seq1 = pF1KE3436.tfa, 2787 bp
seq2 = pF1KE3436/gi568815586f_100182971.tfa (gi568815586f:100182971_100439169), 256199 bp

>pF1KE3436 2787
>gi568815586f:100182971_100439169 (Chr12)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-335  (108533-108690)   100% ->
336-480  (115061-115205)   100% ->
481-630  (128074-128223)   100% ->
631-852  (129462-129683)   100% ->
853-969  (130452-130568)   100% ->
970-1095  (131519-131644)   100% ->
1096-1272  (132588-132764)   100% ->
1273-1395  (134833-134955)   100% ->
1396-1509  (140555-140668)   100% ->
1510-1642  (143652-143784)   100% ->
1643-1761  (146231-146349)   100% ->
1762-1862  (151196-151296)   100% ->
1863-1929  (152655-152721)   100% ->
1930-2025  (152841-152936)   100% ->
2026-2145  (154417-154536)   100% ->
2146-2787  (155558-156199)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCCATGCTTAATAAATTGAAGAGTACTGTTACAAAAGTAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCCATGCTTAATAAATTGAAGAGTACTGTTACAAAAGTAACAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATGTCACTAGTGCTGTAATGGGAAATCCTGTCACTAGAGAATTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGATGTCACTAGTGCTGTAATGGGAAATCCTGTCACTAGAGAATTTGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGGTCGACACATTGCCAGTGGTGGCAATGGGCTAGCTTGGAAGATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGGTCGACACATTGCCAGTGGTGGCAATGGGCTAGCTTGGAAGATTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGGCACAAAAAAGTCAACAAAGCAG         GAAGTGGCAGTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 AATGGCACAAAAAAGTCAACAAAGCAGGTG...TAGGAAGTGGCAGTTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCTTTGATAAAAAACTGATTGACAAGTATCAAAAATTTGAAAAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108547 TGTCTTTGATAAAAAACTGATTGACAAGTATCAAAAATTTGAAAAGGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAATCATTGATTCTCTAAAACGAGGAGTCCAACAGTTAACTCGGCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108597 AAATCATTGATTCTCTAAAACGAGGAGTCCAACAGTTAACTCGGCTTCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACCCTCGACTTCTTACTGTCCAGCATCCTTTAGAAGAATCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108647 CACCCTCGACTTCTTACTGTCCAGCATCCTTTAGAAGAATCCAGGTA...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336    GGATTGCTTGGCATTTTGTACAGAACCAGTTTTTGCCAGTTTAGCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115058 CAGGGATTGCTTGGCATTTTGTACAGAACCAGTTTTTGCCAGTTTAGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGTTCTTGGTAACTGGGAAAATCTACCTTCCCCTATATCTCCAGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115108 ATGTTCTTGGTAACTGGGAAAATCTACCTTCCCCTATATCTCCAGACATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGGATTATAAACTTTATGATGTAGAAACCAAATATGGTTTGCTTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 115158 AAGGATTATAAACTTTATGATGTAGAAACCAAATATGGTTTGCTTCAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    481        GTTTCTGAAGGATTGTCATTCTTGCATAGCAGTGTGAAAATGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115208 A...CAGGTTTCTGAAGGATTGTCATTCTTGCATAGCAGTGTGAAAATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCATGGAAATATCACTCCTGAAAATATAATTTTGAATAAAAGTGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128117 TGCATGGAAATATCACTCCTGAAAATATAATTTTGAATAAAAGTGGAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGGAAAATAATGGGTTTTGATTTTTGTGTATCATCAACCAATCCTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128167 TGGAAAATAATGGGTTTTGATTTTTGTGTATCATCAACCAATCCTTCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACAAGAG         CCTAAATTTCCTTGTAAAGAATGGGACCCAAATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128217 ACAAGAGGTA...CAGCCTAAATTTCCTTGTAAAGAATGGGACCCAAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TACCTTCATTGTGTCTTCCAAATCCTGAATATTTGGCTCCTGAATACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129496 TACCTTCATTGTGTCTTCCAAATCCTGAATATTTGGCTCCTGAATACATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTTTCTGTGAGCTGTGAAACAGCCAGTGATATGTATTCTTTAGGAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129546 CTTTCTGTGAGCTGTGAAACAGCCAGTGATATGTATTCTTTAGGAACTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TATGTATGCTGTATTTAATAAAGGGAAACCTATATTTGAAGTCAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129596 TATGTATGCTGTATTTAATAAAGGGAAACCTATATTTGAAGTCAACAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGATATTTACAAGAGTTTCAGTAGGCAGTTGGATCAG         TTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 129646 AAGATATTTACAAGAGTTTCAGTAGGCAGTTGGATCAGGTA...TAGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGTCGTTTAGGATCTAGTTCACTTACAAATATACCTGAGGAAGTTCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130455 