seq1 = pF1KE3446.tfa, 1161 bp
seq2 = pF1KE3446/gi568815586r_122602118.tfa (gi568815586r:122602118_122715576), 113459 bp

>pF1KE3446 1161
>gi568815586r:122602118_122715576 (Chr12)

(complement)

1-1161  (12294-13459)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCGGCACCATCTGCAGGATCACTTTCTGGAAATAGACAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12294 ATGAATCGGCACCATCTGCAGGATCACTTTCTGGAAATAGACAAGAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCTGTGTGTTCCGAGATGACTTCATTGCCAAGGTGTTGCCGCCGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  12344 CTGCTGTGTGTTCCGAGATGACTTCATTGTCAAGGTGTTGCCGCCGGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGGCTGGAGTTTATCTTTGGGCTTCTGGGCAATGGCCTTGCCCTGTGG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
  12394 TGGGGCTGGAGTTTATCTTCGGGCTTCTGGGCAATGGCCTTGCCCTGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTTTCTGTTTCCACCTCAAGTCCTGGAAATCCAGCCGGATTTTCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12444 ATTTTCTGTTTCCACCTCAAGTCCTGGAAATCCAGCCGGATTTTCCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACCTGGCAGTAGCTGACTTTCTACTGATCATCTGCCTGCCGTTCGTGA
        |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
  12494 CAACCTGGCAGTGGCTGACTTTCTACTGATCATCTGCCTGCCCTTCCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGACTACTATGTGCGGCGTTCAGACTGGAAGTTTGGGGACATCCCTTGC
        ||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||
  12544 TGGACAACTATGTGAGGCGTTGGGACTGGAAGTTTGGGGACATCCCTTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGGCTGGTGCTCTTCATGTTTGCCATGAACCGCCAGGGCAGCATCATCTT
        |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
  12594 CGGCTGATGCTCTTCATGTTGGCTATGAACCGCCAGGGCAGCATCATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTCACGGTGGTGGCGGTAGACAGGTATTTCCGGGTGGTCCATCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12644 CCTCACGGTGGTGGCGGTAGACAGGTATTTCCGGGTGGTCCATCCCCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGCCCTGAACAAGATCTCCAATTGGACAGCAGCCATCATCTCTTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  12694 ACGCCCTGAACAAGATCTCCAATCGGACAGCAGCCATCATCTCTTGCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGTGGGGCATCACTGTTGGCCTAACAGTCCACCTCCTGAAGAAGAAGTT
        ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |
  12744 CTGTGGGGCATCACTATTGGCCTGACAGTCCACCTCCTGAAGAAGAAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGATCCAGAATGGCCCTGCAAATGTGTGCATCAGCTTCAGCATCTGCC
        || |||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||
  12794 GCCGATCCAGAATGGCGGTGCAAATTTGTGCAGCAGCTTCAGCATCTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATACCTTCCGGTGGCACGAAGCTATGTTCCTCCTGGAGTTCCTCCTGCCC
        ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
  12844 ATACCTTCCAGTGGCACGAAGCCATGTTCCTCCTGGAGTTCTTCCTGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGGGCATCATCCTGTTCTGCTCAGCCAGAATTATCTGGAGCCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12894 CTGGGCATCATCCTGTTCTGCTCAGCCAGAATTATCTGGAGCCTGCGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAGACAAATGGACCGGCATGCCAAGATCAAGAGAGCCATCACCTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12944 GAGACAAATGGACCGGCATGCCAAGATCAAGAGAGCCATCACCTTCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGTGGTGGCCATCGTCTTTGTCATCTGCTTCCTTCCCAGCGTGGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12994 TGGTGGTGGCCATCGTCTTTGTCATCTGCTTCCTTCCCAGCGTGGTTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGGATCCGCATCTTCTGGCTCCTGCACACTTCGGGCACGCAGAATTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  13044 CGGATCCGCATCTTCTGGCTCCTGCACACTTCGGGCACGCAGAATTGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGTGTACCGCTCGGTGGACCTGGCGTTCTTTATCACTCTCAGCTTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  13094 AGTGTACCGCTCGGTGGACCTGGCGTTCTTTATCACTCTCAGCTTCACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACATGAACAGCATGCTGGACCCCGTGGTGTACTACTTCTCCAGCCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  13144 ACATGAACAGCATGCTGGACCCCGTGGTGTACTACTTCTCCAGCCCATCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTTCCCAACTTCTTCTCCACTTTGATCAACCGCTGCCTCCAGAGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  13194 TTTCCCAACTTCTTCTCCACTTTGATCAACCGCTGCCTCCAGAGGAAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GACAGGTGAGCCAGATAATAACCGCAGCACGAGCGTCGAGCTCACAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  13244 GACAGGTGAGCCAGATAATAACCGCAGCACGAGCGTCGAGCTCACAGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACCCCAACAAAACCAGAGGCGCTCCAGAGGCGTTAATGGCCAACTCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  13294 ACCCCAACAAAACCAGAGGCGCTCCAGAGGCGTTAATGGCCAACTCCGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAGCCATGGAGCCCCTCTTATCTGGGCCCAACCTC     AAATAACCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||-----||||||||||
  13344 GAGCCATGGAGCCCCTCTTATCTGGGCCCAACCTCTCCTTAAATAACCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096 TCCAAGAAGGGACATTGTCACCAAGAACCAGCATCTCTGGAGAAACAGTT
         |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
  13394 GCCAAGAAGGGACATTGTCACCAAGAACCAGGATCTCTGGAGAAACAGTT

   1150     .    :    .
   1146 GGGCTGTTGCATCGAG
        ||||||||||||||||
  13444 GGGCTGTTGCATCGAG