seq1 = pF1KE3504.tfa, 2589 bp
seq2 = pF1KE3504/gi568815595f_179553226.tfa (gi568815595f:179553226_179884138), 330913 bp

>pF1KE3504 2589
>gi568815595f:179553226_179884138 (Chr3)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-294  (128653-128778)   100% ->
295-355  (137016-137076)   100% ->
356-477  (147783-147904)   100% ->
478-620  (153709-153851)   100% ->
621-805  (155548-155732)   100% ->
806-900  (166715-166809)   100% ->
901-1088  (168177-168364)   100% ->
1089-1160  (176964-177035)   100% ->
1161-1254  (177391-177484)   100% ->
1255-1380  (187022-187147)   100% ->
1381-1534  (188972-189125)   100% ->
1535-1709  (191818-191992)   100% ->
1710-1798  (199060-199148)   100% ->
1799-1921  (201507-201629)   100% ->
1922-1948  (203827-203853)   100% ->
1949-2092  (207887-208030)   100% ->
2093-2259  (210777-210943)   100% ->
2260-2413  (212470-212623)   100% ->
2414-2498  (228514-228598)   100% ->
2499-2589  (230823-230913)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCGCCGGGGCGCCCTGTTCGGCATGCCGGGCGGCAGCGGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCGCCGGGGCGCCCTGTTCGGCATGCCGGGCGGCAGCGGAGGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGATGGCTGCAGGAGACATCGGCGAGCTGCTAGTGCCCCACATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGATGGCTGCAGGAGACATCGGCGAGCTGCTAGTGCCCCACATGCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGATCCGCGTGCCCAGGTCCGGCGACAGGGTCTACAAGAACGAGTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGATCCGCGTGCCCAGGTCCGGCGACAGGGTCTACAAGAACGAGTGCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTCCTACGACTCTCCC         AATTCTGAAGGTGGACTCTATGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 TTCTCCTACGACTCTCCCGTA...TAGAATTCTGAAGGTGGACTCTATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGCATGAATACATTTTTGGCCTTTGGAAGGGAACATGTTGAAAGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128676 ATGCATGAATACATTTTTGGCCTTTGGAAGGGAACATGTTGAAAGACATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCGAAAAACTGGACAGAGTGTATACATGCACCTGAAAAGACATGTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128726 TTCGAAAAACTGGACAGAGTGTATACATGCACCTGAAAAGACATGTGCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAG         AAGGTAAGAGGGGCGTCTGGTGGAGCGTTACCAAAAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128776 GAGGTG...CAGAAGGTAAGAGGGGCGTCTGGTGGAGCGTTACCAAAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGGAATTCCAAGATTTTTTTAG         ATCTAGATACTGATGACG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 137054 GAGGAATTCCAAGATTTTTTTAGGTA...CAGATCTAGATACTGATGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTTAAATAGCGACGATTATGAATATGAAGATGAAGCCAAACTTGTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147801 ATTTAAATAGCGACGATTATGAATATGAAGATGAAGCCAAACTTGTTATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCCCAGATCACTATGAAATAGCACTACCAAATATTGAGGAGTTACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147851 TTCCCAGATCACTATGAAATAGCACTACCAAATATTGAGGAGTTACCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTG         GTAACAATTGCTTGTGATGCAGTTCTCAGCTCAAAAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147901 CCTGGTC...TAGGTAACAATTGCTTGTGATGCAGTTCTCAGCTCAAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCCATACAGAAAGCAGGACCCAGACACGTGGGAAAATGAATTGCCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153746 CTCCATACAGAAAGCAGGACCCAGACACGTGGGAAAATGAATTGCCAGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTAAATATGCCAACAACCTCACCCAGCTGGACAATGGAGTCAGGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153796 TCTAAATATGCCAACAACCTCACCCAGCTGGACAATGGAGTCAGGATTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCAAG         TGGTTGGAAGTGTGCCAGATGCGACCTGCGAGAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153846 TCCAAGGTG...CAGTGGTTGGAAGTGTGCCAGATGCGACCTGCGAGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCTCTGGTTGAATCTGACTGACGGCTCTGTCCTGTGTGGAAAGTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155583 ACCTCTGGTTGAATCTGACTGACGGCTCTGTCCTGTGTGGAAAGTGGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTTGACAGCTCTGGGGGCAACGGGCATGCGCTGGAGCATTACAGAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155633 