AGTCGTTTAGGATCTAGTTCACTTACAAATATACCTGAGGAAGTTCGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACATGTAAAGCTACTGTTAAATGTAACTCCGACTGTAAGACCAGATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130505 ACATGTAAAGCTACTGTTAAATGTAACTCCGACTGTAAGACCAGATGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATCAAATGACAAAG         ATTCCCTTCTTTGATGATGTTGGTGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 130555 ATCAAATGACAAAGGTG...TAGATTCCCTTCTTTGATGATGTTGGTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTAACACTGCAATATTTTGATACCTTATTCCAAAGAGATAATCTTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131546 GTAACACTGCAATATTTTGATACCTTATTCCAAAGAGATAATCTTCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATCACAGTTTTTCAAAGGACTGCCAAAGGTTCTACCAAAACTGCCCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 131596 ATCACAGTTTTTCAAAGGACTGCCAAAGGTTCTACCAAAACTGCCCAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096         CGTGTCATTGTGCAGAGAATTTTGCCTTGTTTGACTTCAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131646 TT...CAGCGTGTCATTGTGCAGAGAATTTTGCCTTGTTTGACTTCAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTTGTAAACCCTGACATGGTACCTTTTGTTTTGCCCAATGTTCTACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132630 TTTGTAAACCCTGACATGGTACCTTTTGTTTTGCCCAATGTTCTACTTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGCTGAGGAATGCACCAAAGAAGAATATGTCAAATTAATTCTTCCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132680 TGCTGAGGAATGCACCAAAGAAGAATATGTCAAATTAATTCTTCCTGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTGGCCCTGTGTTTAAGCAGCAGGAGCCAATCCAG         ATTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 132730 TTGGCCCTGTGTTTAAGCAGCAGGAGCCAATCCAGGTA...CAGATTTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTAATTTTCCTACAAAAAATGGATTTGCTACTAACCAAAACCCCTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134839 TTAATTTTCCTACAAAAAATGGATTTGCTACTAACCAAAACCCCTCCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGAGATAAAGAACAGTGTTCTACCCATGGTTTACAGAGCACTAGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134889 TGAGATAAAGAACAGTGTTCTACCCATGGTTTACAGAGCACTAGAAGCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CTTCCATTCAGATCCAG         GAGCTCTGTCTAAACATCATTCCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 134939 CTTCCATTCAGATCCAGGTA...TAGGAGCTCTGTCTAAACATCATTCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACCTTTGCAAATCTTATAGACTACCCATCCATGAAAAACGCTTTGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140579 ACCTTTGCAAATCTTATAGACTACCCATCCATGAAAAACGCTTTGATACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AAGAATTAAAAATGCTTGTCTACAAACATCTTCCCTTGCG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 140629 AAGAATTAAAAATGCTTGTCTACAAACATCTTCCCTTGCGGTA...TAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TTCGTGTAAATTCATTAGTGTGCTTAGGAAAGATTTTGGAATACTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143653 TTCGTGTAAATTCATTAGTGTGCTTAGGAAAGATTTTGGAATACTTGGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AAGTGGTTTGTACTTGATGATATCCTACCCTTCTTACAACAAATTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143703 AAGTGGTTTGTACTTGATGATATCCTACCCTTCTTACAACAAATTCCATC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CAAGGAACCTGCGGTCCTCATGGGAATTTTAG         GTATTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 143753 CAAGGAACCTGCGGTCCTCATGGGAATTTTAGGTA...CAGGTATTTACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AATGTACTTTTACTCATAAGAAGTTGGGAATCACCAAAGAGCAGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146240 AATGTACTTTTACTCATAAGAAGTTGGGAATCACCAAAGAGCAGCTGGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GGAAAAGTGTTGCCTCATCTTATTCCCCTGAGTATTGAAAACAATCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146290 GGAAAAGTGTTGCCTCATCTTATTCCCCTGAGTATTGAAAACAATCTTAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TCTTAATCAG         TTCAATTCTTTCATTTCCGTCATAAAAGAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 146340 TCTTAATCAGGTA...CAGTTCAATTCTTTCATTTCCGTCATAAAAGAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TGCTTAATAGATTGGAGTCTGAACATAAGACTAAACTGGAGCAACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151227 TGCTTAATAGATTGGAGTCTGAACATAAGACTAAACTGGAGCAACTTCAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 ATAATGCAAGAACAGCAGAA         ATCTTTGGATATAGGAAATCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 151277 ATAATGCAAGAACAGCAGAAGTA...CAGATCTTTGGATATAGGAAATCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 AATGAATGTTTCTGAGGAGATGAAAGTTACAAATATTGGGAATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 152676 AATGAATGTTTCTGAGGAGATGAAAGTTACAAATATTGGGAATCAGGTA.

