seq1 = pF1KE3508.tfa, 2109 bp
seq2 = pF1KE3508/gi568815589r_127638749.tfa (gi568815589r:127638749_127871229), 232481 bp

>pF1KE3508 2109
>gi568815589r:127638749_127871229 (Chr9)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ==
83-213  (119928-120058)   100% ->
214-668  (121565-122019)   100% ->
669-793  (123959-124083)   100% ->
794-1329  (126131-126666)   100% ->
1330-1445  (128266-128381)   100% ->
1446-1617  (129271-129442)   99% ->
1618-1729  (130861-130972)   100% ->
1730-1936  (131342-131548)   100% ->
1937-2109  (132309-132481)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .
      1 ATGACTGCTGTGGGCCGAAGGTGCCCCGCGCTGGGGTCCCGAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGCTGTGGGCCGAAGGTGCCCCGCGCTGGGGTCCCGAGGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AGTTCTCCAAGGAGAAGTACATCCTGGACTCATCGCCAGAGAAACTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119928 AGTTCTCCAAGGAGAAGTACATCCTGGACTCATCGCCAGAGAAACTCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGGAATTGGAGGAGGAGCTCAAACTCAGCAGCACGGATCTCCGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119978 AAGGAATTGGAGGAGGAGCTCAAACTCAGCAGCACGGATCTCCGCAGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCCTGGTACCATGGCCGCATCCCCCGAGAG         GTCTCGGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120028 TGCCTGGTACCATGGCCGCATCCCCCGAGAGGTG...CAGGTCTCGGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCTTGGTACAACGCAACGGCGACTTCCTCATCCGGGACTCACTCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121575 CCTTGGTACAACGCAACGGCGACTTCCTCATCCGGGACTCACTCACCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGGGCGACTATGTGCTCACGTGCCGCTGGCGCAACCAGGCCTTGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121625 CTGGGCGACTATGTGCTCACGTGCCGCTGGCGCAACCAGGCCTTGCACTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAGATCAACAAGGTGGTGGTGAAGGCAGGCGAGAGCTACACACACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121675 CAAGATCAACAAGGTGGTGGTGAAGGCAGGCGAGAGCTACACACACATCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTACCTGTTTGAGCAGGAGAGCTTTGACCACGTGCCCGCCCTCGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121725 AGTACCTGTTTGAGCAGGAGAGCTTTGACCACGTGCCCGCCCTCGTGCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATCATGTGGGCAGCCGCAAGGCTGTGTCAGAGCAGAGTGGTGCCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121775 TATCATGTGGGCAGCCGCAAGGCTGTGTCAGAGCAGAGTGGTGCCATCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTACTGCCCGGTGAACCGCACCTTCCCACTGCGCTACCTCGAGGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121825 CTACTGCCCGGTGAACCGCACCTTCCCACTGCGCTACCTCGAGGCCAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGGCCTGGGACAGGGGAGTAGCAAGCCTGCTAGCCCCGTCAGCCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121875 ATGGCCTGGGACAGGGGAGTAGCAAGCCTGCTAGCCCCGTCAGCCCCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCCCCAAGGGCAGCCACATGAAGCGGCGCAGCGTCACCATGACCGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121925 GGCCCCAAGGGCAGCCACATGAAGCGGCGCAGCGTCACCATGACCGATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCTCACTGCTGACAAGGTCACCCGCAGCGATGGCTGCCCCACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121975 GCTCACTGCTGACAAGGTCACCCGCAGCGATGGCTGCCCCACCAGGTC..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    669     TACGTCGCTGCCCCGCCCTCGGGACTCCATCCGCAGCTGTGCCCTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122025 .CAGTACGTCGCTGCCCCGCCCTCGGGACTCCATCCGCAGCTGTGCCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGCATGGACCAGATCCCAGACCTGCACTCACCCATGTCGCCCATCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124005 AGCATGGACCAGATCCCAGACCTGCACTCACCCATGTCGCCCATCTCCGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAGCCCTAGCTCCCCTGCCTACAGCACTG         TAACCCGTGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 124055 GAGCCCTAGCTCCCCTGCCTACAGCACTGGTA...CAGTAACCCGTGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGCCGCCCCTGCAGCCCCTTCTGCCACAGCATTGCCTGCCTCCCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126143 ATGCCGCCCCTGCAGCCCCTTCTGCCACAGCATTGCCTGCCTCCCCTGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCCGCCGTTCCAGTGAGCCCCAGCTGTGTCCCGGAAGTGCCCCAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126193 GCCCGCCGTTCCAGTGAGCCCCAGCTGTGTCCCGGAAGTGCCCCAAAGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCATGGGGAGTCAGACAAGGGCCCCCACACCAGCCCCTCCCACACCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126243 CCATGGGGAGTCAGACAAGGGCCCCCACACCAGCCCCTCCCACACCCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCAAGGCCTCCCCGTCACCATCACTCAGCAGCTACAGTGACCCGGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126293 GCAAGGCCTCCCCGTCACCATCACTCAGCAGCTACAGTGACCCGGACTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GGCCACTACTGCCAGCTCCAGCCTCCCGTGCGTGGCAGCCGAGAGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126343 