TTTGACAGCTCTGGGGGCAACGGGCATGCGCTGGAGCATTACAGAGACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGGCTACCCACTAGCCGTGAAACTGGGAACCATCACTCCTGACGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155683 GGGCTACCCACTAGCCGTGAAACTGGGAACCATCACTCCTGACGGGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806          ATGTTTATTCTTTTCAAGAAGAAGAACCTGTTTTGGATCCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155733 GTG...TAGATGTTTATTCTTTTCAAGAAGAAGAACCTGTTTTGGATCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CATTTGGCCAAGCACTTAGCGCATTTTGGAATTGATATGCTTCATATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166756 CATTTGGCCAAGCACTTAGCGCATTTTGGAATTGATATGCTTCATATGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGGG         ACAGAGAATGGGCTCCAGGACAATGACATCAAGCTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166806 TGGGGTG...CAGACAGAGAATGGGCTCCAGGACAATGACATCAAGCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGGTCAGTGAGTGGGAAGTGATCCAGGAGTCGGGCACGAAACTGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168214 GGGTCAGTGAGTGGGAAGTGATCCAGGAGTCGGGCACGAAACTGAAGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATGTATGGTCCTGGCTACACGGGTCTGAAGAACCTGGGCAACAGCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168264 ATGTATGGTCCTGGCTACACGGGTCTGAAGAACCTGGGCAACAGCTGCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCTCAGCTCTGTCATGCAGGCCATCTTCAGCATCCCAGAATTCCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168314 TCTCAGCTCTGTCATGCAGGCCATCTTCAGCATCCCAGAATTCCAGAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 C         GTATGTAGGAAACCTTCCCAGAATATTTGACTACTCGCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168364 CGTA...TAGGTATGTAGGAAACCTTCCCAGAATATTTGACTACTCGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTAGATCCAACACAAGATTTCAACACACAGAT         GACTAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 177004 TTAGATCCAACACAAGATTTCAACACACAGATGTA...CAGGACTAAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGGACATGGCCTTCTCTCAGGCCAGTATTCAAAGCCTCCGGTGAAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177400 AGGACATGGCCTTCTCTCAGGCCAGTATTCAAAGCCTCCGGTGAAATCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AACTCATTGAACAGGTGATGAAGGAGGAGCACAAG         CCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 177450 AACTCATTGAACAGGTGATGAAGGAGGAGCACAAGGTA...TAGCCACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CAGAACGGGATCTCTCCGCGCATGTTTAAGGCCTTTGTAAGCAAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187028 CAGAACGGGATCTCTCCGCGCATGTTTAAGGCCTTTGTAAGCAAGAGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCCGGAATTCTCCTCTAACAGGCAGCAAGATGCCCAGGAATTCTTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187078 CCCGGAATTCTCCTCTAACAGGCAGCAAGATGCCCAGGAATTCTTCTTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACCTGGTGAATCTAGTAGAG         AGGAACCGCATCGGCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 187128 ACCTGGTGAATCTAGTAGAGGTG...CAGAGGAACCGCATCGGCTCAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AACCCAAGCGATGTTTTTCGTTTTTTGGTGGAAGAACGCATTCAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188993 AACCCAAGCGATGTTTTTCGTTTTTTGGTGGAAGAACGCATTCAGTGCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TCAGACCCGGAAAGTCCGCTACACGGAGAGGGTGGATTACCTGATGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189043 TCAGACCCGGAAAGTCCGCTACACGGAGAGGGTGGATTACCTGATGCAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TACCTGTGGCCATGGAGGCGGCAACCAACAAGG         ATGAACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 189093 TACCTGTGGCCATGGAGGCGGCAACCAACAAGGGTA...CAGATGAACTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ATCGCTTATGAACTAACGAGAAGGGAAGCAGAAGCAAACAGAAGACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191826 ATCGCTTATGAACTAACGAGAAGGGAAGCAGAAGCAAACAGAAGACCCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TCCTGAGTTGGTACGTGCCAAGATACCATTTAGTGCCTGCCTTCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191876 TCCTGAGTTGGTACGTGCCAAGATACCATTTAGTGCCTGCCTTCAGGCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCTCTGAACCAGAAAATGTTGATGATTTCTGGAGCAGTGCCCTACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191926 