seq1 = pF1KE3446.tfa, 1161 bp
seq2 = pF1KE3446/gi568815586r_122703284.tfa (gi568815586r:122703284_122816737), 113454 bp

>pF1KE3446 1161
>gi568815586r:122703284_122816737 (Chr12)

(complement)

1-1161  (100001-101161)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCGGCACCATCTGCAGGATCACTTTCTGGAAATAGACAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCGGCACCATCTGCAGGATCACTTTCTGGAAATAGACAAGAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCTGTGTGTTCCGAGATGACTTCATTGCCAAGGTGTTGCCGCCGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCTGTGTGTTCCGAGATGACTTCATTGCCAAGGTGTTGCCGCCGGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGGCTGGAGTTTATCTTTGGGCTTCTGGGCAATGGCCTTGCCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGGCTGGAGTTTATCTTTGGGCTTCTGGGCAATGGCCTTGCCCTGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTTTCTGTTTCCACCTCAAGTCCTGGAAATCCAGCCGGATTTTCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTTTCTGTTTCCACCTCAAGTCCTGGAAATCCAGCCGGATTTTCCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACCTGGCAGTAGCTGACTTTCTACTGATCATCTGCCTGCCGTTCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACCTGGCAGTAGCTGACTTTCTACTGATCATCTGCCTGCCGTTCGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGACTACTATGTGCGGCGTTCAGACTGGAAGTTTGGGGACATCCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGACTACTATGTGCGGCGTTCAGACTGGAAGTTTGGGGACATCCCTTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGGCTGGTGCTCTTCATGTTTGCCATGAACCGCCAGGGCAGCATCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100301 CGGCTGGTGCTCTTCATGTTTGCCATGAACCGCCAGGGCAGCATCATATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTCACGGTGGTGGCGGTAGACAGGTATTTCCGGGTGGTCCATCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTCACGGTGGTGGCGGTAGACAGGTATTTCCGGGTGGTCCATCCCCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGCCCTGAACAAGATCTCCAATTGGACAGCAGCCATCATCTCTTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGCCCTGAACAAGATCTCCAATTGGACAGCAGCCATCATCTCTTGCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGTGGGGCATCACTGTTGGCCTAACAGTCCACCTCCTGAAGAAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGTGGGGCATCACTGTTGGCCTAACAGTCCACCTCCTGAAGAAGAAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGATCCAGAATGGCCCTGCAAATGTGTGCATCAGCTTCAGCATCTGCC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTGATCCAGAATGGCACTGCAAATGTGTGCATCAGCTTCAGCATCTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATACCTTCCGGTGGCACGAAGCTATGTTCCTCCTGGAGTTCCTCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100551 ATACCTTCCGGTGGCACGAAGCTATGTTCCTCCTGGAGTTCTTCCTGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGGGCATCATCCTGTTCTGCTCAGCCAGAATTATCTGGAGCCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGGGCATCATCCTGTTCTGCTCAGCCAGAATTATCTGGAGCCTGCGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAGACAAATGGACCGGCATGCCAAGATCAAGAGAGCCATCACCTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAGACAAATGGACCGGCATGCCAAGATCAAGAGAGCCATCACCTTCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGTGGTGGCCATCGTCTTTGTCATCTGCTTCCTTCCCAGCGTGGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGTGGTGGCCATCGTCTTTGTCATCTGCTTCCTTCCCAGCGTGGTTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGGATCCGCATCTTCTGGCTCCTGCACACTTCGGGCACGCAGAATTGTGA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGGATCCACATCTTCTGGCTCCTGCACACTTCGGGCACGCAGAATTGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGTGTACCGCTCGGTGGACCTGGCGTTCTTTATCACTCTCAGCTTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGTGTACCGCTCGGTGGACCTGGCGTTCTTTATCACTCTCAGCTTCACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACATGAACAGCATGCTGGACCCCGTGGTGTACTACTTCTCCAGCCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACATGAACAGCATGCTGGACCCCGTGGTGTACTACTTCTCCAGCCCATCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTTCCCAACTTCTTCTCCACTTTGATCAACCGCTGCCTCCAGAGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTTCCCAACTTCTTCTCCACTTTGATCAACCGCTGCCTCCAGAGGAAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GACAGGTGAGCCAGATAATAACCGCAGCACGAGCGTCGAGCTCACAGGGG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AACAGGTGAGCCAGATAATAACCGCAGCACGAGCGTCGAGCTCACAGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACCCCAACAAAACCAGAGGCGCTCCAGAGGCGTTAATGGCCAACTCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 101001 ACCCCAACAAAACCAGAGGCGCTCCAGAGGCGTTAATCGCCAACTCCGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAGCCATGGAGCCCCTCTTATCTGGGCCCAACCTCAAATAACCATTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAGCCATGGAGCCCCTCTTATCTGGGCCCAACCTCAAATAACCATTCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GAAGGGACATTGTCACCAAGAACCAGCATCTCTGGAGAAACAGTTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GAAGGGACATTGTCACCAAGAACCAGCATCTCTGGAGAAACAGTTGGGCT

   1150     .    :
   1151 GTTGCATCGAG
        |||||||||||
 101151 GTTGCATCGAG