seq1 = pF1KE3509.tfa, 1740 bp
seq2 = pF1KE3509/gi568815591f_100486626.tfa (gi568815591f:100486626_100700896), 214271 bp

>pF1KE3509 1740
>gi568815591f:100486626_100700896 (Chr7)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-138  (103352-103450)   100% ->
139-322  (103549-103732)   100% ->
323-558  (105042-105277)   100% ->
559-793  (106158-106392)   100% ->
794-952  (107758-107916)   100% ->
953-1074  (108477-108598)   100% ->
1075-1206  (108950-109081)   100% ->
1207-1377  (113406-113576)   100% ->
1378-1740  (113909-114271)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGAGAAGGCGGTCCCTTTGCTAAGGAGGAGGCGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGGCGAGAAGGCGGTCCCTTTGCTAAGGAGGAGGCGGGTG...TAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAAGAGAAGCTGCCCTTCTTGTGGCTCGGAGCTTGGGGTTGAAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103354 GAAGAGAAGCTGCCCTTCTTGTGGCTCGGAGCTTGGGGTTGAAGAGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGGGAAAGGAAATCCGATTTCCATCCAGTTGTTCCCCCCAGAGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103404 GGGGGAAAGGAAATCCGATTTCCATCCAGTTGTTCCCCCCAGAGCTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       GTGGAGCATATCATCTCATTCCTCCCAGTCAGAGACCTTGTTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103454 ...CAGGTGGAGCATATCATCTCATTCCTCCCAGTCAGAGACCTTGTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTCGGCCAGACCTGCCGCTACTTCCACGAAGTGTGCGATGGGGAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103593 CCTCGGCCAGACCTGCCGCTACTTCCACGAAGTGTGCGATGGGGAAGGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTGGAGACGCATCTGTCGCAGACTCAGTCCGCGCCTCCAAGATCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103643 TGTGGAGACGCATCTGTCGCAGACTCAGTCCGCGCCTCCAAGATCAGGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTGGAGTCCGGCCCTGGAAGAGAGCTGCCATTCTGAACT         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103693 TCTGGAGTCCGGCCCTGGAAGAGAGCTGCCATTCTGAACTGTA...CAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACGAAGGGCCTGTATTTCCAGGCATTTGGAGGCCGCCGCCGATGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105043 CACGAAGGGCCTGTATTTCCAGGCATTTGGAGGCCGCCGCCGATGTCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAAGAGCGTGGCCCCCTTGCTAGCCCACGGCTACCGCCGCTTCTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105093 GCAAGAGCGTGGCCCCCTTGCTAGCCCACGGCTACCGCCGCTTCTTGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCAAGGATCACGTCTTCATTCTTGACTACGTGGGGACCCTCTTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105143 ACCAAGGATCACGTCTTCATTCTTGACTACGTGGGGACCCTCTTCTTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAAAATGCCCTGGTCTCCACCCTCGGCCAGATGCAGTGGAAGCGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105193 CAAAAATGCCCTGGTCTCCACCCTCGGCCAGATGCAGTGGAAGCGGGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTCGCTATGTTGTGTTGTGTCGTGGAGCCAAGGAT         TTTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105243 GTCGCTATGTTGTGTTGTGTCGTGGAGCCAAGGATGTG...CAGTTTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCGGACCCAAGGTGTGACACAGTTTACCGTAAATACCTCTACGTCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106164 TCGGACCCAAGGTGTGACACAGTTTACCGTAAATACCTCTACGTCTTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACTCGGGAGCCGCAGGAAGTGGTGGGTACCACCAGCAGCCGGGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106214 CACTCGGGAGCCGCAGGAAGTGGTGGGTACCACCAGCAGCCGGGCCTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTGTGTTGAGGTCTATCTGCAGTCTAGTGGGCAGCGGGTCTTCAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106264 ACTGTGTTGAGGTCTATCTGCAGTCTAGTGGGCAGCGGGTCTTCAAGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACATTCCACCACTCAATGACCTTCAAGCAGATCGTGCTGGTTGGTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106314 ACATTCCACCACTCAATGACCTTCAAGCAGATCGTGCTGGTTGGTCAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GACCCAGCGGGCTCTACTGCTCCTCACAG         AGGAAGGAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106364 