TCTCTGAACCAGAAAATGTTGATGATTTCTGGAGCAGTGCCCTACAAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AAGTCTGCGGGTGTGAA         AACATCTCGCTTTGCTTCATTCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 191976 AAGTCTGCGGGTGTGAAGTA...CAGAACATCTCGCTTTGCTTCATTCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGAATACTTGGTAGTGCAGATAAAGAAGTTCACTTTTGGTCTTGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199084 TGAATACTTGGTAGTGCAGATAAAGAAGTTCACTTTTGGTCTTGACTGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TTCCCAAAAAATTTG         ATGTTTCTATTGATATGCCAGACCTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 199134 TTCCCAAAAAATTTGGTA...CAGATGTTTCTATTGATATGCCAGACCTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CTTGATATCAACCATCTCCGAGCCAGGGGGTTACAGCCAGGAGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201533 CTTGATATCAACCATCTCCGAGCCAGGGGGTTACAGCCAGGAGAGGAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 ACTTCCAGACATCAGCCCCCCCATAGTCATTCCTGATGACTCAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 201583 ACTTCCAGACATCAGCCCCCCCATAGTCATTCCTGATGACTCAAAAGGTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1922       ATCGCCTGATGAACCAATTGATAGACC         CATCAGAC
        ...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 201633 ...CAGATCGCCTGATGAACCAATTGATAGACCGTA...TAGCATCAGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 ATCGATGAGTCATCAGTGATGCAGCTGGCCGAGATGGGTTTCCCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207895 ATCGATGAGTCATCAGTGATGCAGCTGGCCGAGATGGGTTTCCCGCTGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 AGCATGTCGCAAGGCTGTGTACTTCACTGGAAATATGGGCGCCGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207945 AGCATGTCGCAAGGCTGTGTACTTCACTGGAAATATGGGCGCCGAGGTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CCTTCAACTGGATCATTGTTCACATGGAAGAGCCAG         ATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 207995 CCTTCAACTGGATCATTGTTCACATGGAAGAGCCAGGTA...CAGATTTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GCTGAGCCGCTGACCATGCCTGGTTATGGAGGGGCAGCTTCTGCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210782 GCTGAGCCGCTGACCATGCCTGGTTATGGAGGGGCAGCTTCTGCTGGAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CTCTGTTTTTGGTGCTTCTGGACTGGATAACCAACCTCCAGAGGAAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210832 CTCTGTTTTTGGTGCTTCTGGACTGGATAACCAACCTCCAGAGGAAATCG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TAGCTATCATCACCTCCATGGGATTTCAGCGAAATCAGGCTATTCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210882 TAGCTATCATCACCTCCATGGGATTTCAGCGAAATCAGGCTATTCAGGCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 CTACGAGCAACG         AATAATAACCTGGAAAGAGCACTGGATTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 210932 CTACGAGCAACGGTG...TAGAATAATAACCTGGAAAGAGCACTGGATTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 GATCTTTAGCCACCCTGAGTTTGAAGAAGACAGTGATTTTGTGATTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212499 GATCTTTAGCCACCCTGAGTTTGAAGAAGACAGTGATTTTGTGATTGAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 TGGAGAATAATGCCAATGCAAACATTATTTCTGAGGCCAAGCCCGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212549 TGGAGAATAATGCCAATGCAAACATTATTTCTGAGGCCAAGCCCGAAGGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 CCTAGAGTCAAGGATGGATCTGGAA         CATATGAGCTATTTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 212599 CCTAGAGTCAAGGATGGATCTGGAAGTA...CAGCATATGAGCTATTTGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 ATTCATCAGTCACATGGGAACATCCACAATGAGTGGTCATTACATTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228530 ATTCATCAGTCACATGGGAACATCCACAATGAGTGGTCATTACATTTGCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 ATATCAAAAAGGAAGGAAG         ATGGGTGATTTACAATGACCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 228580 ATATCAAAAAGGAAGGAAGGTG...CAGATGGGTGATTTACAATGACCAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 AAAGTTTGTGCCTCAGAAAGGCCCCCTAAAGACCTGGGCTACATGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230845 AAAGTTTGTGCCTCAGAAAGGCCCCCTAAAGACCTGGGCTACATGTACTT

   2750     .    :    .
   2571 TTACCGCAGGATACCAAGC
        |||||||||||||||||||
 230895 TTACCGCAGGATACCAAGC