seq1 = pF1KE3422.tfa, 1479 bp
seq2 = pF1KE3422/gi568815594r_75481836.tfa (gi568815594r:75481836_75725988), 244153 bp

>pF1KE3422 1479
>gi568815594r:75481836_75725988 (Chr4)

(complement)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-363  (111540-111734)   100% ->
364-542  (118628-118806)   100% ->
543-655  (120355-120467)   100% ->
656-795  (122033-122172)   100% ->
796-884  (125620-125708)   100% ->
885-1020  (127777-127912)   100% ->
1021-1322  (128753-129054)   100% ->
1323-1416  (129649-129742)   100% ->
1417-1479  (144091-144153)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAAATATGAAAACCTGGGTTTGGTTGGAGAAGGGAGTTATGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAAATATGAAAACCTGGGTTTGGTTGGAGAAGGGAGTTATGGAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGATGAAGTGTAGGAATAAAGATACTGGAAGAATTGTGGCCATAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGATGAAGTGTAGGAATAAAGATACTGGAAGAATTGTGGCCATAAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTCTTAGAAAGTGACGATGACAAAATGGTTAAAAAGATTGCAATGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTCTTAGAAAGTGACGATGACAAAATGGTTAAAAAGATTGCAATGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAATCAAGTTACTAAAG         CAACTTAGGCATGAAAACTTGGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 GAAATCAAGTTACTAAAGGTG...CAGCAACTTAGGCATGAAAACTTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAATCTCTTGGAAGTGTGTAAGAAAAAAAAACGATGGTACCTAGTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111563 GAATCTCTTGGAAGTGTGTAAGAAAAAAAAACGATGGTACCTAGTCTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATTTGTTGACCACACAATTCTTGATGACTTGGAGCTCTTTCCAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111613 AATTTGTTGACCACACAATTCTTGATGACTTGGAGCTCTTTCCAAATGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTAGACTACCAAGTAGTTCAAAAGTATTTGTTTCAGATTATTAATGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111663 CTAGACTACCAAGTAGTTCAAAAGTATTTGTTTCAGATTATTAATGGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGATTTTGTCACAGTCACAAT         ATCATACACAGAGATATAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111713 TGGATTTTGTCACAGTCACAATGTA...TAGATCATACACAGAGATATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCCAGAGAATATATTAGTCTCCCAGTCTGGCGTTGTCAAGCTATGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118647 AGCCAGAGAATATATTAGTCTCCCAGTCTGGCGTTGTCAAGCTATGCGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTGGATTTGCGCGAACATTGGCAGCTCCTGGGGAGGTTTATACTGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118697 TTTGGATTTGCGCGAACATTGGCAGCTCCTGGGGAGGTTTATACTGATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGGCAACCCGATGGTACAGAGCTCCAGAACTATTGGTTGGTGATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118747 TGTGGCAACCCGATGGTACAGAGCTCCAGAACTATTGGTTGGTGATGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGTATGGCAA         GGCTGTTGATGTGTGGGCCATTGGTTGTCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 118797 AGTATGGCAAGTA...CAGGGCTGTTGATGTGTGGGCCATTGGTTGTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTAACTGAAATGTTCATGGGGGAACCCCTATTTCCTGGAGATTCTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120386 GTAACTGAAATGTTCATGGGGGAACCCCTATTTCCTGGAGATTCTGATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGATCAGCTATATCATATTATGATGTGTTTAG         GTAATCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 120436 TGATCAGCTATATCATATTATGATGTGTTTAGGTA...CAGGTAATCTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTCCAAGGCATCAGGAGCTTTTTAATAAAAATCCTGTGTTTGCTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122042 TTCCAAGGCATCAGGAGCTTTTTAATAAAAATCCTGTGTTTGCTGGAGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGGTTGCCTGAAATCAAGGAAAGAGAACCTCTTGAAAGACGCTATCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122092 AGGTTGCCTGAAATCAAGGAAAGAGAACCTCTTGAAAGACGCTATCCTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTCTCTGAAGTGGTGATAGATTTAGCAAAG         AAATGCTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 122142 GCTCTCTGAAGTGGTGATAGATTTAGCAAAGGTA...CAGAAATGCTTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATATTGACCCCGACAAAAGACCCTTCTGTGCTGAGCTCCTACACCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125630 ATATTGACCCCGACAAAAGACCCTTCTGTGCTGAGCTCCTACACCATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTCTTTCAAATGGATGGATTTGCTGAGAG         GTTTTCCCAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 125680 TTCTTTCAAATGGATGGATTTGCTGAGAGGTA...TAGGTTTTCCCAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACTACAGTTAAAAGTACAGAAAGATGCCAGAAATGTTTCTTTATCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127789 ACTACAGTTAAAAGTACAGAAAGATGCCAGAAATGTTTCTTTATCTAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AATCCCAAAACAGAAAGAAGGAAAAAGAAAAAGATGATTCCTTAGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127839 AATCCCAAAACAGAAAGAAGGAAAAAGAAAAAGATGATTCCTTAGTTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAAAGAAAAACACTTGTGGTACAG         GATACCAATGCTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 127889 GAAAGAAAAACACTTGTGGTACAGGTA...CAGGATACCAATGCTGATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAAATTAAGGATTATAAACTATTTAAAATAAAAGGCTCAAAAATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128770 CAAAATTAAGGATTATAAACTATTTAAAATAAAAGGCTCAAAAATTGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GAGAAAAAGCTGAAAAAGGCAATAGAGCTTCAAATGCCAGCTGTCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128820 GAGAAAAAGCTGAAAAAGGCAATAGAGCTTCAAATGCCAGCTGTCTCCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GACAGTAGGACAAGCCACAACAAAATAGTGCCTTCAACAAGCCTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128870 GACAGTAGGACAAGCCACAACAAAATAGTGCCTTCAACAAGCCTCAAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTGCAGCAATGTCAGCGTGGACCACACAAGGAATCCAAGCGTGGCAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128920 CTGCAGCAATGTCAGCGTGGACCACACAAGGAATCCAAGCGTGGCAATTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCCCACTTACACACAATCTTTCTGCAGTTGCTCCCAGCATTAATTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128970 CCCCACTTACACACAATCTTTCTGCAGTTGCTCCCAGCATTAATTCTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ATGGGGACTGAGACTATACCAATTCAGGGTTACAG         AGTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 129020 ATGGGGACTGAGACTATACCAATTCAGGGTTACAGGTA...CAGAGTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGAGAAAACTAAGAAGTGTTCTATTCCATTTGTTAAACCGAACAGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129655 TGAGAAAACTAAGAAGTGTTCTATTCCATTTGTTAAACCGAACAGACATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCCCATCAGGCATTTATAACATTAATGTGACCACATTA         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 129705 CCCCATCAGGCATTTATAACATTAATGTGACCACATTAGTA...TAGGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TCAGGACCTCCCCTGTCAGATGATTCAGGGGCTGATTTGCCTCAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144094 TCAGGACCTCCCCTGTCAGATGATTCAGGGGCTGATTTGCCTCAAATGGA

   1550     .    :
   1470 ACACCAGCAC
        ||||||||||
 144144 ACACCAGCAC