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930      CAAATTGACAAAGTTTTTAACAACATTGGAGCAGACCTTCTGACT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152726 ..CAGCAAATTGACAAAGTTTTTAACAACATTGGAGCAGACCTTCTGACT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GGCAGTGAGTCCGAAAATAAAGAGGACGGGTTACAGAATAAACATAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152886 GGCAGTGAGTCCGAAAATAAAGAGGACGGGTTACAGAATAAACATAAAAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 A         GCATCACTTACACTTGAAGAAAAACAAAAATTAGCAAAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152936 AGTG...AAGGCATCACTTACACTTGAAGAAAAACAAAAATTAGCAAAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AACAAGAGCAGGCACAGAAGCTGAAAAGCCAGCAGCCTCTTAAACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154457 AACAAGAGCAGGCACAGAAGCTGAAAAGCCAGCAGCCTCTTAAACCCCAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GTGCACACACCTGTTGCTACTGTTAAACAG         ACTAAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 154507 GTGCACACACCTGTTGCTACTGTTAAACAGGTC...CAGACTAAGGACTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 GACAGACACACTGATGGATAATATGTCATCCTTGACCAGCCTTTCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155569 GACAGACACACTGATGGATAATATGTCATCCTTGACCAGCCTTTCTGTTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GTACCCCTAAATCTTCTGCTTCAAGTACTTTCACTTCTGTTCCTTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155619 GTACCCCTAAATCTTCTGCTTCAAGTACTTTCACTTCTGTTCCTTCCATG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 GGCATTGGTATGATGTTTTCTACACCAACTGATAATACAAAGAGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155669 GGCATTGGTATGATGTTTTCTACACCAACTGATAATACAAAGAGAAATTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 GACAAATGGCCTAAATGCCAATATGGGCTTTCAGACTTCAGGATTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155719 GACAAATGGCCTAAATGCCAATATGGGCTTTCAGACTTCAGGATTCAACA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 TGCCCGTTAATACAAACCAGAACTTCTACAGTAGTCCAAGCACAGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155769 TGCCCGTTAATACAAACCAGAACTTCTACAGTAGTCCAAGCACAGTTGGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 GTGACCAAGATGACTCTGGGAACACCTCCCACTTTGCCAAACTTCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155819 GTGACCAAGATGACTCTGGGAACACCTCCCACTTTGCCAAACTTCAATGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 TTTGAGTGTTCCTCCTGCTGGTGCAAAGCAGACCCAACAAAGACCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155869 TTTGAGTGTTCCTCCTGCTGGTGCAAAGCAGACCCAACAAAGACCCACAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 ATATGTCTGCCCTTAATAATCTCTTTGGCCCTCAGAAACCCAAAGTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155919 ATATGTCTGCCCTTAATAATCTCTTTGGCCCTCAGAAACCCAAAGTTAGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 ATGAACCAGTTATCACAACAGAAACCAAATCAGTGGCTTAATCAGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155969 ATGAACCAGTTATCACAACAGAAACCAAATCAGTGGCTTAATCAGTTTGT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 ACCTCCTCAAGGTTCTCCAACTATGGGCAGTTCAGTAATGGGGACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156019 ACCTCCTCAAGGTTCTCCAACTATGGGCAGTTCAGTAATGGGGACACAGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 TGAACGTGATAGGACAATCTGCTTTTGGTATGCAGGGTAATCCTTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156069 TGAACGTGATAGGACAATCTGCTTTTGGTATGCAGGGTAATCCTTTCTTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 AACCCACAGAACTTTGCACAGCCACCAACTACTATGACCAATAGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156119 AACCCACAGAACTTTGCACAGCCACCAACTACTATGACCAATAGCAGTTC

   2900     .    :    .    :    .    :
   2757 AGCTAGCAATGATTTAAAAGATCTTTTTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 156169 AGCTAGCAATGATTTAAAAGATCTTTTTGGG