||||||
 314853 ACCCTCTTCAGATGGAAGCTTAC