seq1 = pF1KE3512.tfa, 1836 bp
seq2 = pF1KE3512/gi568815589f_101299924.tfa (gi568815589f:101299924_101509646), 209723 bp

>pF1KE3512 1836
>gi568815589f:101299924_101509646 (Chr9)

1-33  (99234-99266)   100% ->
34-118  (100003-100087)   100% ->
119-1836  (108006-109723)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCCCCGAGCCCCCCGCCGGAGTCGAAG         GAGGAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  99234 ATGGCTTCCCCGAGCCCCCCGCCGGAGTCGAAGGTA...CAGGAGGAGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGATTATCTGGACCCAGCTCAGAGAAGCCTGTATAAAGATGTCATGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 GGATTATCTGGACCCAGCTCAGAGAAGCCTGTATAAAGATGTCATGATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAATTATGGAAACCTGGTCTCACTGG         ATGTTTTGAACAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100061 AGAATTATGGAAACCTGGTCTCACTGGGTA...CAGATGTTTTGAACAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GATAAGGATGAGGAGCCAACTGTAAAACAAGAGATTGAAGAAATTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108020 GATAAGGATGAGGAGCCAACTGTAAAACAAGAGATTGAAGAAATTGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAAGTGGAACCACAGGGTGTAATAGTTACAAGAATCAAAAGTGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108070 AGAAGTGGAACCACAGGGTGTAATAGTTACAAGAATCAAAAGTGAAATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAGGATCCTATGGGTAGAGAAACATTTGAACTTGTTGGTAGGTTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108120 ACCAGGATCCTATGGGTAGAGAAACATTTGAACTTGTTGGTAGGTTAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACAAAGAGGGATCTTCCTATGGGAAATACCAAGGGAATCTTTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108170 AAACAAAGAGGGATCTTCCTATGGGAAATACCAAGGGAATCTTTGACCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAACAGAGAATGTTCAGAGAAAACACTAACATTATCCGTAAAAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108220 GGAACAGAGAATGTTCAGAGAAAACACTAACATTATCCGTAAAAGACCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTCAGAAGAGAAATGCCATAAATGTGAAGAATGTGGAAAGGGTTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108270 ACTCAGAAGAGAAATGCCATAAATGTGAAGAATGTGGAAAGGGTTTTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGCAAGGCCCATTTCATTCAACATCAAAGGGTCCATACTGGTGAGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108320 CGCAAGGCCCATTTCATTCAACATCAAAGGGTCCATACTGGTGAGAAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTTTCAGTGCAATGAATGTGGGAAAAGTTTTAGTCGCAGTTCATTTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108370 TTTTCAGTGCAATGAATGTGGGAAAAGTTTTAGTCGCAGTTCATTTGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGAACATCAGAGAATTCACACTGGGGAAAGGCCCTATGAGTGTAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108420 TTGAACATCAGAGAATTCACACTGGGGAAAGGCCCTATGAGTGTAATTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGTGGAAAAACCTTTAGTGTGAGCTCAACCCTTATTAGACATCAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108470 TGTGGAAAAACCTTTAGTGTGAGCTCAACCCTTATTAGACATCAGAGAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCACACTGGAGAAAGACCCTATCAGTGTAATCAGTGTAAACAGAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108520 CCACACTGGAGAAAGACCCTATCAGTGTAATCAGTGTAAACAGAGCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCCAGAGAAGGAGCCTTGTTAAACATCAAAGGATTCATACAGGTGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108570 GCCAGAGAAGGAGCCTTGTTAAACATCAAAGGATTCATACAGGTGAGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCCCATAAATGTAGTGACTGTGGGAAAGCCTTCAGTTGGAAATCACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108620 CCCCATAAATGTAGTGACTGTGGGAAAGCCTTCAGTTGGAAATCACACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TATTGAGCATCAAAGAACTCACACTGGTGAGAAACCTTATCACTGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108670 TATTGAGCATCAAAGAACTCACACTGGTGAGAAACCTTATCACTGTACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AATGTAAGAAGAGCTTTAGTCGAAATTCATTGCTTGTTGAGCATCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108720 