GACCCAGCGGGCTCTACTGCTCCTCACAGGTG...CAGAGGAAGGAAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCTACTCTTTGGTAGTGAATGAGACCCAGCTTGACCAGCCACGCTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107770 TCTACTCTTTGGTAGTGAATGAGACCCAGCTTGACCAGCCACGCTCCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACGGTTCAGCTGGCCCTGAGGAAGGTGTCCCACTACCTGCCTCACCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107820 ACGGTTCAGCTGGCCCTGAGGAAGGTGTCCCACTACCTGCCTCACCTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CGTGGCCTGCATGACTTCCAACCAGAGCAGCACCCTCTACGTCACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107870 CGTGGCCTGCATGACTTCCAACCAGAGCAGCACCCTCTACGTCACAGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953       ACCAGGGGGGAGTGTATTTTGAGGTGCATACCCCAGGGGTGTAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107920 ...CAGACCAGGGGGGAGTGTATTTTGAGGTGCATACCCCAGGGGTGTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGCGATCTCTTTGGGACCCTTCAAGCCTTTGACCCCCTGGACCAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108521 CGCGATCTCTTTGGGACCCTTCAAGCCTTTGACCCCCTGGACCAGCAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCCGCTTGCTCTCTCACTGCCTGCCAAG         ATCCTATTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108571 GCCGCTTGCTCTCTCACTGCCTGCCAAGGTA...TAGATCCTATTCTGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTCTTGGCTACAACCACCTTGGCCTGGTGGATGAATTTGGCCGAATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108963 CTCTTGGCTACAACCACCTTGGCCTGGTGGATGAATTTGGCCGAATCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATGCAAGGAAATAACAGATACGGGCAGCTAGGAACAGGGGACAAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109013 ATGCAAGGAAATAACAGATACGGGCAGCTAGGAACAGGGGACAAAATGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCGAGGGGAACCCACACAG         GTTTGTTACCTGCAGCGGCCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109063 CCGAGGGGAACCCACACAGGTG...CAGGTTTGTTACCTGCAGCGGCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCACCCTGTGGTGCGGCCTCAACCACTCCCTGGTGCTGAGCCAGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113428 TCACCCTGTGGTGCGGCCTCAACCACTCCCTGGTGCTGAGCCAGAGCTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GAGTTCAGCAAGGAGCTGCTGGGCTGCGGCTGTGGGGCTGGGGGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113478 GAGTTCAGCAAGGAGCTGCTGGGCTGCGGCTGTGGGGCTGGGGGCCGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCCAGGCTGGCCCAAGGGGAGTGCCTCCTTCGTCAAGCTCCAAGTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113528 CCCAGGCTGGCCCAAGGGGAGTGCCTCCTTCGTCAAGCTCCAAGTCAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1378         GTCCCTCTGTGTGCCTGTGCCCTCTGTGCCACCAGGGAGTGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113578 TC...AAGGTCCCTCTGTGTGCCTGTGCCCTCTGTGCCACCAGGGAGTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CTATACATCCTGTCCAGCCACGACATTGAGCAGCACGCCCCCTATCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113951 CTATACATCCTGTCCAGCCACGACATTGAGCAGCACGCCCCCTATCGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCTGCCAGCCAGCAGGGTGGTGGGGACTCCTGAGCCCAGCCTGGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114001 CCTGCCAGCCAGCAGGGTGGTGGGGACTCCTGAGCCCAGCCTGGGGGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GAGCACCCCAGGACCCCGGGGGGATGGCCCAGGCCTGCGAGGAGTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114051 GAGCACCCCAGGACCCCGGGGGGATGGCCCAGGCCTGCGAGGAGTACCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AGCCAGATCCACAGTTGCCAAACGTTGCAGGACCGCACGGAGAAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114101 AGCCAGATCCACAGTTGCCAAACGTTGCAGGACCGCACGGAGAAGATGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GGAGATCGTAGGGTGGATGCCCCTGATGGCCGCACAGAAGGACTTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114151 GGAGATCGTAGGGTGGATGCCCCTGATGGCCGCACAGAAGGACTTCTTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GGGAGGCCCTGGACATGCTGCAGAGGGCTGAAGGAGGCGGGGGTGGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114201 GGGAGGCCCTGGACATGCTGCAGAGGGCTGAAGGAGGCGGGGGTGGTGTA

   1800     .    :    .    :
   1720 GGGCCCCCAGCCCCTGAGACC
        |||||||||||||||||||||
 114251 GGGCCCCCAGCCCCTGAGACC