GGCCACTACTGCCAGCTCCAGCCTCCCGTGCGTGGCAGCCGAGAGTGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGCGACTGAGACCTCCAGCCAGCAGGCCAGGAGCTATGGGGAGAGGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126393 AGCGACTGAGACCTCCAGCCAGCAGGCCAGGAGCTATGGGGAGAGGCTAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGGAACTGTCAGAAAATGGGGCCCCTGAAGGGGACTGGGGCAAGACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126443 AGGAACTGTCAGAAAATGGGGCCCCTGAAGGGGACTGGGGCAAGACCTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ACAGTCCCCATCGTGGAAGTCACTTCTTCCTTCAACCCGGCCACCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126493 ACAGTCCCCATCGTGGAAGTCACTTCTTCCTTCAACCCGGCCACCTTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GTCACTACTGATCCCCAGGGATAACCGGCCACTGGAGGTGGGCCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126543 GTCACTACTGATCCCCAGGGATAACCGGCCACTGGAGGTGGGCCTTCTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GCAAGGTCAAGGAGCTGCTGGCAGAAGTGGATGCCCGGACGCTGGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126593 GCAAGGTCAAGGAGCTGCTGGCAGAAGTGGATGCCCGGACGCTGGCCCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CATGTCACCAAGGTGGACTGCCTG         GTTGCTAGGATACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 126643 CATGTCACCAAGGTGGACTGCCTGGTA...CAGGTTGCTAGGATACTGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CGTTACCAAGGAGATGCAGACCCTAATGGGAGTCCGCTGGGGCATGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128283 CGTTACCAAGGAGATGCAGACCCTAATGGGAGTCCGCTGGGGCATGGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TGCTCACCCTCCCCCATGGCCGGCAGCTACGCCTAGACCTGCTGGAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 128333 TGCTCACCCTCCCCCATGGCCGGCAGCTACGCCTAGACCTGCTGGAAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1446         GTTCCACACCATGTCCATCATGCTGGCCGTGGACATCCTGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128383 TG...CAGGTTCCACACCATGTCCATCATGCTGGCCGTGGACATCCTGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CTGCACCGGCTCTGCGGAGGAGCGGGCAGCGCTGCTGCACAAGACCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129313 CTGCACCGGCTCTGCGGAGGAGCGGGCAGCGCTGCTGCACAAGACCATTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 AGCTGGCGGCCGAGCTGCGGGGGACTATGGGCAACATGTTCAGCTTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129363 AGCTGGCGGCCGAGCTGCGGGGGACTATGGGCAACATGTTCAGCTTCGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GCGGTCATGGGTGCCCTGGACATGGCTCAG         ATTTCTCGGCT
        |||||||||||||||||||||||||| |||>>>...>>>|||||||||||
 129413 GCGGTCATGGGTGCCCTGGACATGGCCCAGGTA...CAGATTTCTCGGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GGAGCAGACATGGGTGACCCTGCGGCAGCGACACACAGAGGGTGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130872 GGAGCAGACATGGGTGACCCTGCGGCAGCGACACACAGAGGGTGCCATCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TGTACGAGAAGAAGCTCAAGCCTTTTCTCAAGAGCCTCAACGAGGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130922 TGTACGAGAAGAAGCTCAAGCCTTTTCTCAAGAGCCTCAACGAGGGCAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 G         AAGGCCCGCCGCTGAGCAACACCACGTTTCCTCATGTGCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130972 GGTA...CAGAAGGCCCGCCGCTGAGCAACACCACGTTTCCTCATGTGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GCCCCTCATCACCCTGCTGGAGTGTGACTCGGCCCCACCAGAGGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131382 GCCCCTCATCACCCTGCTGGAGTGTGACTCGGCCCCACCAGAGGGCCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGCCCTGGGGCAGCACGGAGCACGGCGTGGAGGTGGTGCTGGCTCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131432 AGCCCTGGGGCAGCACGGAGCACGGCGTGGAGGTGGTGCTGGCTCACCTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GAGGCCGCCCGCACAGTGGCACACCACGGAGGCCTGTACCACACCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131482 GAGGCCGCCCGCACAGTGGCACACCACGGAGGCCTGTACCACACCAATGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TGAAGTCAAGCTGCAGG         GGTTCCAGGCCCGGCCGGAGCTCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 131532 TGAAGTCAAGCTGCAGGGTG...CAGGGTTCCAGGCCCGGCCGGAGCTCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 TGGAGGTGTTCAGCACGGAGTTCCAGATGCGCCTTCTCTGGGGCAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132333 TGGAGGTGTTCAGCACGGAGTTCCAGATGCGCCTTCTCTGGGGCAGTCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GGTGCCAGCAGCAGCCAGGCCCGGCGCTATGAGAAGTTCGACAAGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132383 GGTGCCAGCAGCAGCCAGGCCCGGCGCTATGAGAAGTTCGACAAGGTCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2061 CACTGCCCTGTCCCACAAGCTGGAACCTGCTGTCCGCTCCAGCGAGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132433 CACTGCCCTGTCCCACAAGCTGGAACCTGCTGTCCGCTCCAGCGAGCTG