seq1 = pF1KE3514.tfa, 735 bp
seq2 = pF1KE3514/gi568815582f_1867273.tfa (gi568815582f:1867273_2068922), 201650 bp

>pF1KE3514 735
>gi568815582f:1867273_2068922 (Chr16)

1-149  (100000-100147)   99% ->
150-246  (100453-100549)   100% ->
247-735  (101162-101650)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGGCGGGTATGATCTCAACCTCTTCGCCAGCCCTCCTGACAGCAA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGGTGGCGGGTATGATCTCAACCTCTTCGCCAGCCCTCCTGACAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCGTGTGCTCCGTCTGCCATGGGGTTCTCAAGAGGCCAGCAAGGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CTTCGTGTGCTCCGTCTGCCATGGGGTTCTCAAGAGGCCAGCAAGGTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CATGCAGCCACATCTTCTGCAAAAAGTGCATCCTCCGGTGGCTAGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100099 CATGCAGCCACATCTTCTGCAAAAAGTGCATCCTCCGGTGGCTAGCCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150         ACAAAAGACCTGTCCGTGCTGTAGGAAAGAGGTGAAAAGGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 TG...CAGACAAAAGACCTGTCCGTGCTGTAGGAAAGAGGTGAAAAGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGGTTGTCCACATGAATAAACTCCGGAAAACCATTGGCCGCCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100495 AAAGGTTGTCCACATGAATAAACTCCGGAAAACCATTGGCCGCCTGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAAG         TGCAAGAACGCCGACGCTGGCTGCATAGTGACATGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100545 TCAAGGTA...CAGTGCAAGAACGCCGACGCTGGCTGCATAGTGACATGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCCTGGCCCATCGCAAGGGGCACCAGGACTCATGCCCCTTTGAGCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101198 CCCCTGGCCCATCGCAAGGGGCACCAGGACTCATGCCCCTTTGAGCTAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCCTGCCCCAACGAGGGCTGCACCTCGCAGGTGCCGCGTGGGACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101248 GGCCTGCCCCAACGAGGGCTGCACCTCGCAGGTGCCGCGTGGGACCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAGCACCGGCAGCATTGCCAGCAAGGGTCCCAGCAGCGCTGCCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101298 CAGAGCACCGGCAGCATTGCCAGCAAGGGTCCCAGCAGCGCTGCCCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCTGCGGGGCCACCCTGGACCCGGCCGAGCGTGCTCGCCACAACTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101348 GGCTGCGGGGCCACCCTGGACCCGGCCGAGCGTGCTCGCCACAACTGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCGGGAGCTGCACAACGCCTGGAGCGTGCGCCAGGAGCGCCGTCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101398 CCGGGAGCTGCACAACGCCTGGAGCGTGCGCCAGGAGCGCCGTCGGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCTGCTGTCCCTCCTGCGGCGTGTGCGCTGGCTGGACCAAGCCACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101448 TGCTGCTGTCCCTCCTGCGGCGTGTGCGCTGGCTGGACCAAGCCACCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTCGTTCGTAGAGAGCTGGCGGAGCTCAGCAACTTCCTGGAGGAAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 GTCGTTCGTAGAGAGCTGGCGGAGCTCAGCAACTTCCTGGAGGAAGACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGCTCTGCTGGAGGGTGCCCCACAGGAGGAGGCCGAGGCTGCCCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101548 CGCTCTGCTGGAGGGTGCCCCACAGGAGGAGGCCGAGGCTGCCCCAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCAACGTTGGGGCTGAGGTGGTGGGGGAGCCCAGGGCCAACATACCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101598 GCAACGTTGGGGCTGAGGTGGTGGGGGAGCCCAGGGCCAACATACCTTGT

    750 
    733 AAA
        |||
 101648 AAA