seq1 = pF1KE3429.tfa, 1965 bp
seq2 = pF1KE3429/gi568815592r_35735307.tfa (gi568815592r:35735307_36020530), 285224 bp

>pF1KE3429 1965
>gi568815592r:35735307_36020530 (Chr6)

(complement)

12-74  (100001-100063)   100% ->
75-193  (129518-129636)   100% ->
194-302  (131608-131716)   100% ->
303-390  (132420-132507)   100% ->
391-478  (133720-133807)   100% ->
479-585  (146192-146298)   100% ->
586-751  (147803-147968)   100% ->
752-777  (149572-149597)   100% ->
778-991  (150037-150250)   100% ->
992-1411  (150630-151049)   100% ->
1412-1512  (151421-151521)   100% ->
1513-1620  (163163-163270)   100% ->
1621-1690  (177927-177996)   100% ->
1691-1783  (182102-182194)   100% ->
1784-1965  (185043-185224)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     12 AGTGCTTGCGCTCCAGGCCCGAAAGAAAAGGACCAAGGCCAAGAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGTGCTTGCGCTCCAGGCCCGAAAGAAAAGGACCAAGGCCAAGAAGGACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     62 AAGCCCAAAGGAA         ATCTGAAACTCAGCACCGAGGCTCTGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGCCCAAAGGAAGTG...TAGATCTGAAACTCAGCACCGAGGCTCTGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    103 CCCCACTCTGAGAGTGATCTACCAGAGCAGGAAGAGGAGATTCTGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129546 CCCCACTCTGAGAGTGATCTACCAGAGCAGGAAGAGGAGATTCTGGGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    153 TGATGATGATGAGCAAGAAGATCCTAATGATTATTGTAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 129596 TGATGATGATGAGCAAGAAGATCCTAATGATTATTGTAAAGGTA...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    194 GAGGTTATCATCTTGTGAAAATTGGAGATCTATTCAATGGGAGATACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131608 GAGGTTATCATCTTGTGAAAATTGGAGATCTATTCAATGGGAGATACCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    244 GTGATCCGAAAGTTAGGCTGGGGACACTTTTCAACAGTATGGTTATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131658 GTGATCCGAAAGTTAGGCTGGGGACACTTTTCAACAGTATGGTTATCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    294 GGATATTCA         GGGGAAGAAATTTGTGGCAATGAAAGTAGTTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 131708 GGATATTCAGTA...TAGGGGGAAGAAATTTGTGGCAATGAAAGTAGTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335 AAAGTGCTGAACATTACACTGAAACAGCACTAGATGAAATCCGGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132452 AAAGTGCTGAACATTACACTGAAACAGCACTAGATGAAATCCGGTTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    385 AAGTCA         GTTCGCAATTCAGACCCTAATGATCCAAATAGAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132502 AAGTCAGTG...CAGGTTCGCAATTCAGACCCTAATGATCCAAATAGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    426 AATGGTTGTTCAACTACTAGATGACTTTAAAATATCAGGAGTTAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133755 AATGGTTGTTCAACTACTAGATGACTTTAAAATATCAGGAGTTAATGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    476 CAC         ATATCTGCATGGTATTTGAAGTTTTGGGGCATCATCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133805 CACGTA...TAGATATCTGCATGGTATTTGAAGTTTTGGGGCATCATCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517 CTCAAGTGGATCATCAAATCCAATTATCAGGGGCTTCCACTGCCTTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146230 CTCAAGTGGATCATCAAATCCAATTATCAGGGGCTTCCACTGCCTTGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    567 CAAAAAAATTATTCAGCAA         GTGTTACAGGGTCTTGATTATT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 146280 CAAAAAAATTATTCAGCAAGTA...CAGGTGTTACAGGGTCTTGATTATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    608 TACATACCAAGTGCCGTATCATCCACACTGACATTAAACCAGAGAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147825 TACATACCAAGTGCCGTATCATCCACACTGACATTAAACCAGAGAACATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658 TTATTGTCAGTGAATGAGCAGTACATTCGGAGGCTGGCTGCAGAAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147875 TTATTGTCAGTGAATGAGCAGTACATTCGGAGGCTGGCTGCAGAAGCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    708 AGAATGGCAGCGATCTGGAGCTCCTCCGCCTTCCGGATCTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 147925 AGAATGGCAGCGATCTGGAGCTCCTCCGCCTTCCGGATCTGCAGGTG...