AATGTAAGAAGAGCTTTAGTCGAAATTCATTGCTTGTTGAGCATCAAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ATTCACACTGGGGAAAGACCCCATAAATGTGGTGAATGTGGGAAAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108770 ATTCACACTGGGGAAAGACCCCATAAATGTGGTGAATGTGGGAAAGCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TCGATTAAGCACATACCTTATACAACACCAAAAAATTCACACTGGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108820 TCGATTAAGCACATACCTTATACAACACCAAAAAATTCACACTGGCGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGCCTTTTCTTTGTATTGAGTGTGGAAAAAGTTTCAGTCGGAGCTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108870 AGCCTTTTCTTTGTATTGAGTGTGGAAAAAGTTTCAGTCGGAGCTCATTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTTATTGAACATCAGAGGATCCATACTGGTGAAAGACCTTATCAGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108920 CTTATTGAACATCAGAGGATCCATACTGGTGAAAGACCTTATCAGTGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AGAGTGTGGGAAAAGTTTCAGTCAGCTTTGCAACCTTACTCGTCATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108970 AGAGTGTGGGAAAAGTTTCAGTCAGCTTTGCAACCTTACTCGTCATCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GAATTCACACAGGAGACAAGCCCCATAAATGTGAGGAATGTGGAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109020 GAATTCACACAGGAGACAAGCCCCATAAATGTGAGGAATGTGGAAAAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TTTAGTAGAAGCTCAGGTCTTATTCAGCATCAGAGAATTCACACCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109070 TTTAGTAGAAGCTCAGGTCTTATTCAGCATCAGAGAATTCACACCAGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GAAGACTTATCCATACAATGAAACTAAGGAAAGTTTTGATCCAAATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109120 GAAGACTTATCCATACAATGAAACTAAGGAAAGTTTTGATCCAAATTGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GTCTTGTTATACAGCAGGAAGTCTACCCTAAGGAGAAATCTTATAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109170 GTCTTGTTATACAGCAGGAAGTCTACCCTAAGGAGAAATCTTATAAATGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GATGAATGTGGGAAAACTTTTAGTGTTAGTGCTCATCTTGTACAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109220 GATGAATGTGGGAAAACTTTTAGTGTTAGTGCTCATCTTGTACAACATCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AAGAATCCACACTGGTGAAAAGCCCTATCTATGTACTGTCTGTGGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109270 AAGAATCCACACTGGTGAAAAGCCCTATCTATGTACTGTCTGTGGGAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 GCTTCAGCCGGAGCTCATTTCTTATTGAACATCAGAGAATCCACACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109320 GCTTCAGCCGGAGCTCATTTCTTATTGAACATCAGAGAATCCACACTGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GAGAGACCCTATCTGTGCAGACAGTGTGGAAAAAGCTTTAGTCAGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109370 GAGAGACCCTATCTGTGCAGACAGTGTGGAAAAAGCTTTAGTCAGCTTTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 TAATCTTATTCGACATCAGGGTGTTCACACAGGTAATAAACCCCATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109420 TAATCTTATTCGACATCAGGGTGTTCACACAGGTAATAAACCCCATAAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 GTGATGAATGTGGAAAGGCCTTTAGCCGGAACTCGGGTCTTATTCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109470 GTGATGAATGTGGAAAGGCCTTTAGCCGGAACTCGGGTCTTATTCAGCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 CAGAGAATACACACAGGAGAGAAACCTTATAAGTGTGAGAAGTGCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109520 CAGAGAATACACACAGGAGAGAAACCTTATAAGTGTGAGAAGTGCGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 AAGTTTCAGTCAACAGCGCAGTCTTGTCAACCATCAGAAGATCCATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109570 AAGTTTCAGTCAACAGCGCAGTCTTGTCAACCATCAGAAGATCCATGCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 AGGTGAAAACCCAAGAAACCCATGAATGTGACGCTTGTGGTGAAGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109620 AGGTGAAAACCCAAGAAACCCATGAATGTGACGCTTGTGGTGAAGCCTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 AATTGCCGTATTTCTCTTATTCAGCATCAGAAATTGCACACAGCATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109670 AATTGCCGTATTTCTCTTATTCAGCATCAGAAATTGCACACAGCATGGAT

   1850 
   1833 GCAA
        ||||
 109720 GCAA