seq1 = pF1KE3414.tfa, 1059 bp
seq2 = pF1KE3414/gi568815591r_26092519.tfa (gi568815591r:26092519_26297868), 205350 bp

>pF1KE3414 1059
>gi568815591r:26092519_26297868 (Chr7)

(complement)

1-42  (99997-100038)   90% ->
43-153  (100137-100247)   100% ->
154-300  (100408-100554)   100% ->
301-511  (100852-101062)   100% ->
512-613  (101211-101312)   100% ->
614-694  (101388-101468)   100% ->
695-757  (101960-102022)   100% ->
758-877  (104175-104294)   100% ->
878-1000  (104496-104618)   100% ->
1001-1059  (105292-105350)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAAAACTTTAGAAACTGTTCCTTTGGAGAGGAAAAAG        
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
  99997 CCCCAGAAAACTTTAGAAACTGTTCCTTTGGAGAGGAAAAAGGTA...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  AGAGAAAAGGAACAGTTCCGTAAGCTCTTTATTGGTGGCTTAAGCTTTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100136 GAGAGAAAAGGAACAGTTCCGTAAGCTCTTTATTGGTGGCTTAAGCTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAACCACAGAAGAAAGTTTGAGGAACTACTACGAACAATGGGGAAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100186 AAACCACAGAAGAAAGTTTGAGGAACTACTACGAACAATGGGGAAAGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGACTGTGTG         GTAATGAGGGATCCTGCAAGCAAAAGATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100236 ACAGACTGTGTGGTA...AAGGTAATGAGGGATCCTGCAAGCAAAAGATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGAGGATTTGGTTTTGTAACTTTTTCATCCATGGCTGAGGTTGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100437 AAGAGGATTTGGTTTTGTAACTTTTTCATCCATGGCTGAGGTTGATGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATGGCTGCAAGACCTCATTCAATTGATGGGAGAGTAGTTGAGCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100487 CCATGGCTGCAAGACCTCATTCAATTGATGGGAGAGTAGTTGAGCCAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGTGCTGTAGCAAGAGAG         GAATCTGGAAAACCAGGGGCTCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100537 CGTGCTGTAGCAAGAGAGGTA...TAGGAATCTGGAAAACCAGGGGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTAACTGTGAAGAAGCTGTTTGTTGGCGGAATTAAAGAAGATACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100875 TGTAACTGTGAAGAAGCTGTTTGTTGGCGGAATTAAAGAAGATACTGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AACATCACCTTAGAGATTACTTTGAGGAATATGGAAAAATTGATACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100925 AACATCACCTTAGAGATTACTTTGAGGAATATGGAAAAATTGATACCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGATAATTACTGATAGGCAGTCTGGAAAGAAAAGAGGCTTTGGCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100975 GAGATAATTACTGATAGGCAGTCTGGAAAGAAAAGAGGCTTTGGCTTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TACTTTTGATGACCATGATCCTGTGGATAAAATCGTAT         TGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101025 TACTTTTGATGACCATGATCCTGTGGATAAAATCGTATGTA...CAGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAAATACCATACCATCAATGGTCATAATGCAGAAGTAAGAAAGGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101214 AGAAATACCATACCATCAATGGTCATAATGCAGAAGTAAGAAAGGCTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTAGACAAGAAATGCAGGAAGTTCAGAGTTCTAGGAGTGGAAGAGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101264 TCTAGACAAGAAATGCAGGAAGTTCAGAGTTCTAGGAGTGGAAGAGGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614         GCAACTTTGGCTTTGGGGATTCACGTGGTGGCGGTGGAAATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101314 TA...TAGGCAACTTTGGCTTTGGGGATTCACGTGGTGGCGGTGGAAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCGGACCAGGACCAGGAAGTAACTTTAGAGGAGGATCTG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101430 TCGGACCAGGACCAGGAAGTAACTTTAGAGGAGGATCTGGTG...CAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGATATGGCAGTGGACGTGGATTTGGGGATGGCTATAATGGGTATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101962 GGATATGGCAGTGGACGTGGATTTGGGGATGGCTATAATGGGTATGGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGGACCTGGAG         GTGGCAATTTTGGAGGTAGCCCCGGTTATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102012 AGGACCTGGAGGTC...TAGGTGGCAATTTTGGAGGTAGCCCCGGTTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAGGAGGAAGAGGAGGATATGGTGGTGGAGGACCTGGATATGGCAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104205 GAGGAGGAAGAGGAGGATATGGTGGTGGAGGACCTGGATATGGCAACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGTGGGGGCTACGGAGGTGGTTATGACAACTATGGAGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104255 GGTGGGGGCTACGGAGGTGGTTATGACAACTATGGAGGAGGTA...TAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAATTATGGAAGTGGAAATTACAATGATTTTGGAAATTATAACCAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104497 AAATTATGGAAGTGGAAATTACAATGATTTTGGAAATTATAACCAGCAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTTCTAACTACGGTCCAATGAAGAGTGGAAACTTTGGTGGTAGCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104547 CTTCTAACTACGGTCCAATGAAGAGTGGAAACTTTGGTGGTAGCAGGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATGGGGGGACCATATGGTGGAG         GAAACTATGGTCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104597 ATGGGGGGACCATATGGTGGAGGTA...TAGGAAACTATGGTCCAGGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAGTGGAGGAAGTGGGGGTTATGGTGGGAGGAGCCGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105311 CAGTGGAGGAAGTGGGGGTTATGGTGGGAGGAGCCGATAC