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752    TCAGTACTGCTCCCCAGCCTAAACCA         GCTGACAAAATG
        >>>||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 149569 CAGTCAGTACTGCTCCCCAGCCTAAACCAGTA...CAGGCTGACAAAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790 TCAAAGAATAAGAAGAAGAAATTGAAGAAGAAGCAGAAGCGCCAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150049 TCAAAGAATAAGAAGAAGAAATTGAAGAAGAAGCAGAAGCGCCAGGCAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    840 ATTACTAGAGAAGCGAATGCAGGAAATTGAGGAAATGGAGAAAGAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150099 ATTACTAGAGAAGCGAATGCAGGAAATTGAGGAAATGGAGAAAGAGTCGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890 GCCCTGGGCAAAAAAGACCAAACAAGCAAGAAGAATCAGAGAGTCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150149 GCCCTGGGCAAAAAAGACCAAACAAGCAAGAAGAATCAGAGAGTCCTGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940 GAAAGACCCTTGAAAGAGAACCCACCTAATAAAATGACCCAAGAAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150199 GAAAGACCCTTGAAAGAGAACCCACCTAATAAAATGACCCAAGAAAAACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990 TG         AAGAGTCAAGTACCATTGGCCAGGATCAAACGCTTATGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150249 TGGTA...TAGAAGAGTCAAGTACCATTGGCCAGGATCAAACGCTTATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1031 AACGTGATACAGAGGGTGGTGCAGCAGAAATTAATTGCAATGGAGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150669 AACGTGATACAGAGGGTGGTGCAGCAGAAATTAATTGCAATGGAGTGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1081 GAAGTCATTAATTATACTCAGAACAGTAATAATGAAACATTGAGACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150719 GAAGTCATTAATTATACTCAGAACAGTAATAATGAAACATTGAGACATAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1131 AGAGGATCTACATAATGCTAATGACTGTGATGTCCAAAATTTGAATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150769 AGAGGATCTACATAATGCTAATGACTGTGATGTCCAAAATTTGAATCAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1181 AATCTAGTTTCCTAAGCTCCCAAAATGGAGACAGCAGCACATCTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150819 AATCTAGTTTCCTAAGCTCCCAAAATGGAGACAGCAGCACATCTCAAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1231 ACAGACTCTTGTACACCTATAACATCTGAGGTGTCAGACACCATGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150869 ACAGACTCTTGTACACCTATAACATCTGAGGTGTCAGACACCATGGTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1281 CCAGTCTTCCTCAACTGTAGGTCAGTCATTCAGTGAACAACACATTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150919 CCAGTCTTCCTCAACTGTAGGTCAGTCATTCAGTGAACAACACATTAGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1331 AACTTCAAGAAAGCATTCGGGCAGAGATACCCTGTGAAGATGAACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150969 AACTTCAAGAAAGCATTCGGGCAGAGATACCCTGTGAAGATGAACAAGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1381 CAAGAACATAACGGACCACTGGACAACAAAG         GAAAATCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 151019 CAAGAACATAACGGACCACTGGACAACAAAGGTA...TAGGAAAATCCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1422 GGCTGGAAATTTTCTTGTTAATCCCCTTGAGCCAAAAAATGCAGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151431 GGCTGGAAATTTTCTTGTTAATCCCCTTGAGCCAAAAAATGCAGAAAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1472 TCAAGGTGAAGATTGCTGACCTTGGAAATGCTTGTTGGGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 151481 TCAAGGTGAAGATTGCTGACCTTGGAAATGCTTGTTGGGTGGTA...CAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1513 CACAAACATTTCACTGAAGATATTCAAACAAGGCAATATCGTTCCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163163 CACAAACATTTCACTGAAGATATTCAAACAAGGCAATATCGTTCCTTGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1563 AGTTCTAATCGGATCTGGCTATAATACCCCTGCTGACATTTGGAGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163213 AGTTCTAATCGGATCTGGCTATAATACCCCTGCTGACATTTGGAGCACGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1613 CATGCATG         GCCTTTGAACTGGCCACAGGTGACTATTTGTTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 163263 CATGCATGGTA...TAGGCCTTTGAACTGGCCACAGGTGACTATTTGTTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1654 GAACCTCATTCAGGGGAAGAGTACACTCGAGATGAAG         ATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 177960 GAACCTCATTCAGGGGAAGAGTACACTCGAGATGAAGGTG...CAGATCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1695 CATTGCATTGATCATAGAACTTCTGGGGAAGGTGCCTCGCAAGCTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182106 CATTGCATTGATCATAGAACTTCTGGGGAAGGTGCCTCGCAAGCTCATTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1745 TGGCAGGAAAATATTCCAAGGAATTTTTCACCAAAAAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 182156 TGGCAGGAAAATATTCCAAGGAATTTTTCACCAAAAAAGGTA...CAGGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1786 GACCTGAAACATATCACGAAGCTGAAACCTTGGGGCCTTTTTGAGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185045 GACCTGAAACATATCACGAAGCTGAAACCTTGGGGCCTTTTTGAGGTTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1836 AGTGGAGAAGTATGAGTGGTCGCAGGAAGAGGCAGCTGGCTTCACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185095 AGTGGAGAAGTATGAGTGGTCGCAGGAAGAGGCAGCTGGCTTCACAGATT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1886 TCTTACTGCCCATGTTGGAGCTGATCCCTGAGAAGAGAGCCACTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185145 TCTTACTGCCCATGTTGGAGCTGATCCCTGAGAAGAGAGCCACTGCCGCC

   2050     .    :    .    :    .    :
   1936 GAGTGTCTCCGGCACCCTTGGCTTAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 185195 GAGTGTCTCCGGCACCCTTGGCTTAACTCC