seq1 = pF1KE3424.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KE3424/gi568815580f_57335717.tfa (gi568815580f:57335717_57576720), 241004 bp

>pF1KE3424 1512
>gi568815580f:57335717_57576720 (Chr18)

1-1228  (100001-101228)   100% ->
1229-1512  (140721-141004)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGCTGCCTACACCGCCTATCGATGCCTCACCAAAGACCTAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGCTGCCTACACCGCCTATCGATGCCTCACCAAAGACCTAGAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCGCCATGAACCCGGAGCTGACAATGGAAAGTCTGGGCACTTTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCGCCATGAACCCGGAGCTGACAATGGAAAGTCTGGGCACTTTGCACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCCGGCCGGCGGCGGCAGTGGCGGGGGCGGCGGCGGGGGCGGCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCCGGCCGGCGGCGGCAGTGGCGGGGGCGGCGGCGGGGGCGGCGGGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGGCGGGGGCCCGGGCCATGAGCAGGAGCTGCTGGCCAGCCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGGCGGGGGCCCGGGCCATGAGCAGGAGCTGCTGGCCAGCCCCAGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCACCACGCGGGCCGCGGCGCCGCTGGCTCGCTGCGGGGCCCTCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCACCACGCGGGCCGCGGCGCCGCTGGCTCGCTGCGGGGCCCTCCGCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCCAACCGCGCACCAGGAGCTGGGCACGGCGGCAGCGGCGGCAGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTCCAACCGCGCACCAGGAGCTGGGCACGGCGGCAGCGGCGGCAGCGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGTCGCGCTCGGCCATGGTCACCAGCATGGCCTCGATCCTGGACGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGTCGCGCTCGGCCATGGTCACCAGCATGGCCTCGATCCTGGACGGCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGACTACCGGCCCGAGCTCTCCATCCCGCTGCACCACGCCATGAGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGACTACCGGCCCGAGCTCTCCATCCCGCTGCACCACGCCATGAGCATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTGCGACTCGTCTCCGCCTGGCATGGGCATGAGCAACACCTACACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTGCGACTCGTCTCCGCCTGGCATGGGCATGAGCAACACCTACACCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGACACCGCTCCAGCCGCTGCCACCCATCTCCACCGTGTCTGACAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGACACCGCTCCAGCCGCTGCCACCCATCTCCACCGTGTCTGACAAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCACCACCCTCACCCGCACCACCATCCGCACCACCACCACCACCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCACCACCCTCACCCGCACCACCATCCGCACCACCACCACCACCACCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCAGCGCCTGTCCGGCAACGTCAGCGGCAGCTTCACCCTCATGCGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACCAGCGCCTGTCCGGCAACGTCAGCGGCAGCTTCACCCTCATGCGCGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGCGCGGGCTCCCGGCCATGAACAACCTCTACAGTCCCTACAAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGCGCGGGCTCCCGGCCATGAACAACCTCTACAGTCCCTACAAGGAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCCCGGCATGAGCCAGAGCCTGTCCCCGCTGGCCGCCACGCCGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCCCGGCATGAGCCAGAGCCTGTCCCCGCTGGCCGCCACGCCGCTGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACGGGCTAGGCGGCCTCCACAACGCGCAGCAGAGTCTGCCCAACTACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACGGGCTAGGCGGCCTCCACAACGCGCAGCAGAGTCTGCCCAACTACGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCGCCGGGCCACGACAAAATGCTCAGCCCCAACTTCGACGCGCACCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCGCCGGGCCACGACAAAATGCTCAGCCCCAACTTCGACGCGCACCACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCCATGCTGACCCGCGGTGAGCAACACCTGTCCCGCGGCCTGGGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGCCATGCTGACCCGCGGTGAGCAACACCTGTCCCGCGGCCTGGGCACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CACCTGCGGCCATGATGTCGCACCTGAACGGCCTGCACCACCCGGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CACCTGCGGCCATGATGTCGCACCTGAACGGCCTGCACCACCCGGGCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACTCAGTCTCACGGGCCGGTGCTGGCACCCAGTCGCGAGCGGCCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACTCAGTCTCACGGGCCGGTGCTGGCACCCAGTCGCGAGCGGCCACCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GTCCTCATCGGGCTCGCAGGTGGCCACGTCGGGCCAGCTGGAAGAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GTCCTCATCGGGCTCGCAGGTGGCCACGTCGGGCCAGCTGGAAGAAATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACACCAAAGAGGTGGCCCAGCGCATCACAGCGGAGCTGAAGCGCTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACACCAAAGAGGTGGCCCAGCGCATCACAGCGGAGCTGAAGCGCTACAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATCCCCCAGGCGATCTTTGCGCAGAGGGTGCTGTGCCGGTCTCAGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATCCCCCAGGCGATCTTTGCGCAGAGGGTGCTGTGCCGGTCTCAGGGGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TCTCTCCGACCTGCTCCGGAATCCAAAACCGTGGAGTAAACTCAAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TCTCTCCGACCTGCTCCGGAATCCAAAACCGTGGAGTAAACTCAAATCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCAGGGAGACCTTCCGCAGGATGTGGAAGTGGCTTCAGGAGCCCGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GCAGGGAGACCTTCCGCAGGATGTGGAAGTGGCTTCAGGAGCCCGAGTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CAGCGCATGTCCGCCTTACGCCTGGCAG         CGTGCAAACGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101201 CAGCGCATGTCCGCCTTACGCCTGGCAGGTA...AAGCGTGCAAACGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 AGAGCAAGAACCAAACAAAGACAGGAACAATTCCCAGAAGAAGTCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140734 AGAGCAAGAACCAAACAAAGACAGGAACAATTCCCAGAAGAAGTCCCGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TGGTGTTCACTGACCTCCAACGCCGAACACTCTTCGCCATCTTCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140784 TGGTGTTCACTGACCTCCAACGCCGAACACTCTTCGCCATCTTCAAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 AACAAACGCCCGTCAAAGGAGATGCAGATCACCATTTCCCAGCAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140834 AACAAACGCCCGTCAAAGGAGATGCAGATCACCATTTCCCAGCAGCTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CCTGGAGCTCACAACCGTCAGCAACTTCTTCATGAACGCCCGGCGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140884 CCTGGAGCTCACAACCGTCAGCAACTTCTTCATGAACGCCCGGCGCCGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 GCCTGGAGAAGTGGCAAGACGATCTGAGCACAGGGGGCTCCTCGTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140934 GCCTGGAGAAGTGGCAAGACGATCTGAGCACAGGGGGCTCCTCGTCCACC

   1500     .    :    .    :
   1492 TCCAGCACGTGTACCAAAGCA
        |||||||||||||||||||||
 140984 TCCAGCACGTGTACCAAAGCA