seq1 = pF1KE3413.tfa, 1038 bp
seq2 = pF1KE3413/gi568815589r_87867465.tfa (gi568815589r:87867465_88074446), 206982 bp

>pF1KE3413 1038
>gi568815589r:87867465_88074446 (Chr9)

(complement)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-189  (100412-100525)   100% ->
190-378  (103112-103300)   100% ->
379-500  (103550-103671)   100% ->
501-563  (103817-103879)   100% ->
564-687  (104528-104651)   100% ->
688-843  (105098-105253)   100% ->
844-1038  (106788-106982)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCAGTACTGCATCCTGGGCCGCATCGGGGAGGGCGCCCACGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCAGTACTGCATCCTGGGCCGCATCGGGGAGGGCGCCCACGGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCTTCAAGGCCAAGCACGTGGAG         ACTGGCGAGATAGTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 CGTCTTCAAGGCCAAGCACGTGGAGGTG...CAGACTGGCGAGATAGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTCAAGAAGGTGGCCCTAAGGCGGTTGGAGGACGGCTTCCCTAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100428 CCCTCAAGAAGGTGGCCCTAAGGCGGTTGGAGGACGGCTTCCCTAACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCTGCGGGAGATTAAGGCTCTGCAGGAGATGGAGGACAATCAGTAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100478 GCCCTGCGGGAGATTAAGGCTCTGCAGGAGATGGAGGACAATCAGTATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190        GTGGTACAACTGAAGGCTGTGTTCCCACACGGTGGAGGCTTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100528 G...CAGGTGGTACAACTGAAGGCTGTGTTCCCACACGGTGGAGGCTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCTGGCCTTTGAGTTCATGCTGTCGGATCTGGCCGAGGTGGTGCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103155 TGCTGGCCTTTGAGTTCATGCTGTCGGATCTGGCCGAGGTGGTGCGCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCAGAGGCCACTAGCCCAGGCACAGGTCAAGAGCTACCTGCAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103205 GCCCAGAGGCCACTAGCCCAGGCACAGGTCAAGAGCTACCTGCAGATGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTCAAGGGTGTCGCCTTCTGCCATGCCAACAACATTGTACATCGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103255 GCTCAAGGGTGTCGCCTTCTGCCATGCCAACAACATTGTACATCGGGTC.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      GACCTGAAACCTGCCAACCTGCTCATCAGCGCCTCAGGCCAGCTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103305 ..CAGGACCTGAAACCTGCCAACCTGCTCATCAGCGCCTCAGGCCAGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGATAGCGGACTTTGGCCTGGCTCGAGTCTTTTCCCCAGACGGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103595 AAGATAGCGGACTTTGGCCTGGCTCGAGTCTTTTCCCCAGACGGCAGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTCTACACACACCAGGTGGCCACCAG         GTGGTACCGAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103645 CCTCTACACACACCAGGTGGCCACCAGGTA...CAGGTGGTACCGAGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCGAGCTCCTGTATGGTGCCCGCCAGTATGACCAGGGCGTCGATCTGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103831 CCGAGCTCCTGTATGGTGCCCGCCAGTATGACCAGGGCGTCGATCTGTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564         GTCTGTGGGCTGCATCATGGGGGAGCTGTTGAATGGGTCCCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103881 TG...CAGGTCTGTGGGCTGCATCATGGGGGAGCTGTTGAATGGGTCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTTTTCCCGGGCAAGAACGATATTGAACAGCTTTGCTATGTGCTTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104570 CCTTTTCCCGGGCAAGAACGATATTGAACAGCTTTGCTATGTGCTTCGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTTGGGCACCCCAAACCCTCAAGTCTGGCCG         GAGCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104620 TCTTGGGCACCCCAAACCCTCAAGTCTGGCCGGTT...CAGGAGCTCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGCTGCCGGACTACAACAAGATCTCCTTTAAGGAGCAGGTGCCCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105107 GAGCTGCCGGACTACAACAAGATCTCCTTTAAGGAGCAGGTGCCCATGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTGGAGGAGGTGCTGCCTGACGTCTCTCCCCAGGCATTGGATCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105157 CCTGGAGGAGGTGCTGCCTGACGTCTCTCCCCAGGCATTGGATCTGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTCAATTCCTTCTCTACCCTCCTCACCAGCGCATCGCAGCTTCCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105207 GTCAATTCCTTCTCTACCCTCCTCACCAGCGCATCGCAGCTTCCAAGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       GCTCTCCTCCATCAGTACTTCTTCACAGCTCCCCTGCCTGCCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105257 ...CAGGCTCTCCTCCATCAGTACTTCTTCACAGCTCCCCTGCCTGCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCCATCTGAGCTGCCGATTCCTCAGCGTCTAGGGGGACCTGCCCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106832 TCCATCTGAGCTGCCGATTCCTCAGCGTCTAGGGGGACCTGCCCCCAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCCATCCAGGGCCCCCCCACATCCATGACTTCCACGTGGACCGGCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106882 CCCATCCAGGGCCCCCCCACATCCATGACTTCCACGTGGACCGGCCTCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGGAGTCGCTGTTGAACCCAGAGCTGATTCGGCCCTTCATCCTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106932 GAGGAGTCGCTGTTGAACCCAGAGCTGATTCGGCCCTTCATCCTGGAGGG

   1100 
   1038 G
        |
 106982 G